Proteomika
Cechy
●Jakościowa proteomika: Wykorzystuje LC-MS/MS do identyfikacji składu białek w złożonych próbkach (paski żelu SDS-PAGE, IP, Co-IP, Pull-down). Zalety: Brak limitu liczby próbek, szybkie wykrywanie, proste przetwarzanie próbek, wysoka przepustowość i możliwość wykrywania białek o niskiej liczebności.
● Proteomika ilościowa bez znaczników: Technologia nieznaczona z detekcją pojedynczych próbek. Kwantyfikacja białek poprzez porównanie intensywności sygnału peptydowego w danych spektrometrii mas. Zalety: Prosta obsługa, wysoka przepustowość (bez limitu liczby próbek) i szerokie zastosowanie (nadaje się do różnicowego porównywania białek między gatunkami pod kątem obecności/braku).
● Proteomika ilościowa DIA: Wykorzystuje tryb akwizycji niezależnej od danych (DIA), skanując wszystkie jony w segmentowanych oknach, aby uzyskać pełne informacje o jonach. Zalety: Lepsza powtarzalność, większe pokrycie białek i dokładniejsza kwantyfikacja niż w trybie DDA (TMT/Label Free), idealny do badań na dużych próbach.
● Proteomika ilościowa 4D-Label Free/4D-DIA: Oparta na spektrometrze masowym timsTOF firmy Bruker, wzbogacająca tradycyjną separację 3D o analizę ruchliwości jonów (przekrój czynny na zderzenia). Zalety: Lepsze wykorzystanie jonów i dokładność, kompleksowe zwiększenie głębokości pokrycia, czułości i przepustowości; większa głębokość identyfikacji niż w przypadku tradycyjnej metody 3D.
● Proteomika ilościowa Astral bez znaczników/proteomika ilościowa Astral DIA: oparta na spektrometrze mas o wysokiej rozdzielczości OrbitrapTM AstralTM. Zalety: wyższa przepustowość (ponad 100 próbek dziennie z 8-minutowym gradientem), głębsze pokrycie (ponad 8000 białek wykrytych w komórkach Hela w ciągu 8 minut) i wyższa czułość (wymagana mniejsza ilość próbki).
● Proteomika ilościowa TMT: Wykorzystuje 18 znaczników izotopowych do znakowania peptydów, umożliwiając jednoczesną detekcję 18 próbek. Zalety: Wysoka stabilność (minimalne zakłócenia stabilności urządzenia, niewielki błąd systemu) i wysoka czułość (frakcjonowanie redukuje złożoność próbki, poprawiając wykrywanie białek o niskiej liczebności).
● Proteomika celowana PRM: Technologia celowana o wysokiej rozdzielczości do selektywnego wykrywania białek/peptydów docelowych. Zalety: Umożliwia kwantyfikację względną/bezwzględną i weryfikację wyników proteomiki ilościowej; brak ograniczeń dotyczących przeciwciał, szersze zastosowanie niż w przypadku Western Blot i ELISA.
Zalety
● Zaawansowany sprzęt: wyposażenie w konwencjonalne platformy proteomiczne i zaawansowane spektrometry mas o dużej głębokości (np. 4D, Astral).
● Stabilne wykrywanie: Rygorystyczne systemy kontroli jakości gwarantują spójne i stabilne procesy testowania.
● Niezawodne wyniki: Jednoczesna analiza jakościowa i ilościowa dostarcza względnej ekspresji, masy cząsteczkowej, liczebności i innych kluczowych danych dla każdej grupy.
● Wysoki poziom automatyzacji: Zautomatyzowane systemy LC-MS umożliwiają szybką analizę i doskonałą wydajność separacji.
Specyfikacje usług
| Porównanie technik proteomiki niecelowanej | ||||
| Bez etykiet | DIA | TMT | ||
| Etykietowanie | NO | NO | TAK | |
| Tryb skanowania danych | DDA | DDA | DIA | DDA |
| Powtarzalność | Niżej | Wysoki | Wysoki | |
| Wrażliwość | Niżej | Wysoki | Wysoki | |
| Multipleksowanie | NO | TAK | NO | TAK |
| Aplikacja | Porównanie obecności/braku białka | Próbki na dużą skalę | Analiza różnych partii próbek | Porównanie różnicowej ekspresji białek w tym samym gatunku i tkance |
| Dokładność | ★ | ★★(4D/astralne DLA ★★★) | ★★ | |
| Liczba wykrytych | ★ | ★★(4D/astralne D|A★★★) | ★★ | |
Przykładowe wymagania
Zastanawiasz się, czy Twoje próbki spełniają nasze kryteria? Kliknij tutaj, aby je pobrać.najnowsze wymagania dotyczące próbek.
Przepływ pracy serwisowej
Pobieranie próbek
Ekstrakcja białka
Trawienie enzymatyczne
Rozdzielenie
Akwizycja danych
Analiza danych
Dostarczanie danych
Proteomika jakościowa
1. Roztwór/żel białkowy: tabela wyników jakościowych
2. Wyniki wyszukiwania w bazie danych
2.1 Lista segmentów peptydów znalezionych w wyszukiwaniu w bazie danych
2.2 Lista białek znalezionych w wyszukiwarce bazy danych
2.3 Lista modyfikacji znalezionych w bazie danych (fosforylacja, ubikwitynacja itp.)
3. Surowe dane
Proteomika ilościowa(Bez etykiety/DIA/TMT)
1. Wstępne przetwarzanie danych
1.1 Przeszukiwanie bazy danych białek
2. Analiza ekspresji białek
2.1 Analiza głównych składowych (PCA)
2.2 Względne odchylenie standardowe (RSD)
2.3 Rozkład trendów k-średnich
2.4 Ocena powtarzalności
2.5 Mapa cieplna ekspresji białka
3. Adnotacja funkcjonalna
3.1 Adnotacja funkcjonalna GO
3.2 Adnotacja funkcjonalna KEGG
3.3 Adnotacja funkcjonalna COG
3.4 Adnotacja funkcjonalna GOslim
3.5 Adnotacja domeny struktury białka Pfam
4. Analiza różnicowa białek (powtórzenia biologiczne ≥ 3)
4.1 Wyniki analizy różnicowej białek
4.2 Rozkład różnicowych zmian fałdów białkowych (FC)
4.3 Analiza statystyczna różnicowej ilości białka
4.4 Wykres różnicowego wulkanu białkowego
4.5 Mapa cieplna różnicowego klastrowania białek
4.6 Różnicowa analiza adnotacji funkcjonalnych i wzbogacania białek GO
4.7 Różnicowa adnotacja funkcjonalna białka KEGG i analiza wzbogacenia
4.8 Różnicowa adnotacja funkcjonalna COG białka
4.9 Analiza adnotacji i wzbogacania różnicowego białka GOslim
4.10 Adnotacja domeny struktury różnicowej białka i analiza wzbogacenia
5. Analiza interakcji sieci białkowej
6. Adnotacja szlaku reaktomu białkowego
7. Prognozowanie peptydu sygnałowego
8. Subkomórkowa lokalizacja białek
Proteomika ilościowa(osoby o ograniczonej sprawności ruchowej)
1. Wyniki ilościowego oznaczania białka PRM
1.1 Przegląd wyników kwantyfikacji
1.2 Dystrybucja powierzchni pików jonów fragmentarycznych dla segmentów peptydowych
Proteomika ilościowa
1.Analiza ekspresji białek
↑Analiza głównych składowych (PCA)↑Względne odchylenie standardowe (RSD)
↑Rozkład trendu k-średnich ↑KorelacjaAanalizaPproteinaEwyrażenieLpoziomy
↑ Mapa cieplna ekspresji białek
2. Adnotacja funkcjonalna
↑GO Adnotacja funkcjonalna↑Adnotacja funkcjonalna KEGG
↑ Adnotacja funkcjonalna COG ↑ Adnotacja funkcjonalna GOslim
↑ Adnotacja domeny struktury białka Pfam
3.Analiza interakcji sieci białek
↑ Analiza interakcji sieci białek
4.Prognozowanie peptydu sygnałowego
↑ Prognoza peptydu sygnałowego
5. Subkomórkowa lokalizacja białek
↑Subkomórkowa lokalizacja białek
| 2025 | Pęcherzyki apoptotyczne pochodzące z komórek macierzystych mezenchymalnych łagodzą reakcje nadwrażliwości poprzez indukowanie apoptozy komórek CD8+ T z przeciążeniem wapniem i dysfunkcją mitochondriów | Zaawansowana nauka |
| 2024 | Zintegrowana multiomika wykazuje zwiększoną skuteczność przeciwnowotworową | Onkologia translacyjna |
| 2024 | Analiza wieloomiczna ujawnia charakterystyczne cechy szlaków metabolicznych wspierających Wielkość i zmienność koloru owoców dyni olbrzymiej | Int. J. Mol. Sci. |
| 2024 | Profilowanie transkryptomu i metabolomu dostarcza nowych informacji na temat zaniku mięśni w wyniku nieużywania w kurczaku: potencjalna rola włókien mięśniowych szybkokurczliwych | Int. J. Mol. Sci. |
| 2023 | Analiza multiomiczna ujawnia wpływ tetracykliny na wzrost korzeni życicy trwałej. | Czasopismo materiałów niebezpiecznych |
