-
Sekwencjonowanie jednojądrowego RNA
Postęp w wychwytywaniu pojedynczych komórek i technice konstruowania indywidualnych bibliotek w połączeniu z wysokowydajnym sekwencjonowaniem umożliwia badanie ekspresji genów komórka po komórce.Umożliwia głębszą i kompletną analizę systemową złożonych populacji komórek, w której w dużym stopniu pozwala uniknąć maskowania ich heterogeniczności poprzez uśrednianie wszystkich komórek.
Jednakże niektóre komórki nie nadają się do sporządzania zawiesiny jednokomórkowej, dlatego potrzebne są inne metody przygotowania próbki – ekstrakcja jądra z tkanek, to znaczy jądro jest bezpośrednio ekstrahowane z tkanki lub komórki i przygotowywane do postaci zawiesiny jednojądrowej dla pojedynczych- sekwencjonowanie komórek.
BMK świadczy usługę sekwencjonowania jednokomórkowego RNA w oparciu o 10× Genomics ChromiumTM.Usługa ta jest szeroko stosowana w badaniach związanych z chorobami, takimi jak różnicowanie komórek odpornościowych, heterogeniczność nowotworu, rozwój tkanek itp.
Przestrzenny chip transkryptomu: 10 × genomika
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie całego genomu roślin/zwierząt
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu, znane również jako WGS, umożliwia ujawnienie zarówno powszechnych, jak i rzadkich mutacji w całym genomie, w tym polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), delecji insercyjnej (InDel), zmienności struktury (SV) i zmienności liczby kopii (CNV) ).SV stanowią większą część bazy zmienności niż SNP i mają większy wpływ na genom, co ma znaczący wpływ na organizmy żywe.Ponowne sekwencjonowanie z długim odczytem pozwala na bardziej precyzyjną identyfikację dużych fragmentów i skomplikowanych odmian, ponieważ długie odczyty znacznie ułatwiają krzyżowanie chromosomów przez skomplikowane regiony, takie jak powtórzenia tandemowe, regiony bogate w GC/AT i regiony hiperzmienne.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transkryptom przestrzenny BMKMANU S1000
Transkryptomika przestrzenna przoduje w innowacjach naukowych, umożliwiając badaczom zgłębianie skomplikowanych wzorców ekspresji genów w tkankach przy jednoczesnym zachowaniu ich kontekstu przestrzennego.Pośród różnych platform firma BMKGene opracowała układ transkryptomu przestrzennego BMKManu S1000, charakteryzujący sięzwiększona rozdzielczość5 µM, osiągając zakres subkomórkowy i umożliwiającwielopoziomowe ustawienia rozdzielczości.Układ S1000, zawierający około 2 miliony plamek, wykorzystuje mikrostudzienki pokryte kulkami załadowanymi przestrzennie oznaczonymi kodami kreskowymi sondami wychwytującymi.Z chipa S1000 przygotowywana jest biblioteka cDNA, wzbogacona przestrzennymi kodami kreskowymi, a następnie sekwencjonowana na platformie Illumina NovaSeq.Połączenie próbek oznaczonych przestrzennie kodami kreskowymi i UMI zapewnia dokładność i specyficzność generowanych danych.Unikalna cecha chipa BMKManu S1000 polega na jego wszechstronności, oferując wielopoziomowe ustawienia rozdzielczości, które można precyzyjnie dostroić do różnych tkanek i poziomów szczegółowości.Ta zdolność adaptacji sprawia, że chip jest znakomitym wyborem do różnorodnych badań transkryptomiki przestrzennej, zapewniając precyzyjne grupowanie przestrzenne przy minimalnym poziomie szumu.
Wykorzystując chip BMKManu S1000 i inne technologie transkryptomiki przestrzennej, badacze mogą lepiej zrozumieć przestrzenną organizację komórek i złożone interakcje molekularne zachodzące w tkankach, zapewniając bezcenny wgląd w mechanizmy leżące u podstaw procesów biologicznych w szerokim zakresie dziedzin, w tym onkologia, neurologia, biologia rozwoju, immunologia i studia botaniczne.
Platforma: układ BMKManu S1000 i Illumina NovaSeq
-
10x Transkryptom przestrzenny Genomics Visium
Transkryptomika przestrzenna to najnowocześniejsza technologia, która umożliwia badaczom badanie wzorców ekspresji genów w tkankach, przy jednoczesnym zachowaniu ich kontekstu przestrzennego.Jedną z potężnych platform w tej domenie jest 10x Genomics Visium w połączeniu z sekwencjonowaniem Illumina.Zasada 10X Visium opiera się na specjalistycznym chipie z wyznaczonym obszarem przechwytywania, w którym umieszczane są skrawki tkanek.Ten obszar przechwytywania zawiera punkty z kodem kreskowym, z których każdy odpowiada unikalnemu położeniu przestrzennemu w tkance.Wychwycone cząsteczki RNA z tkanki są następnie znakowane unikalnymi identyfikatorami molekularnymi (UMI) podczas procesu odwrotnej transkrypcji.Te oznaczone kodami kreskowymi plamki i UMI umożliwiają precyzyjne mapowanie przestrzenne i ocenę ilościową ekspresji genów w rozdzielczości pojedynczej komórki.Połączenie próbek oznaczonych przestrzennie kodami kreskowymi i UMI zapewnia dokładność i specyficzność generowanych danych.Korzystając z tej technologii transkryptomiki przestrzennej, badacze mogą uzyskać głębsze zrozumienie przestrzennej organizacji komórek i złożonych interakcji molekularnych zachodzących w tkankach, oferując bezcenny wgląd w mechanizmy leżące u podstaw procesów biologicznych w wielu dziedzinach, w tym w onkologii, neurologii, biologii rozwoju i immunologii i studia botaniczne.
Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
-
Pełnej długości sekwencjonowanie mRNA-Nanopore
Chociaż sekwencjonowanie mRNA oparte na NGS służy jako wszechstronne narzędzie do ilościowego oznaczania ekspresji genów, jego poleganie na krótkich odczytach ogranicza jego skuteczność w złożonych analizach transkryptomicznych.Z drugiej strony sekwencjonowanie nanoporów wykorzystuje technologię długiego odczytu, umożliwiającą sekwencjonowanie transkryptów mRNA o pełnej długości.Podejście to ułatwia wszechstronną eksplorację alternatywnego splicingu, fuzji genów, poliadenylacji i ilościowego oznaczania izoform mRNA.
Sekwencjonowanie nanoporów opiera się na sygnałach elektrycznych czasu rzeczywistego jednocząsteczkowych nanoporów.Kierowany przez białka motoryczne, dwuniciowy DNA wiąże się z białkami nanoporowymi osadzonymi w biofilmie i rozwija się podczas przechodzenia przez kanał nanoporowy pod wpływem różnicy napięcia.Charakterystyczne sygnały elektryczne generowane przez różne zasady nici DNA są wykrywane i klasyfikowane w czasie rzeczywistym, co ułatwia dokładne i ciągłe sekwencjonowanie nukleotydów.To innowacyjne podejście pokonuje ograniczenia związane z krótkim odczytem i zapewnia dynamiczną platformę do skomplikowanych analiz genomicznych, w tym złożonych badań transkryptomicznych.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Sekwencjonowanie mRNA pełnej długości -PacBio
Chociaż sekwencjonowanie mRNA oparte na NGS jest wszechstronnym narzędziem do ilościowego określania ekspresji genów, jego poleganie na krótkich odczytach ogranicza jego zastosowanie w złożonych analizach transkryptomicznych.Z kolei sekwencjonowanie PacBio (Iso-Seq) wykorzystuje technologię długiego odczytu, umożliwiającą sekwencjonowanie transkryptów mRNA pełnej długości.Podejście to ułatwia wszechstronną eksplorację alternatywnego splicingu, fuzji genów i poliadenylacji, chociaż nie jest głównym wyborem do ilościowego oznaczania ekspresji genów ze względu na dużą ilość wymaganych danych.
Technologia sekwencjonowania PacBio opiera się na sekwencjonowaniu pojedynczej cząsteczki w czasie rzeczywistym (SMRT), co zapewnia wyraźną przewagę w przechwytywaniu transkryptów mRNA o pełnej długości.To innowacyjne podejście obejmuje zastosowanie falowodów trybu zerowego (ZMW), czyli mikrofabrykowanych studzienek, które umożliwiają obserwację w czasie rzeczywistym aktywności polimerazy DNA podczas sekwencjonowania.W tych ZMW polimeraza DNA PacBio syntetyzuje komplementarną nić DNA, generując długie odczyty obejmujące całość transkryptów mRNA.Działanie PacBio w trybie sekwencjonowania Circular Consensus (CCS) zwiększa dokładność poprzez wielokrotne sekwencjonowanie tej samej cząsteczki.Wygenerowane odczyty HiFi mają dokładność porównywalną z NGS, co dodatkowo przyczynia się do kompleksowej i niezawodnej analizy złożonych cech transkryptomicznych.Platforma: PacBio Sequel II
-
Sekwencjonowanie eukariotycznego mRNA – Illumina
Sekwencjonowanie mRNA umożliwia kompleksowe profilowanie wszystkich transkryptów mRNA w komórkach w określonych warunkach.Ta najnowocześniejsza technologia stanowi potężne narzędzie, ujawniające skomplikowane profile ekspresji genów, struktury genów i mechanizmy molekularne powiązane z różnorodnymi procesami biologicznymi.Powszechnie stosowane w badaniach podstawowych, diagnostyce klinicznej i opracowywaniu leków, sekwencjonowanie mRNA zapewnia wgląd w zawiłości dynamiki komórkowej i regulacji genetycznej.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Niereferencyjne sekwencjonowanie mRNA – Illumina
Sekwencjonowanie mRNA umożliwia kompleksowe profilowanie wszystkich transkryptów mRNA w komórkach w określonych warunkach.Ta najnowocześniejsza technologia stanowi potężne narzędzie, ujawniające skomplikowane profile ekspresji genów, struktury genów i mechanizmy molekularne powiązane z różnorodnymi procesami biologicznymi.Powszechnie stosowane w badaniach podstawowych, diagnostyce klinicznej i opracowywaniu leków, sekwencjonowanie mRNA zapewnia wgląd w zawiłości dynamiki komórkowej i regulacji genetycznej.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Długie niekodujące sekwencjonowanie – Illumina
Długie niekodujące RNA (lncRNA) to RNA dłuższe niż 200 nukleotydów, które posiadają minimalny potencjał kodowania i są kluczowymi elementami niekodującego RNA.Znajdujące się w jądrze i cytoplazmie RNA odgrywają kluczową rolę w regulacji epigenetycznej, transkrypcyjnej i potranskrypcyjnej, podkreślając ich znaczenie w kształtowaniu procesów komórkowych i molekularnych.Sekwencjonowanie LncRNA jest potężnym narzędziem w różnicowaniu komórek, ontogenezie i chorobach człowieka.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie małego RNA – Illumina
Małe cząsteczki RNA (sRNA), zwykle o długości poniżej 200 nukleotydów, obejmują mikroRNA (miRNA), małe interferujące RNA (siRNA) i RNA oddziałujące z piwi (piRNA).Wśród nich miRNA o długości około 20–24 nukleotydów są szczególnie godne uwagi ze względu na ich kluczową rolę regulacyjną w różnych procesach komórkowych.Dzięki wzorom ekspresji specyficznym dla tkanki i etapu miRNA wykazują wysoką konserwację u różnych gatunków.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie circRNA-Illumina
Sekwencjonowanie kołowego RNA (circRNA-seq) polega na profilowaniu i analizie kolistych RNA, klasy cząsteczek RNA, które tworzą zamknięte pętle w wyniku niekanonicznego splicingu, zapewniając tym RNA zwiększoną stabilność.Podczas gdy wykazano, że niektóre circRNA działają jak gąbki mikroRNA, sekwestrując mikroRNA i uniemożliwiając im regulację docelowych mRNA, inne circRNA mogą oddziaływać z białkami, modulować ekspresję genów lub odgrywać rolę w procesach komórkowych.Analiza ekspresji circRNA zapewnia wgląd w role regulacyjne tych cząsteczek i ich znaczenie w różnych procesach komórkowych, stadiach rozwojowych i stanach chorobowych, przyczyniając się do głębszego zrozumienia złożoności regulacji RNA w kontekście ekspresji genów.
-
Sekwencjonowanie całego transkryptomu – Illumina
Sekwencjonowanie całego transkryptomu oferuje kompleksowe podejście do profilowania różnorodnych cząsteczek RNA, obejmujące zarówno kodujące (mRNA), jak i niekodujące RNA (lncRNA, circRNA i miRNA).Technika ta przechwytuje pełny transkryptom określonych komórek w danym momencie, umożliwiając całościowe zrozumienie procesów komórkowych.Znane również jako „sekwencjonowanie całkowitego RNA” ma na celu odkrycie skomplikowanych sieci regulacyjnych na poziomie transkryptomu, umożliwiając dogłębną analizę, taką jak analiza konkurującego endogennego RNA (ceRNA) i analiza wspólnego RNA.Oznacza to pierwszy krok w kierunku charakterystyki funkcjonalnej, szczególnie w rozwikłaniu sieci regulacyjnych obejmujących interakcje ceRNA oparte na circRNA-miRNA-mRNA.
