Produkty

Sekwencjonowanie jednojądrowego RNA

Wyróżniony obraz dotyczący sekwencjonowania pojedynczego jądra RNA

Postęp w wychwytywaniu pojedynczych komórek i technice konstruowania indywidualnych bibliotek w połączeniu z wysokowydajnym sekwencjonowaniem umożliwia badanie ekspresji genów komórka po komórce.Umożliwia głębszą i kompletną analizę systemową złożonych populacji komórek, w której w dużym stopniu pozwala uniknąć maskowania ich heterogeniczności poprzez uśrednianie wszystkich komórek.

Jednakże niektóre komórki nie nadają się do sporządzania zawiesiny jednokomórkowej, dlatego potrzebne są inne metody przygotowania próbki – ekstrakcja jądra z tkanek, to znaczy jądro jest bezpośrednio ekstrahowane z tkanki lub komórki i przygotowywane do postaci zawiesiny jednojądrowej dla pojedynczych- sekwencjonowanie komórek.

BMK świadczy usługę sekwencjonowania jednokomórkowego RNA w oparciu o 10× Genomics ChromiumTM.Usługa ta jest szeroko stosowana w badaniach związanych z chorobami, takimi jak różnicowanie komórek odpornościowych, heterogeniczność nowotworu, rozwój tkanek itp.

Przestrzenny chip transkryptomu: 10 × genomika

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq

Skontaktuj się z nami

Szczegóły usługi

Bioinformatyka

Wyniki demonstracyjne

Zasada techniczna

Izolację jąder uzyskuje się za pomocą 10× Genomics ChromiumTM, który składa się z ośmiokanałowego układu mikroprzepływowego z podwójnym przejściem.W tym systemie kulki żelowe z kodami kreskowymi i podkładem, enzymami i pojedynczym jądrem są zamknięte w kropli oleju o wielkości nanolitra, tworząc żelową kulkę w emulsji (GEM).Po utworzeniu GEM w każdym GEM przeprowadzana jest liza komórek i uwalnianie kodów kreskowych.mRNA poddaje się odwrotnej transkrypcji na cząsteczki cDNA z 10-krotnymi kodami kreskowymi i UMI, które następnie podlegają standardowej konstrukcji biblioteki sekwencjonowania.

Tkanka nieodpowiednia do przygotowania zawiesiny pojedynczych komórek

Komórka/Tkanka	Powód
Nieświeża zamrożona tkanka	Nie można uzyskać nowych lub długo zapisanych organizacji
Komórka mięśniowa, megakariocyt, tłuszcz…	Średnica kuwety jest zbyt duża, aby wejść do instrumentu
Wątroba…	Zbyt kruche, aby je rozbić, niezdolne do rozróżnienia pojedynczych komórek
Komórka neuronowa, mózg…	Bardziej wrażliwy, łatwy do zestresowania, zmieni wyniki sekwencjonowania
Trzustka, tarczyca…	Bogaty w enzymy endogenne, wpływające na wytwarzanie zawiesiny pojedynczych komórek

Pojedyncze jądro vs pojedyncza komórka

Jednojądrowe	Pojedyncza komórka
Nieograniczona średnica ogniwa	Średnica komórki: 10-40 µm
Materiałem może być zamrożona tkanka	Materiał musi być świeżą chusteczką
Niski stres zamrożonych komórek	Traktowanie enzymami może powodować reakcję stresową komórek
Nie ma potrzeby usuwania czerwonych krwinek	Należy usunąć czerwone krwinki
Jądrowy wyraża bioinformację	Cała komórka wyraża bioinformację