Roztwór mRNA PacBio 2+3 o pełnej długości
Cechy
● Projekt badania:
Połączona próbka sekwencjonowana za pomocą PacBio w celu identyfikacji izoform transkryptu
Oddzielne próbki (powtórzenia i warunki do przetestowania) sekwencjonowane zNGS do ilościowego określenia ekspresji transkryptu
● Sekwencjonowanie PacBio w trybie CCS, generowanie odczytów HiFi
● Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów
● Do analizy nie jest wymagany genom referencyjny, jednak może być on wykorzystany
● Analiza bioinformatyczna obejmuje nie tylko ekspresję na poziomie genu i izoformy, ale także analizę lncRNA, fuzji genów, poliadenylacji i struktury genu
Zalety
● Wysoka dokładność: HiFi odczytuje z dokładnością >99,9% (Q30), porównywalną z NGS
● Analiza alternatywnego splicingu:Sekwencjonowanie wszystkich transkryptów umożliwia identyfikację i charakterystykę izoform.
● Połączenie mocnych stron PacBio i NGS:Umożliwia ilościowe określenie ekspresji na poziomie izoform, ujawniając zmiany, które mogą być maskowane podczas analizy ekspresji całego genu
● Szeroka wiedza specjalistyczna:Przetworzyliśmy ponad 2300 próbek, nasz zespół wnosi ogromne doświadczenie do każdego projektu.
● Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza zakończenie projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy nadzór nad projektem, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Biblioteka mRNA CCS wzbogacona w PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Wzbogacony w poli A | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nukleotydy
|
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| Biblioteka Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥4,0; Dla zwierząt: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
| Biblioteka PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Rośliny: RIN≥7,5 Zwierzęta: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód:Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Zawiera następującą analizę:
- Surowe dane
- Kontrola jakości
- Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
- Analiza transkryptów fuzyjnych
- Analiza alternatywnego splicingu
- Analiza porównawcza uniwersalnych ortologów pojedynczej kopii (BUSCO)
- Nowa analiza transkryptów: przewidywanie sekwencji kodujących (CDS) i adnotacja funkcjonalna
- Analiza lncRNA: przewidywanie lncRNA i celów
- Identyfikacja mikrosatelitów (SSR)
- Analiza różnicowo ekspresjonowanych transkryptów (DET)
- Analiza genów różnicowo ekspresjonowanych (DEG)
- Adnotacja funkcjonalna DEG i DET
Analiza BUSCO
Analiza alternatywnego splicingu
Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
Różnicowo ekspresjonowane geny (DEG) i transkrypty (analiza DETs9)
Sieci interakcji białko-białko DET i DEG
Zapoznaj się z postępem technicznym uzyskanym dzięki sekwencjonowaniu mRNA PacBio 2+3 firmy BMKGene, zapoznając się z wybranym zbiorem publikacji.
Chao, Q. i in. (2019) „Dynamika rozwoju transkryptomu łodygi topoli”,Czasopismo Biotechnologii Roślin, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. i in. (2022) „Dynamiczne zmiany zawartości kwasu askorbinowego podczas rozwoju i dojrzewania owoców Actinidia latifolia (rośliny owocowej bogatej w askorbinian) i powiązane mechanizmy molekularne”,Międzynarodowe czasopismo nauk molekularnych, 23(10), s. 1. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. i in. (2022) „Skuteczne przewidywanie genów szlaku biosyntezy zaangażowanych w bioaktywne polifyliny w Paris polyphylla”,Biologia komunikacji2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. i in. (2023) „Połączona analiza PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq transkryptomu Tuta absoluta (Meyrick) i genów cytochromu P450”,Owady, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun i in. (2019) „Badanie złożoności transkryptomu z wykorzystaniem analizy pojedynczych cząsteczek w czasie rzeczywistym PacBio w połączeniu z sekwencjonowaniem RNA Illumina w celu lepszego zrozumienia biosyntezy kwasu rycynolowego w Ricinus communis”,BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
