Sekwencjonowanie całego genomu roślin/zwierząt
Funkcje usługi
Od nowa
Technika ta jest szczególnie użyteczna w przypadku trudnych genomów, takich jak te z wysokim stopniem heterozygotyczności, powtarzalnymi regionami, genomami polipoloidalnymi, nieprawidłową zawartością CG itp.
Nasze kompleksowe rozwiązanie oferuje zintegrowane usługi sekwencjonowania i analizy bioinformatyczne, które dostarczają wysokiej jakości genom de novo. Wstępne badanie genomu z wykorzystaniem Illumina pozwala oszacować wielkość i złożoność genomu, a informacje te są wykorzystywane do przeprowadzenia kolejnego etapu sekwencjonowania długich odczytów z wykorzystaniem PacBio HiFi, a następnie…od nowaMontaż kontigów. Późniejsze zastosowanie montażu HiC umożliwia zakotwiczenie kontigów w genomie, uzyskując montaż na poziomie chromosomów. Na koniec genom jest adnotowany poprzez predykcję genów i sekwencjonowanie genów ekspresjonowanych, wykorzystując transkryptomy z krótkimi i długimi odczytami.
-- Integracja wielu usług sekwencjonowania i bioinformatyki w jednym rozwiązaniuUsługa odpowiednia do budowy nowego
-- genomy lub udoskonalenie istniejących genomów referencyjnych dla gatunków będących przedmiotem zainteresowania.
Ponowne sekwencjonowanie
-- Przygotowanie biblioteki może być standardowe lub bez użycia PCR
-- Dostępne na 4 platformach sekwencjonowania: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 lub PacBio Revio.
-- Analiza bioinformatyczna skupiona na wywoływaniu wariantów: SNP, InDel, SV i CNV
Zalety usługi
●Obszerne doświadczenie i dorobek publikacyjny: Dlaod nowaDzięki naszym usługom zgromadziliśmy ogromne doświadczenie w wysokiej jakości montażu genomów różnych gatunków, w tym genomów diploidalnych oraz wysoce złożonych genomów gatunków poliploidalnych i alloploidalnych. Od 2018 roku współtworzyliśmy ponad 300 publikacji o dużym wpływie, z czego ponad 20 opublikowano w czasopiśmie Nature Genetics. W ramach ponownego sekwencjonowania genomu zgromadziliśmy dane dotyczące ponad 1000 gatunków, co zaowocowało ponad 1000 opublikowanych przypadków o skumulowanym współczynniku wpływu przekraczającym 5000.
●Kompleksowe rozwiązanie: NAod nowasekwencjonowanie – nasze zintegrowane podejście łączy wiele technologii sekwencjonowania i analiz bioinformatycznych w spójny proces pracy, dostarczając wysokiej jakości zmontowany genom.
●Dopasowane do Twoich potrzeb:Nasz przepływ usług jest dostosowywalny, co pozwala na dostosowanie go do genomów o zróżnicowanych cechach i szczególnych potrzeb badawczych.
●Wysoko wykwalifikowany zespół bioinformatyczny i laboratoryjny:Czy to dlaod nowaNiezależnie od tego, czy chodzi o sekwencjonowanie, czy resekwencjonowanie, nasz zespół dysponuje zestawem specjalistycznych narzędzi i wiedzy, które gwarantują sukces projektu. Potwierdza to szereg opracowanych przez nich patentów i praw autorskich do oprogramowania.
● Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:W tym wywołanie wariantów i adnotacje funkcji.
●Kompleksowa adnotacja do sekwencjonowania:Używamy wielu baz danych do funkcjonalnej adnotacji genów ze zidentyfikowanymi wariantami i przeprowadzamy odpowiednią analizę wzbogacenia, dostarczając spostrzeżeń na temat Twoich projektów badawczych.
Specyfikacje usług
| Warianty do zidentyfikowania | Strategia sekwencjonowania | Zalecana głębokość |
| SNP i InDel | Illumina NovaSeq PE150 lub MGI T7 | 10x |
| SV i CNV (mniej dokładne) | 30x | |
| SV i CNV (dokładniejsze) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indel, SV i CNV | PacBio Revio | 10x |
Przykładowe wymagania
| Kwasy nukleinowe tkankowe lub ekstrahowane | Illumina/MGI | Nanopore (biblioteka 8 KB) | PacBio (biblioteka 15 KB)
| ||
| Wnętrzności zwierzęce | ≥ 0,2 g | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ||
| Mięsień zwierzęcy | |||||
| Krew ssaków | ≥ 0,3 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 1 ml
| ||
| Krew drobiowa/rybna | ≥ 0,05 ml | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,1 ml
| ||
| Roślina - Świeży liść | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ≥ 2 g
| ||
| Komórki hodowane | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| Miękka tkanka owada/Osobna | ≥ 0,2 g | ≥ 0,3 g
| ≥ 1 g
| ||
| Organizm wodny - Tkanka mięśniowa | ≥ 0,3 g | ≥ 1 g | ≥ 1,5 g | ||
| Organizm wodny - Glony | ≥ 0,5 g | ≥ 1,5 g | ≥ 3 g | ||
| Wyekstrahowane DNA
| Stężenie: ≥ 1 ng/µl Ilość: ≥ 30 ng Ograniczona lub żadna degradacja lub zanieczyszczenie
| Stężenie Kwota
OD260/280
OD260/230
Ograniczona lub żadna degradacja lub zanieczyszczenie
| ≥ 40 ng/µl 2 µg/komórka przepływowa/próbka
1.7 - 2.2
1,5 - 3,0 | Stężenie Kwota
OD260/280
OD260/230
Ograniczona lub żadna degradacja lub zanieczyszczenie | ≥ 50 ng/µl 8 µg/komórka przepływowa/próbka
1.7 - 2.2
1,8 - 2,5 |
| Przygotowanie biblioteki bez PCR: Stężenie ≥ 40 ng/µl Ilość ≥ 500 ng | |||||
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Ekstrakcja DNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Dostarczanie danych
Od nowarurociąg bioinformatyczny
Jeśli chcesz zobaczyć przegląd naszych różnych rurociągów do montażu:
Pełna analiza bioinformatyczna, podzielona na 4 kroki:
1. Przegląd genomu w oparciu o analizę k-mer z odczytami NGS.Dostarczy nam informacji na temat:
- Oszacowanie wielkości genomu
- Oszacowanie heterozygotyczności
- Oszacowanie regionów powtarzalnych
2. Montaż genomu z PacBio HiFi.Użycie długich odczytów da nam:
- Od nowamontaż
- Ocena montażu: obejmująca analizę BUSCO pod kątem kompletności genomu i mapowanie wsteczne odczytów NGS i PacBio HiFi
3. Montaż Hi-C.Gdy już zmontujemy całość, informacja o trójwymiarowej strukturze genomu pogłębi naszą wiedzę i wzbogaci genom referencyjny, który budujemy.
- Biblioteka Hi-C QC do szacowania prawidłowych interakcji Hi-C.
- Montaż Hi-C. Zajmiemy się grupowaniem kontigów w grupy, a następnie uporządkowaniem kontigów w każdej grupie i przypisaniem orientacji kontigów.
- Ocena Hi-C
4. Adnotacja genomu:
- Predykcja niekodującego RNA
- Identyfikacja sekwencji powtarzalnych (transpozony i powtórzenia tandemowe)
- Predykcja genów
- Od nowa: algorytmy ab initio
- Na podstawie homologii
- Na podstawie transkryptomu, z odczytami długimi i krótkimi: odczyty sąod nowazmontowane lub zmapowane do projektu genomu
- Adnotacja przewidywanych genów z wieloma bazami danych
Ponowne sekwencjonowanierurociąg bioinformatyczny
Zawiera następującą analizę:
- Kontrola jakości danych surowych
- Statystyki dopasowania do genomu referencyjnego
- Identyfikacja wariantów: SNP, InDel, SV i CNV
- Adnotacja funkcjonalna wariantów
Statystyka dopasowania do genomu referencyjnego – rozkład głębokości sekwencjonowania
Wywołanie SNP wśród wielu próbek
Identyfikacja InDel – statystyka długości InDel w regionie CDS i regionie całego genomu
Rozkład wariantów w genomie – wykres Circos
Adnotacja funkcjonalna genów ze zidentyfikowanymi wariantami – Ontologia genów
Chai, Q. i in. (2023) „Glutation S-transferaza GhTT19 determinuje pigmentację płatków kwiatów poprzez regulację gromadzenia się antocyjanów w bawełnie”,Czasopismo Biotechnologii Roślin, 21 ust. 2, s. 1. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. i in. (2023) „Genom dzikiej Hevea brasiliensis na poziomie chromosomów dostarcza nowych narzędzi do hodowli wspomaganej genomiką i cennych loci zwiększających plony kauczuku”,Czasopismo Biotechnologii Roślin, 21(5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. i in. (2021) „Sekwencje genomu ujawniają globalne szlaki rozprzestrzeniania się i sugerują konwergentne adaptacje genetyczne w ewolucji konika morskiego”,Komunikacja przyrodnicza, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. i in. (2023) „Zmiany chromosomowe na dużą skalę prowadzą do zmian ekspresji na poziomie genomu, adaptacji środowiskowej i specjacji u gatunku Gayal (Bos frontalis)”,Biologia molekularna i ewolucja, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. i in. (2023) „Montaż genomu i analiza genetyczna wybitnej odpornej na suszę plazmy zarodkowej kukurydzy”,Genetyka Natury 202355:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. i in. (2023) „Ujawnienie ewolucji biosyntezy alkaloidów tropanowych poprzez analizę dwóch genomów z rodziny psiankowatych”,Komunikacja przyrodnicza2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. i in. (2022) „Analiza zmian genomu i metylacji u rodzimych kurczaków chińskich na przestrzeni czasu dostarcza wglądu w kwestię ochrony gatunków”,Biologia komunikacji, 5(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Trudne studia przypadków:
Montaż telomer-telomer:Fu, A. i in. (2023) „Złożenie genomu telomer-telomer w gorzkim melonie (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ujawnia genetyczne cechy rozwoju, składu i dojrzewania owoców”,Badania ogrodnicze, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Montaż haplotypu:Hu, W. i in. (2021) „Genom zdefiniowany przez allele ujawnia różnicowanie bialleliczne podczas ewolucji manioku”,Roślina molekularna, 14(6), s. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Montaż gigantycznego genomu:Yuan, J. i in. (2022) „Podstawy genomowe giga-chromosomów i giga-genomu piwonii drzewiastej Paeonia ostii”,Komunikacja przyrodnicza2022 13:1, 13(1), s. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Montaż genomu poliploidalnego:Zhang, Q. i in. (2022) „Wgląd w genom na temat niedawnej redukcji chromosomów u autopoliploidalnej trzciny cukrowej Saccharum spontaneum”,Genetyka Natury 202254:6, 54(6), s. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
