-
Sekwencjonowanie amplikonów PacBio-16S/18S/ITS pełnej długości
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) została opracowana w oparciu o wieloletnie doświadczenie w projektach analizy różnorodności mikrobiologicznej i zawiera standaryzowaną analizę podstawową oraz analizę spersonalizowaną: analiza podstawowa obejmuje główny zakres analizy bieżących badań mikrobiologicznych, treść analizy jest bogata i kompleksowa, a wyniki analizy są prezentowane w formie raportów projektowych. Treść analizy spersonalizowanej jest zróżnicowana. Próbki można wybierać, a parametry elastycznie ustawiać zgodnie z raportem analizy podstawowej i celem badań, aby spełnić spersonalizowane wymagania. System operacyjny Windows jest prosty i szybki.
-
PacBio-Pełna długość transkryptomu (niereferencyjna)
Wykorzystując dane sekwencjonowania izoform Pacific Biosciences (PacBio) jako dane wejściowe, ta aplikacja jest w stanie zidentyfikować sekwencje transkryptów pełnej długości (bez montażu). Mapowanie sekwencji pełnej długości na genom referencyjny umożliwia optymalizację transkryptów pod kątem znanych genów, transkryptów, regionów kodujących itp. W ten sposób można uzyskać dokładniejszą identyfikację struktur mRNA, takich jak alternatywny splicing itp. Łączna analiza z danymi sekwencjonowania transkryptomu NGS umożliwia bardziej kompleksową adnotację i dokładniejszą kwantyfikację ekspresji na poziomie transkryptu, co w znacznym stopniu przyczynia się do dalszej analizy ekspresji różnicowej i analizy funkcjonalnej.
-
Zestawy narzędzi
BMKCloud to wiodąca platforma bioinformatyczna oferująca kompleksowe rozwiązania dla programów genomicznych, ciesząca się szerokim zaufaniem badaczy z różnych dziedzin, w tym medycyny, rolnictwa, ochrony środowiska itp. BMKCloud zobowiązuje się do świadczenia zintegrowanych, niezawodnych i wydajnych usług, w tym platform i narzędzi do analizy bioinformatycznej, zasobów obliczeniowych, publicznych baz danych, internetowych kursów bioinformatycznych itp. BMKCloud oferuje różne często używane narzędzia bioinformatyczne, w tym adnotację genów, narzędzia genetyki ewolucyjnej, ncRNA, kontrolę jakości danych, montaż, wyrównywanie, ekstrakcję danych, mutacje, statystykę, generator rysunków, analizę sekwencji itp.
-
Mały RNA
Małe RNA to rodzaj krótkich niekodujących RNA o średniej długości 18-30 nt, w tym miRNA, siRNA i piRNA. Wiele doniesień wskazuje na udział tych małych RNA w różnych procesach biologicznych, takich jak degradacja mRNA, hamowanie translacji, tworzenie heterochromatyny itp. Analiza sekwencjonowania małych RNA znalazła szerokie zastosowanie w badaniach nad rozwojem zwierząt/roślin, chorobami, wirusami itp. Platforma analizy sekwencjonowania małych RNA składa się ze standardowej analizy i zaawansowanej eksploracji danych. Na podstawie danych RNA-seq, standardowa analiza umożliwia identyfikację i predykcję miRNA, predykcję genu docelowego miRNA, adnotację i analizę ekspresji. Zaawansowana analiza umożliwia spersonalizowane wyszukiwanie i ekstrakcję miRNA, generowanie diagramów Venna oraz budowę sieci miRNA i genów docelowych.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS to platforma do analizy resekwencjonowania całego genomu, opracowana w oparciu o bogate doświadczenie w technologiach biomarkerów. Ta łatwa w obsłudze platforma umożliwia szybkie wdrożenie zintegrowanego procesu analizy poprzez proste ustawienie kilku podstawowych parametrów, które pasują do danych sekwencjonowania DNA generowanych zarówno z platformy Illumina, jak i platformy sekwencjonowania BGI. Platforma ta jest wdrożona na serwerze o wysokiej wydajności obliczeniowej, co umożliwia wysoce wydajną analizę danych w bardzo krótkim czasie. Spersonalizowana eksploracja danych jest dostępna w oparciu o standardowe analizy, w tym zapytania o zmutowane geny, projektowanie starterów PCR itp.
-
mRNA (odniesienie)
Transkryptom stanowi ogniwo łączące genomową informację genetyczną z proteomem funkcji biologicznych. Regulacja na poziomie transkrypcji jest najważniejszym i najszerzej badanym sposobem regulacji organizmów. Sekwencjonowanie transkryptomu pozwala na sekwencjonowanie transkryptomu w dowolnym momencie i w dowolnych warunkach, z rozdzielczością do jednego nukleotydu. Pozwala ono dynamicznie odzwierciedlać poziom transkrypcji genu, jednocześnie identyfikować i kwantyfikować rzadkie i prawidłowe transkrypty oraz dostarczać informacji strukturalnych o transkryptach specyficznych dla danej próbki.
Obecnie technologia sekwencjonowania transkryptomu jest szeroko stosowana w agronomii, medycynie i innych dziedzinach badań, obejmujących regulację rozwoju zwierząt i roślin, adaptację do środowiska, interakcje immunologiczne, lokalizację genów, ewolucję genetyczną gatunków oraz wykrywanie nowotworów i chorób genetycznych.
-
Metagenomika (NGS)
Ta platforma analityczna została zaprojektowana do analizy danych metagenomicznych typu shotgun, w oparciu o wieloletnie doświadczenie. Składa się ze zintegrowanego procesu roboczego, obejmującego szereg powszechnie potrzebnych analiz metagenomicznych, w tym przetwarzanie danych, badania na poziomie gatunku, badania na poziomie funkcji genów, sortowanie metagenomów itp. Dodatkowo, w ramach standardowego procesu roboczego dostępne są narzędzia do eksploracji danych, takie jak zapytania dotyczące genów i gatunków, ustawianie parametrów, generowanie spersonalizowanych rysunków itp.
-
LncRNA
Długie niekodujące RNA (lncRNA) to rodzaj transkryptów o długości powyżej 200 nt, które nie są w stanie kodować białek. Zgromadzone dowody sugerują, że większość lncRNA jest najprawdopodobniej funkcjonalna. Technologie sekwencjonowania o wysokiej przepustowości i narzędzia analizy bioinformatycznej umożliwiają nam skuteczniejsze wykrywanie sekwencji lncRNA i informacji o ich pozycjonowaniu, a także prowadzą do odkrywania lncRNA o kluczowych funkcjach regulacyjnych. BMKCloud z dumą oferuje naszym klientom platformę do analizy sekwencjonowania lncRNA, umożliwiającą szybką, niezawodną i elastyczną analizę lncRNA.
-
GWAS
Badanie asocjacji całego genomu (GWAS) ma na celu identyfikację wariantów genetycznych (genotypu) powiązanych z określonymi cechami (fenotypem). Badania GWA analizują markery genetyczne w całym genomie dużej liczby osobników i przewidują asocjacje genotyp-fenotyp poprzez analizę statystyczną na poziomie populacji. Resekwencjonowanie całego genomu może potencjalnie ujawnić wszystkie warianty genetyczne. W połączeniu z danymi fenotypowymi, GWAS może być przetwarzane w celu identyfikacji powiązanych z fenotypem SNP, QTL i genów kandydujących, co silnie wspiera współczesną hodowlę zwierząt i roślin. SLAF to opracowana samodzielnie, uproszczona strategia sekwencjonowania genomu, która odkrywa rozproszone markery w całym genomie (SNP). Te SNP, jako molekularne markery genetyczne, mogą być przetwarzane w badaniach asocjacyjnych z docelowymi cechami. Jest to opłacalna strategia identyfikacji złożonych cech powiązanych ze zmiennością genetyczną.
-
Nanopore Pełna transkryptomika
Złożone i zmienne alternatywne izoformy w organizmach stanowią ważne mechanizmy genetyczne regulujące ekspresję genów i różnorodność białek. Dokładna identyfikacja struktur transkryptów stanowi podstawę do dogłębnych badań nad wzorcami regulacji ekspresji genów. Platforma sekwencjonowania Nanopore z powodzeniem przeniosła badania transkryptomiczne na poziom izoform. Ta platforma analityczna została zaprojektowana do analizy danych RNA-Seq generowanych na platformie Nanopore na podstawie genomu referencyjnego, co pozwala na przeprowadzanie analiz jakościowych i ilościowych zarówno na poziomie genów, jak i transkryptów.
-
circ-RNA
Koliste RNA (circRNA) to rodzaj niekodującego RNA, który, jak niedawno odkryto, odgrywa kluczową rolę w sieciach regulacyjnych zaangażowanych w rozwój, odporność na czynniki środowiskowe itp. W odróżnieniu od liniowych cząsteczek RNA, np. mRNA i lncRNA, końce 3' i 5' circRNA łączą się ze sobą, tworząc strukturę kolistą, co chroni je przed trawieniem przez egzonukleazę i zapewnia większą stabilność niż większość liniowych RNA. Stwierdzono, że circRNA pełnią różnorodne funkcje w regulacji ekspresji genów. CircRNA może działać jak cerRNA, które kompetycyjnie wiąże miRNA, znane jako gąbka miRNA. Platforma analizy sekwencjonowania circRNA umożliwia analizę struktury i ekspresji circRNA, przewidywanie celów i analizę łączoną z innymi typami cząsteczek RNA.
-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis składa się z jednoetapowej analizy standardowej oraz analizy zaawansowanej z konfigurowalnymi ustawieniami parametrów. BSA to technika wykorzystywana do szybkiej identyfikacji markerów genetycznych powiązanych z fenotypem. Główny proces BSA obejmuje: 1. wybór dwóch grup osób o skrajnie przeciwstawnych fenotypach; 2. łączenie DNA, RNA lub sekwencji SLAF (opracowanej przez Biomarker) wszystkich osób w celu utworzenia dwóch zbiorczych sekwencji DNA; 3. identyfikację różnicowych sekwencji względem genomu referencyjnego lub pośrednich; 4. przewidywanie regionów kandydackich powiązanych za pomocą algorytmu ED i indeksu SNP; 5. analizę funkcjonalną i wzbogacanie genów w regionach kandydackich itp. Dostępne są również bardziej zaawansowane metody eksploracji danych, w tym przesiewowe badania markerów genetycznych i projektowanie starterów.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) została opracowana w oparciu o wieloletnie doświadczenie w projektach analizy różnorodności mikrobiologicznej i zawiera standaryzowaną analizę podstawową oraz analizę spersonalizowaną: analiza podstawowa obejmuje główny zakres analizy bieżących badań mikrobiologicznych, treść analizy jest bogata i kompleksowa, a wyniki analizy są prezentowane w formie raportów projektowych. Treść analizy spersonalizowanej jest zróżnicowana. Próbki można wybierać, a parametry elastycznie ustawiać zgodnie z raportem analizy podstawowej i celem badań, aby spełnić spersonalizowane wymagania. System operacyjny Windows jest prosty i szybki.
