BMKCloud Log in
Baner-03

Produkty

Sekwencjonowanie genomu roślin/zwierząt de novo

De Nowosekwencjonowanie odnosi się do konstrukcji całego genomu gatunku przy użyciu technologii sekwencjonowania, np. PacBio, Nanopore, NGS itp., w przypadku braku genomu referencyjnego.Niezwykła poprawa długości odczytu technologii sekwencjonowania trzeciej generacji przyniosła nowe możliwości w składaniu złożonych genomów, takich jak genomy o wysokiej heterozygotyczności, wysokim współczynniku regionów powtarzalnych, poliploidach itp. Przy długości odczytu na poziomie kilkudziesięciu kilobaz te odczyty sekwencjonowania umożliwiają rozwiązywanie powtarzalnych elementów, regionów o nieprawidłowej zawartości GC i innych wysoce złożonych regionów.

Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Platforma Illumina NovaSeq


Szczegóły usługi

Wyniki demonstracyjne

Studium przypadku

Zalety serwisu

1Rozwój-sekwencjonowania-i-bioinformatyki-składania-genomu-de-novo

Rozwój platform sekwencjonowania i bioinformatyki wod nowaskładanie genomu

(Amarasinghe SL i in.,Biologia genomu, 2020)

● Konstruowanie nowych genomów i ulepszanie istniejących genomów referencyjnych dla interesujących gatunków.

● Większa dokładność, ciągłość i kompletność montażu

● Tworzenie podstawowych zasobów do badań nad polimorfizmem sekwencji, QTL, edycją genów, hodowlą itp.

● Wyposażone w pełne spektrum platform sekwencjonowania trzeciej generacji: kompleksowe rozwiązanie do składania genomu

● Elastyczne strategie sekwencjonowania i składania spełniające różnorodne genomy o różnych cechach

● Wysoko wykwalifikowany zespół bioinformatyków z dużym doświadczeniem w złożonych składach genomu, w tym poliploidalnych, gigantycznych genomach itp.

● Ponad 100 zakończonych sukcesem spraw, których skumulowany opublikowany współczynnik wpływu wynosi ponad 900

● Czas realizacji wynoszący zaledwie 3 miesiące w przypadku składania genomu na poziomie chromosomu.

● Solidne wsparcie techniczne z szeregiem patentów i praw autorskich do oprogramowania, zarówno po stronie eksperymentalnej, jak i bioinformatycznej.

Specyfikacje usług

 

Treść

 

 

Platforma

 

 

Przeczytaj Długość

 

 

Zasięg

 

Badanie genomu

 

Illumina NovaSekw

 

PE150

 

≥ 50X

 

 

Sekwencjonowanie genomu

 

PacBio Revio

 

15 KB odczytów HiFi

 

≥ 30X

 

Hi-C

 

Illumina NovaSekw

 

PE150

 

100X

 

 

 

Przepływ pracy

od nowa

Przykładowe wymagania i dostawa

Przykładowe wymagania:

Gatunek

Tkanka

Dla PacBio

Dla Nanoporu

Zwierząt

Narządy trzewne (wątroba, śledziona itp.)

≥ 1,0 g

≥ 3,5 g

Mięsień

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Krew ssaków

≥ 1,5 ml

≥ 5,0 ml

Krew ryb lub ptaków

≥ 0,2 ml

≥ 0,5 ml

Rośliny

Świeże liście

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Płatek lub łodyga

≥ 3,5 g

≥ 10,0 g

Korzenie lub nasiona

≥ 7,0 g

≥ 20,0 g

Komórki

Hodowlę komórkową

≥ 3×107

≥ 1×108

Zalecana dostawa próbek

Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (nie zaleca się stosowania folii aluminiowej)
W przypadku większości próbek nie zalecamy konserwowania w etanolu.
Etykietowanie próbek: Próbki muszą być wyraźnie oznakowane i identyczne z przesłanymi formularzami informacyjnymi.
Wysyłka: Suchy lód: Próbki należy najpierw zapakować w worki i zakopać w suchym lodzie.

Przebieg prac serwisowych

Próbka kontroli jakości

Projekt eksperymentu

dostawa próbek

Dostawa próbek

Eksperyment pilotażowy

Ekstrakcja DNA

Przygotowanie biblioteki

Budowa biblioteki

Sekwencjonowanie

Sekwencjonowanie

Analiza danych

Analiza danych

Usługi posprzedażowe

Usługi posprzedażowe


  • Poprzedni:
  • Następny:

  • *Pokazane tutaj wyniki demonstracyjne pochodzą z genomów opublikowanych przez Biomarker Technologies

    1.Circos na temat składania genomu na poziomie chromosomuG. rotundifoliumprzez platformę sekwencjonowania Nanopore

    3Cyrkos-o-cechach-genomowych-genomu-bawełny

    Wang M. i in.,Biologia molekularna i ewolucja, 2021 

    2.Statystyka składania genomu żyta Weining i adnotacja

    4 Statystyki składania i adnotacji genomu

    Li G i in.,Genetyka natury, 2021

    3. Przewidywanie genówEdule Sechiumgenom, uzyskany na podstawie trzech metod przewidywania:Od nowaprzewidywanie, przewidywanie oparte na homologii i przewidywanie oparte na danych RNA-Seq

    5Przewidywanie genów

    Fu A i in.,Badania ogrodnicze, 2021

    4.Identyfikacja nienaruszonych długich powtórzeń końcowych w trzech genomach bawełny

    6Identyfikacja powtarzalnych elementów genomu

    Wang M. i in.,Biologia molekularna i ewolucja, 2021

    5. Mapa cieplna Hi-CC. acuminatagenom pokazujący kompleksowe interakcje obejmujące cały genom.Intensywność oddziaływań Hi-C jest proporcjonalna do liniowej odległości pomiędzy kontigami.Czysta linia prosta na tej mapie cieplnej wskazuje na bardzo dokładne zakotwiczenie kontigów na chromosomach.(Współczynnik zakotwiczenia Contig: 96,03%)

    7Kotwiczenie mapy cieplnej Hi-C na zmontowanym sekwencjonowaniu

    kang M i in.,Komunikacja przyrodnicza,2021

     

    Sprawa BMK

    Wysokiej jakości zespół genomu podkreśla cechy genomiczne żyta i geny ważne z agronomicznego punktu widzenia

    Opublikowany: Genetyka natury, 2021

    Strategia sekwencjonowania:

    Składanie genomu: tryb PacBio CLR z biblioteką 20 kb (497 Gb, ok. 63×)
    Korekcja sekwencji: NGS z biblioteką DNA o długości 270 bp (430 Gb, ok. 54×) na platformie Illumina
    Zakotwiczenie Contigs: biblioteka Hi-C (560 Gb, ok. 71×) na platformie Illumina
    Mapa optyczna: (779,55 Gb, ok. 99×) na Bionano Irys

    Kluczowe wyniki

    1. Opublikowano zestaw genomu żyta Weininga o całkowitej wielkości genomu wynoszącej 7,74 Gb (98,74% szacowanej wielkości genomu metodą cytometrii przepływowej).Rusztowanie N50 tego zespołu osiągnęło 1,04 Gb.93,67% kontigów zostało pomyślnie zakotwiczonych na 7 pseudochromosomach.Zespół ten został oceniony za pomocą mapy powiązań, LAI i BUSCO, co zaowocowało wysokimi wynikami we wszystkich ocenach.

    2. Na podstawie tego genomu przeprowadzono dalsze badania z zakresu genomiki porównawczej, mapy powiązań genetycznych, badań transkryptomicznych.Ujawniono szereg cech genomicznych związanych z cechami, w tym duplikacje genów w całym genomie i ich wpływ na geny biosyntezy skrobi;fizyczna organizacja złożonych loci prolaminy, cechy ekspresji genów leżące u podstaw cechy wczesnej głowy oraz domniemane regiony chromosomalne i loci związane z udomowieniem u żyta.

    Studium przypadku PB-pełnej długości-RNA-Sekwencjonowanie

    Diagram Circos przedstawiający cechy genomowe genomu żyta Weining

    PB – alternatywne składanie RNA pełnej długości

    Analizy ewolucyjne i synteny chromosomów genomu żyta

    Odniesienie

    Li, G., Wang, L., Yang, J.i in.Wysokiej jakości zespół genomu podkreśla cechy genomiczne żyta i geny ważne z agronomicznego punktu widzenia.Nat Genet 53,574–584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    uzyskać wycenę

    Napisz tutaj swoją wiadomość i wyślij ją do nas

    Wyślij do nas wiadomość: