Sekwencjonowanie mRNA bez odniesienia – NGS
Cechy
● Wychwytywanie polimRNA przed przygotowaniem biblioteki
● Niezależność od jakiegokolwiek genomu referencyjnego: oparta na nowym montażu transkryptów, generująca listę unigenów, które są adnotowane w wielu bazach danych (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Kompleksowa analiza bioinformatyczna ekspresji genów i struktury transkryptu
Zalety usługi
●Szeroka wiedza specjalistyczna:Mając na koncie ponad 600 000 przetworzonych próbek w BMKGENE, obejmujących różnorodne typy próbek, takie jak hodowle komórkowe, tkanki i płyny ustrojowe, nasz zespół wnosi bogate doświadczenie do każdego projektu. Z sukcesem zakończyliśmy ponad 100 000 projektów mRNA-Seq w różnych dziedzinach badań.
●Rygorystyczna kontrola jakościWdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek i bibliotek, po sekwencjonowanie i bioinformatykę. Ten skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
● Kompleksowa adnotacja:używamy wielu baz danych do funkcjonalnej adnotacji różnicowo ekspresjonowanych genów (DEGs) i przeprowadzamy odpowiednią analizę wzbogacania, dostarczając spostrzeżeń na temat procesów komórkowych i molekularnych leżących u podstaw odpowiedzi transkryptomu.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza zakończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Wzbogacony w poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥4,0; Dla zwierząt: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiono: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 300 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 450 mg
Kości, włosy lub skóra: 1 g
● Stawonogi:
Owady: 6g
Skorupiaki: 300 mg
● Krew pełna: 1 tubka
● Komórki: 106 komórki
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
Montaż transkryptomu i selekcja unigenów
Adnotacja Unigene
Korelacja próbek i ocena powtórzeń biologicznych
Geny różnicowo ekspresjonowane (DEG)
Adnotacja funkcjonalna DEGs
Wzbogacanie funkcjonalne DEGs
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania mRNA NGS eukariotów firmy BMKGene, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Shen, F. i in. (2020) „De novo montaż transkryptomu i ekspresja genów zależna od płci w gonadach suma amurskiego (Silurus asotus)”, Genomics, 112(3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. i in. (2016) „Analiza transkryptomu metabolizmu sacharozy podczas pęcznienia i rozwoju cebuli (Allium cepa L.)”, Frontiers in Plant Science, 7 (wrzesień), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. i in. (2017) „De novo montaż, charakterystyka i adnotacja transkryptomu Sarcocheilichthys sinensis”, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. i in. (2021) „Analiza transkryptomu de novo dostarcza informacji na temat tolerancji Podocarpus macrophyllus na sól w warunkach stresu zasolenia”, BMC Plant Biology, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
