-
Sekwencjonowanie immunoprecypitacji chromatyny (ChIP-seq)
ChIP-Seq zapewnia profilowanie całego genomu celów DNA pod kątem modyfikacji histonów, czynników transkrypcyjnych i innych białek związanych z DNA.Łączy w sobie selektywność immunoprecypitacji chromatyny (ChIP) w celu odzyskania specyficznych kompleksów białko-DNA z mocą sekwencjonowania nowej generacji (NGS) w celu wysokowydajnego sekwencjonowania odzyskanego DNA.Dodatkowo, ponieważ kompleksy białko-DNA odzyskiwane są z żywych komórek, miejsca wiązania można porównywać w różnych typach komórek i tkankach lub w różnych warunkach.Zastosowania obejmują regulację transkrypcji, ścieżki rozwojowe, mechanizmy chorobowe i nie tylko.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie metagenomiczne -NGS
Metagenom odnosi się do zbioru całkowitego materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takiego jak metagenom środowiskowy, metagenom ludzki itp. Zawiera genomy zarówno mikroorganizmów, które można hodować, jak i nie.Sekwencjonowanie metagenomiczne to narzędzie molekularne stosowane do analizy mieszanych materiałów genomowych ekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, powiązań filogenetycznych, genów funkcjonalnych i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie metagenomiczne – Nanopor
Metagenomika to narzędzie molekularne stosowane do analizy mieszanych materiałów genomowych ekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, powiązań filogenetycznych, genów funkcjonalnych i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi itp. Niedawno wprowadzono platformy sekwencjonowania Nanopore do badań metagenomicznych.Jego wyjątkowa wydajność w zakresie długości odczytu znacznie usprawniła dalszą analizę metagenomiczną, zwłaszcza składanie metagenomu.Wykorzystując długość odczytu, badanie metagenomiczne oparte na Nanopore jest w stanie osiągnąć bardziej ciągłe składanie w porównaniu z metagenomią typu shotgun.Opublikowano, że metagenomika oparta na Nanoporach z powodzeniem wygenerowała kompletne i zamknięte genomy bakteryjne z mikrobiomów (Moss, EL i in.,Biotechnologia natury, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Sekwencjonowanie wodorosiarczynem całego genomu
Metylacja DNA na piątej pozycji w cytozynie (5-mC) ma zasadniczy wpływ na ekspresję genów i aktywność komórkową.Nieprawidłowe wzorce metylacji powiązano z kilkoma stanami i chorobami, takimi jak rak.WGBS stał się złotym standardem w badaniu metylacji całego genomu przy rozdzielczości pojedynczej zasady.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Test na chromatynę dostępną dla transpozazy z sekwencjonowaniem o dużej przepustowości (ATAC-seq)
ATAC-seq to wysokowydajna metoda sekwencjonowania służąca do analizy dostępności chromatyny w całym genomie, co jest ważne dla globalnej epigenetycznej kontroli ekspresji genów.Adaptery sekwencjonowania są wstawiane do otwartych obszarów chromatyny za pomocą hiperaktywnej transpozazy Tn5.Po amplifikacji PCR konstruuje się bibliotekę sekwencjonowania.Wszystkie otwarte regiony chromatyny można otrzymać w określonych warunkach czasoprzestrzennych, nie ograniczających się tylko do miejsc wiązania czynnika transkrypcyjnego lub określonego regionu zmodyfikowanego histonem.
-
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS – PacBio
Podjednostka 16S i 18S rRNA zawierająca zarówno regiony wysoce konserwatywne, jak i hiperzmienne, jest doskonałym molekularnym odciskiem palca do identyfikacji organizmów prokariotycznych i eukariotycznych.Korzystając z sekwencjonowania, amplikony te można ukierunkować na podstawie konserwatywnych części, a regiony hiperzmienne można w pełni scharakteryzować pod kątem identyfikacji drobnoustrojów, co przyczyni się do badań obejmujących analizę różnorodności drobnoustrojów, taksonomię, filogenezę itp. Pojedyncza cząsteczka w czasie rzeczywistym (SMRT ) sekwencjonowanie platformy PacBio umożliwia uzyskanie bardzo dokładnych długich odczytów, które mogłyby obejmować amplikony pełnej długości (ok. 1,5 Kb).Szersze spojrzenie na pole genetyczne znacznie poprawiło rozdzielczość adnotacji gatunków w społeczności bakterii lub grzybów.
Platforma:Kontynuacja PacBio II
-
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS-NGS
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS ma na celu ujawnienie filogenezy, taksonomii i liczebności gatunków w społeczności drobnoustrojów poprzez badanie produktów PCR markerów genetycznych metabolizmu podstawowego, które zawierają zarówno części wysoce konwertowane, jak i hiperzmienne.Wprowadzenie tych doskonałych molekularnych odcisków palców przez Woesesa i in. (1977) umożliwia profilowanie mikrobiomu bez izolacji.Sekwencjonowanie 16S (bakterie), 18S (grzyby) i wewnętrznego transkrybowanego odstępnika (ITS, grzyby) pozwala na identyfikację zarówno gatunków występujących powszechnie, jak i gatunków rzadkich i niezidentyfikowanych.Technologia ta stała się szeroko stosowanym i głównym narzędziem identyfikacji zróżnicowanego składu drobnoustrojów w różnych środowiskach, takich jak ludzkie usta, jelita, kał itp.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu bakterii i grzybów
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu bakterii i grzybów jest kluczowym narzędziem umożliwiającym kompletowanie genomów znanych bakterii i grzybów, a także porównywanie wielu genomów lub mapowanie genomów nowych organizmów.Ogromne znaczenie ma sekwencjonowanie całych genomów bakterii i grzybów w celu wygenerowania dokładnych genomów referencyjnych, identyfikacji drobnoustrojów i innych porównawczych badań genomu.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
PacBio – Pełnowymiarowe sekwencjonowanie amplikonów 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) została opracowana na podstawie wieloletniego doświadczenia w analizie projektów różnorodności mikrobiologicznej, która zawiera standaryzowaną analizę podstawową i analizę spersonalizowaną: analiza podstawowa obejmuje główny nurt analizy bieżących badań mikrobiologicznych, treść analizy jest bogata i wszechstronna, a wyniki analiz prezentowane są w formie raportów projektowych;Treść spersonalizowanej analizy jest zróżnicowana.Można elastycznie wybierać próbki i ustawiać parametry zgodnie z podstawowym raportem z analizy i celem badawczym, aby spełnić spersonalizowane wymagania.System operacyjny Windows, prosty i szybki.
-
Pełnowymiarowy transkryptom PacBio (niereferencyjny)
Pobierając dane sekwencjonowania izoform Pacific Biosciences (PacBio) jako dane wejściowe, ta aplikacja jest w stanie zidentyfikować sekwencje transkryptów pełnej długości (bez składania).Mapując sekwencje pełnej długości względem genomu referencyjnego, transkrypty można optymalizować pod kątem znanych genów, transkryptów, regionów kodujących itp. W tym przypadku można uzyskać dokładniejszą identyfikację struktur mRNA, np. alternatywny splicing itp.Wspólna analiza z danymi sekwencjonowania transkryptomu NGS umożliwia bardziej wszechstronną adnotację i dokładniejszą ocenę ilościową ekspresji na poziomie transkryptu, co w dużej mierze przynosi korzyści w dalszej części ekspresji różnicowej i analizie funkcjonalnej.
-
Sekwencjonowanie wodorosiarczynem o zmniejszonej reprezentacji (RRBS)
Badania nad metylacją DNA zawsze były gorącym tematem w badaniach nad chorobami i są ściśle powiązane z ekspresją genów i cechami fenotypowymi.RRBS to dokładna, wydajna i ekonomiczna metoda badań metylacji DNA.Wzbogacenie promotora i regionów wyspowych CpG poprzez rozszczepienie enzymatyczne (Msp I), w połączeniu z sekwencjonowaniem wodorosiarczynem, zapewnia wykrywanie metylacji DNA z wysoką rozdzielczością.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie mRNA prokariotów
Sekwencjonowanie mRNA umożliwia kompleksowe profilowanie wszystkich transkryptów mRNA w komórkach w określonych warunkach.Ta najnowocześniejsza technologia stanowi potężne narzędzie, ujawniające skomplikowane profile ekspresji genów, struktury genów i mechanizmy molekularne powiązane z różnorodnymi procesami biologicznymi.Powszechnie stosowane w badaniach podstawowych, diagnostyce klinicznej i opracowywaniu leków, sekwencjonowanie mRNA zapewnia wgląd w zawiłości dynamiki komórkowej i regulacji genetycznej.Nasze przetwarzanie próbek prokariotycznego mRNA jest dostosowane do transkryptomów prokariotycznych, obejmujące wyczerpywanie rRNA i kierunkowe przygotowanie biblioteki.
Platforma: Illumina NovaSeq X
