Sekwencjonowanie małego RNA – Illumina
Cechy
● Przygotowanie biblioteki wyboru rozmiaru.
● Analiza bioinformatyczna skoncentrowana na przewidywaniu miRNA i jego celach.
Zalety usługi
●Szeroka wiedza specjalistycznaPrzetworzyliśmy ponad 300 próbek o zróżnicowanym charakterze. W każdy projekt wnosimy bogate doświadczenie.
●Rygorystyczna kontrola jakościWdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek, przez przygotowanie biblioteki, sekwencjonowanie, po bioinformatykę. Nasz skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:Umożliwia identyfikację znanych i nowych miRNA, identyfikację celów miRNA oraz odpowiednią adnotację funkcjonalną i wzbogacenie o dane z wielu baz danych (KEGG, GO).
●Wsparcie posprzedażoweRozumiemy, jak ważna jest obecność na miejscu, dlatego nasze zaangażowanie wykracza poza etap końcowy projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Platforma | Zalecane dane | Kontrola jakości danych |
| Wybrano rozmiar | Illumina SE50 | 10-20 mln odczytów | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiono: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 450 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 600 mg
Kości, włosy lub skóra: 1,5 g
● Stawonogi:
Owady: 9g
Skorupiaki: 450 mg
● Krew pełna:2 rurki
● Komórki: 106 komórki
● Surowica i osocze:6 ml
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
● Kontrola jakości danych surowych
● Klasyfikacja małego RNA
● analiza ekspresji miRNA i różnicowej ekspresji
● adnotacja genu docelowego miRNA i różnicowo wyrażonego genu docelowego miRNA
● Adnotacja genu docelowego i wzbogacenie funkcji genu miRNA o zróżnicowanej ekspresji
Identyfikacja miRNA: struktura i głębokość
Różnicowa ekspresja miRNA – klasteryzacja hierarchiczna
Funkcjonalna adnotacja celu różnicowo ekspresjonowanych miRNA
Zapoznaj się z postępem badań naukowych, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania sRNA firmy BMKGene, poprzez starannie dobrany zbiór publikacji.
Chen, H. i in. (2023) „Zakażenia wirusowe hamują biosyntezę saponin i fotosyntezę w Panax notoginseng”,Fizjologia i biochemia roślin, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. i in. (2023) „Roślinne białko zawierające domenę FYVE FREE1 łączy się ze składnikami mikroprocesora, aby hamować biogenezę miRNA”,Raporty EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. i in. (2023) „MikroRNA Ame-Bantam-3p kontroluje rozwój poczwarki larwy poprzez ukierunkowanie genu 8 o domenach podobnych do czynników wzrostu naskórka (megf8) u pszczoły miodnej Apis mellifera”,Międzynarodowe czasopismo nauk molekularnych, 24(6), s. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. i in. (2018) „Zintegrowana analiza miRNA i genów związanych z jakością mięsa ujawnia, że Gga-MiR-140-5p wpływa na odkładanie się tłuszczu śródmięśniowego u kurczaków”,Fizjologia komórki i biochemia, 46(6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
