Sekwencjonowanie RNA prokariotycznego
Cechy
● Obróbka próbki RNA obejmowała usunięcie rRNA, a następnie przygotowanie kierunkowej biblioteki RNA.
● Analiza bioinformatyczna oparta na dopasowaniu do genomu referencyjnego
● Analiza obejmuje ekspresję genów i DEG, ale także strukturę transkryptu i analizę sRNA
Zalety usługi
●Rygorystyczna kontrola jakościWdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek i bibliotek, po sekwencjonowanie i bioinformatykę. Ten skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
●Dane sekwencjonowania specyficzne dla nici:ze względu na kierunkowy charakter przygotowywania biblioteki RNA, co umożliwia identyfikację transkryptów antysensownych.
●Kompletna analiza dostosowana do transkryptomów prokariotycznych:Bioinformatyka obejmuje nie tylko analizę ekspresji genów, ale także analizę struktury transkryptu, w tym identyfikację operonów, UTR i promotorów. Obejmuje również analizę sRNA, a mianowicie adnotację i przewidywanie struktury drugorzędowej i celów.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza zakończenie projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy nadzór nad projektem, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Biblioteka kierunkowa wyczerpana z rRNA | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | RIN≥6,5 |
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Przepływ pracy analizy bioinformatycznej
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych surowych
● Dopasowanie do genomu referencyjnego
● Ocena jakości biblioteki: losowość fragmentacji RNA, wielkość wstawki i nasycenie sekwencjonowania
● Adnotacja funkcjonalna przewidywanych genów kodujących
● Analiza ekspresji: korelacja i analiza głównych składowych (PCA)
● Różnicowa ekspresja genów (DEG)
● Adnotacja funkcjonalna i wzbogacanie DEG
● Analiza sRNA: przewidywanie, adnotacja, przewidywanie struktury docelowej i drugorzędowej
● Analiza struktury transkryptu: operony, pozycje początkowe i końcowe, region nieulegający translacji (UTS), promotor i analiza SNP/InDel
Sekwencjonowanie nasycenia
Adnotacja funkcjonalna genów kodujących
Korelacja między próbkami
Analiza różnicowo ekspresjonowanych genów (DEG)
Analiza wzbogacania funkcjonalnego
Adnotacja sRNA
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania mRNA pełnej długości Nanopore firmy BMKGene w tej wyróżnionej publikacji.
Guan, CP i in. (2018) „Globalne zmiany transkryptomu u Staphylococcus epidermidis tworzącego biofilm w odpowiedzi na całkowite alkaloidy Sophorea alopecuroides”,Polskie czasopismo mikrobiologiczne, 67 ust. 2, s. 1. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
