Produkty

Sekwencjonowanie prokariotycznego RNA

Wyróżniony obraz dotyczący sekwencjonowania prokariotycznego RNA

Sekwencjonowanie prokariotycznego RNA wykorzystuje sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) w celu ujawnienia obecności i ilości RNA w danym momencie poprzez analizę zmieniającego się transkryptomu komórkowego.Prokariotyczne sekwencjonowanie RNA naszej firmy jest skierowane w szczególności do prokariotów z genomami referencyjnymi, zapewniając profilowanie transkryptomu, analizę struktury genów itp. Jest szeroko stosowane w podstawowych badaniach naukowych, badaniach i rozwoju leków i nie tylko.

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq

Skontaktuj się z nami

Szczegóły usługi

Specyfikacje usług

Platforma: platforma Illumina NovaSeq, PE150

Typ biblioteki: biblioteka wstawek cDNA o wielkości 350 pz (w zależności od rozkładu pików)

Strategia sekwencjonowania: Sparowany koniec 150 pz

Zalecana ilość danych: 2 Gb surowych danych/próbka

Bioinformatyka

(1) Kontrola jakości danych sekwencjonowania: rozkład nukleotydów, rozkład jakości zasad, ocena stosunku rRNA;

(2) Analiza dopasowania sekwencji: statystyki wyników dopasowania, nasycenie sekwencjonowania, pokrycie sekwencjonowania;

(3) Adnotacja genomu referencyjnego (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiza ekspresji: rozkład ekspresji (z dwiema lub większą liczbą próbek), analiza ekspresji pomiędzy próbkami (analiza Venna, analiza korelacji, analiza PCA);

(5) Różnicowa analiza ekspresji (z dwiema lub większą liczbą próbek);

(6) Analiza zestawu genów: analiza Venna, analiza skupień, analiza adnotacji funkcji (COG, GO, KEGG), analiza wzbogacenia funkcji (GO, KEGG), wykres akordowy wzbogacenia funkcji, analiza Ipath;

(7) analiza sRNA: przewidywanie sRNA, adnotacja sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), przewidywanie struktury drugorzędowej sRNA, przewidywanie docelowego genu sRNA;

(8) Analiza struktury transkryptu: analiza operonu, przewidywanie miejsc początkowych i końcowych transkrypcji, adnotacja i analiza UTR, przewidywanie sekwencji promotora, analiza SNP/InDel (adnotacja SNP/InDel, dystrybucja regionalna SNP/InDel, statystyki SNP).