Sekwencjonowanie amplifikowanych fragmentów w określonym miejscu (SLAF-Seq)
Przepływ pracy
Usługa posiada pewne wstępne rozwiązania in silico gwarantujące optymalny dobór enzymów podczas przygotowywania biblioteki.
Schemat techniczny
Funkcje usługi
● Sekwencjonowanie na NovaSeq z PE150.
● Przygotowanie biblioteki z podwójnym kodowaniem kreskowym, umożliwiające łączenie ponad 1000 próbek.
● Niezależnie od genomu referencyjnego:
Z genomem referencyjnym: odkrycie SNP i InDel
Bez genomu referencyjnego: klasteryzacja próbek i odkrywanie SNP
● Win-silicoNa etapie wstępnego projektowania przeprowadza się selekcję wielu kombinacji enzymów restrykcyjnych w celu znalezienia takich, które zapewnią równomierny rozkład znaczników SLAF wzdłuż genomu.
● Podczas wstępnego eksperymentu testuje się trzy kombinacje enzymów w 3 próbkach, aby wygenerować 9 bibliotek SLAF, a informacje te wykorzystuje się do wybrania optymalnej kombinacji enzymów restrykcyjnych dla projektu.
Zalety usługi
●Odkrycie wysokiego markera genetycznego:Integrujemy system podwójnych kodów kreskowych o wysokiej przepustowości, umożliwiający jednoczesne sekwencjonowanie dużych populacji i amplifikację specyficzną dla danego miejsca, co zwiększa wydajność, gwarantując, że numery znaczników spełniają zróżnicowane wymagania różnych pytań badawczych.
● Niska zależność od genomu:Można ją stosować do gatunków posiadających lub nieposiadających genomu referencyjnego.
●Elastyczny projekt schematu:Można wybierać trawienie pojedynczym enzymem, podwójnym enzymem, wieloma enzymami i różne rodzaje enzymów, aby sprostać różnym celom badawczym lub gatunkom.
● Wysoka wydajność trawienia enzymatycznego:Przeprowadzeniein-silicoWstępne projektowanie i wstępne eksperymenty zapewniają optymalny projekt z równomiernym rozmieszczeniem znaczników SLAF na chromosomie (1 znacznik SLAF/4 kb) i zmniejszoną liczbą powtarzających się sekwencji (<5%).
●Szeroka wiedza specjalistyczna:Do każdego projektu wnosimy bogate doświadczenie. Mamy na koncie ponad 5000 zrealizowanych projektów SLAF-Seq obejmujących setki gatunków, w tym rośliny, ssaki, ptaki, owady i organizmy wodne.
● Samodzielnie opracowany przepływ pracy bioinformatycznejOpracowaliśmy zintegrowany przepływ pracy bioinformatycznej dla SLAF-Seq, aby zagwarantować niezawodność i dokładność końcowego wyniku.
Specyfikacje usług
| Rodzaj analizy | Zalecana skala populacji | Strategia sekwencjonowania | |
| Głębokość sekwencjonowania tagów | Numer tagu | ||
| Mapy genetyczne | 2 rodziców i >150 potomstwa | Rodzice: 20x WGS Potomstwo: 10x | Rozmiar genomu: <400 Mb: zalecany jest WGS <1 GB: 100 tys. tagów 1-2 GB:: 200 tys. tagów >2 GB: 300 tys. tagów Maksymalnie 500 tys. tagów |
| Badania asocjacyjne w całym genomie (GWAS) | ≥200 próbek | 10x | |
| Ewolucja genetyczna | ≥30 próbek, z >10 próbkami z każdej podgrupy | 10x | |
Wymagania dotyczące usługi
Stężenie ≥ 5 ng/µl
Całkowita ilość ≥ 80 ng
Nanokropla OD260/280=1,6-2,5
Żel agarozowy: brak lub ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa 2 ml
(W przypadku większości próbek zalecamy nie konserwować ich w etanolu)
Oznaczenie próbek: Próbki muszą być wyraźnie oznakowane i zgodne z informacjami zawartymi w przesłanym formularzu.
Wysyłka: Suchy lód: Próbki należy najpierw zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
Przepływ pracy serwisowej
Kontrola jakości próbki
Eksperyment pilotażowy
Eksperyment SLAF
Przygotowanie biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Nasza analiza bioinformatyczna obejmuje:
Kontrola jakości danych i przycinanie danych w celu usunięcia odczytów z dużą liczbą N, odczytów z adaptera lub odczytów niskiej jakości.
Druga kontrola jakości czystych odczytów ma na celu sprawdzenie rozkładu zasad, jakości sekwencji i oceny danych, a także sprawdzenie wydajności trawienia i uzyskanych wstawek.
Po sprawdzeniu odczytów dostępne są dwie opcje:
- Mapowanie do genomu referencyjnego
- Bez genomu referencyjnego: klasteryzacja
Następnie analiza znaczników SLAF jest wykorzystywana do wywołania wariantów, co ułatwia odkrywanie znaczników: SNP, InDel, SNV, wywołanie CV i adnotacja
Dystrybucja znaczników SLAF na chromosomach:
Dystrybucja SNP na chromosomach:
Adnotacja SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X i Shi C (2023) Mapowanie QTL i analiza transkryptomu zawartości cukru podczas dojrzewania owocówPyrus pyrifolia.Przód. Nauka o roślinach.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. i Sun, L. (2022). Identyfikacja st1 ujawnia selekcję obejmującą „przenoszenie się” morfologii nasion i zawartości oleju podczas udomowienia soi.Czasopismo Biotechnologii Roślin, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.i wsp.Sekwencja genomu i różnorodność genetyczna karpia pospolitego,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.i wsp.Genom uprawianych orzeszków ziemnych pozwala poznać kariotypy roślin strączkowych, ewolucję poliploidów i proces udomowienia upraw.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Rok | Dziennik | IF | Tytuł | Aplikacje |
| 2022 | Komunikacja przyrodnicza | 17.694 | Genomowa podstawa giga-chromosomów i giga-genomu piwonii drzewiastej Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nowy fitolog | 7.433 | Ślady udomowienia zakotwiczają regiony genomiczne o znaczeniu agronomicznym w soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Czasopismo zaawansowanych badań | 12.822 | Sztuczne introgresje całego genomu Gossypium barbadense do G. hirsutum ujawnić lepsze miejsca umożliwiające jednoczesną poprawę jakości i wydajności włókien bawełny cechy | SLAF-Genetyka ewolucyjna |
| 2019 | Roślina molekularna | 10.81 | Analiza genomu populacji i de novo montaż ujawniają pochodzenie chwastów Ryż jako gra ewolucyjna | SLAF-Genetyka ewolucyjna |
| 2019 | Genetyka natury | 31.616 | Sekwencja genomu i różnorodność genetyczna karpia pospolitego, Cyprinus carpio | Mapa powiązań SLAF |
| 2014 | Genetyka natury | 25.455 | Genom uprawianych orzeszków ziemnych pozwala na wgląd w kariotypy roślin strączkowych, poliploidalność ewolucja i udomowienie roślin. | Mapa powiązań SLAF |
| 2022 | Czasopismo Biotechnologii Roślin | 9.803 | Identyfikacja ST1 ujawnia selekcję obejmującą „podróżowanie” morfologii nasion i zawartości oleju podczas udomowienia soi | Rozwój markera SLAF |
| 2022 | Międzynarodowe czasopismo nauk molekularnych | 6.208 | Identyfikacja i opracowanie markerów DNA dla 2Ns pszenicy i Leymus mollis (2D) Substytucja chromosomu disomowego | Rozwój markera SLAF |
| Rok | Dziennik | IF | Tytuł | Aplikacje |
| 2023 | Granice nauki o roślinach | 6,735 | Mapowanie QTL i analiza transkryptomu zawartości cukru podczas dojrzewania owoców Pyrus pyrifolia | Mapa genetyczna |
| 2022 | Czasopismo Biotechnologii Roślin | 8.154 | Identyfikacja ST1 ujawnia selekcję obejmującą zmianę morfologii nasion i zawartości oleju podczas udomowienia soi
| Wywołanie SNP |
| 2022 | Granice nauki o roślinach | 6.623 | Mapowanie asocjacji w całym genomie fenotypów łusek bezłuskowych w środowisku suszy.
| GWAS |
