Montaż genomu T2T | Ultradługie sekwencjonowanie
Funkcje usługi
•Zapewnia wysoce dokładne, pełne i ciągłe składanie genomu od telomeru do telomeru.
•Pokonuje trudności związane z montażem w regionach centromerycznych i obszarach o dużej powtarzalności.
•Analizuje zmiany strukturalne w złożonych obszarach, takich jak centromery i telomery.
•Bada pochodzenie chromosomów i udomowienie oraz identyfikuje kluczowe geny determinujące płeć.
Zalety usługi
•Profesjonalny, ultradługi zespół zajmujący się ekstrakcją i sekwencjonowaniem, z doświadczeniem w pracy z wieloma gatunkami.
•Dostęp do platform długiego odczytu PacBio i Nanopore o wysokiej przepustowości i elastycznych strategiach sekwencjonowania.
•Doświadczony zespół specjalizujący się w montażu genomu i dostosowanej analizie bioinformatycznej, biegły w projektach genomowych T2T.
•Ponad 200 udanych projektów dotyczących genomu i ponad 2000 skumulowanych współczynników wpływu.
•Zintegrowane rozwiązania eksperymentalne i bioinformatyczne, chronione prawami autorskimi i patentami.
Specyfikacje usług
| Badanie genomu | Montaż genomu | Na poziomie chromosomów | Wypełnianie luk | Adnotacja genomu |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30X odczytów PacBio CCS HiFi | 100X Hi-C | 40-100X ONT Ultra długie odczyty | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opcjonalnie) Pełna długość RNA-seq PacBio 40 Gb lub Nanopore 12 Gb |
Wymagania dotyczące usługi
W przypadku próbek sekwencjonowania Survey, PacBio CCS, Hi-C i transkryptomu (do adnotacji) należy zapoznać się z „na poziomie chromosomówwymagania dotyczące próbek montażu genomu”.
W przypadku sekwencjonowania ONT o ultradługim okresie przydatności zaleca się stosowanie próbek tkanek o wyższych standardach jakości, aby umożliwić ekstrakcję ultra-HMW DNA.
Aby uzyskać szczegółowe instrukcje i wymagania dotyczące przygotowania próbek, skontaktuj się z naszym zespołem sprzedaży, który pomoże Ci znaleźć rozwiązania dostosowane do danego gatunku.
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja DNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Główne analizy obejmują:
1) Montaż genomu T2T
● Genom T2T oznacza genom z „0 przerwami”, w którym co najmniej jeden chromosom jest całkowicie zmontowany od telomeru do telomeru.
● Korzystanie z odczytów CCS o wysokiej dokładności i ultradługich odczytów ONT:
* Wygeneruj genom contig v1 poprzez hybrydowy montaż przy użyciu hifiasm (v0.25.0).
* Usuń sekwencje plastydowe i zanieczyszczone za pomocą BLAST w oparciu o bazę danych NT.
* Tworzenie rusztowań kontigów w celu umożliwienia montażu na skalę chromosomów przy użyciu danych Hi-C z wykorzystaniem 3D-DNA.
* Uzupełnij brakujące telomery poprzez lokalne składanie za pomocą odczytów ONT, aby uzyskać ostateczny genom T2T.
2) Ocena montażu
● Ocena BUSCO
BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) konstruuje zestawy genów jednokopijnych dla głównych linii ewolucyjnych w oparciu o bazę danych OrthoDB 10. Zmontowany genom jest oceniany poprzez porównanie z tym zestawem genów, na podstawie współczynnika dopasowania i integralności.
Wyższy odsetek „kompletnych BUSCO” wskazuje na większą kompletność montażu genomu.
● Odczytuje mapowanie
Dopasuj krótkie odczyty z sekwencjonowania nowej generacji (np. Illumina) do zmontowanego genomu za pomocą bwa. Dopasuj długie odczyty trzeciej generacji do zmontowanego genomu za pomocą Minimap2.
Kompletność zgromadzonego genomu i jednorodność pokrycia sekwencjonowania ocenia się na podstawie szybkości mapowania, współczynnika pokrycia genomu i dystrybucji głębokości.
● Ocena kontroli jakości genomu
Oceń montaż przy użyciu oprogramowania Merqury, porównując odczyty sekwencjonowania o wysokiej dokładności k-merów ze montażem genomu, aby uzyskać jakość konsensusu (QV).
Wyższe wartości jakości wskazują na wyższą dokładność złożonego genomu.
● Ocena LAI genomu
Wskaźnik LAI (LTR Assembly Index) ocenia integralność montażu genomu jako stosunek nienaruszonych sekwencji retrotranspozonów LTR do całkowitej liczby sekwencji LTR. Kandydackie sekwencje LTR-RT są identyfikowane za pomocą programów LTR_FINDER (wersja 1.0.7) i LTRharvest (wersja 1.5.9), a następnie filtrowane i integrowane za pomocą LTR_retriever (wersja 2.8) w celu uzyskania retrotranspozonów LTR o wysokiej wiarygodności i obliczenia wskaźnika LAI.
Zgodnie z publikacją dewelopera LAI, wartości LAI klasyfikuje się na trzech poziomach:
Projekt (0 ≤ LAI < 10), Referencja (10 ≤ LAI < 20) i Złoto (LAI ≥ 20).
● Identyfikacja telomerów i centromerów
Zidentyfikuj potencjalne jednostki powtórzeń telomerów w genomie za pomocą narzędzia TIDK. Wykryj sekwencje telomerów i uzyskaj informacje o ich położeniu za pomocą narzędzia FindTelomeres na podstawie motywów powtórzeniowych.
Zidentyfikuj potencjalne powtórzenia centromerowe, wykorzystując Centromics z długimi odczytami trzeciej generacji, a następnie przemapuj na genom, aby uzyskać pozycje i sekwencje centromeru.
1) Mapa chromosomów genomu
2)Pozycje telomerów w genomie
| Chr | Długość Chr (bp) | Początek_przepływu(bp) | Koniec_góry_prądu(bp) | Długość_przepływu_w_górę (bp) | Downstream_Start(bp) | Koniec_w_dół(bp) | Długość_w_dół(bp) |
| Chr01 | 55 340 768 | 53 | 2036 | 1984 | 55 338 794 | 55 340 768 | 1975 |
| Chr02 | 56 588 289 | 1 | 2760 | 2760 | 56 584 191 | 56 588 289 | 4099 |
| Chr03 | 46 886 733 | 20 | 3001 | 2982 | 46 881 994 | 46 886 733 | 4740 |
| Chr04 | 49 401 798 | 1 | 2143 | 2143 | 49 399 160 | 49 401 798 | 2639 |
| Chr05 | 45 855 317 | 10 | 3043 | 3034 | 45 852 809 | 45 855 317 | 2509 |
| Chr06 | 45 285 625 | 1 | 3268 | 3268 | 45 283 427 | 45 285 625 | 2199 |
| Chr07 | 48 122 726 | 1 | 2317 | 2317 | 48 120 519 | 48 122 726 | 2208 |
Nuwaga:
Chr: Identyfikacja chromosomu
Chr_Length (bp): Długość chromosomu
Upstream_Start (bp): Pozycja początkowa telomeru znajdującego się w górnym biegu chromosomu
Upstream_End (bp): Pozycja końcowa telomeru znajdującego się w górnym biegu chromosomu
Upstream_Length (bp): Długość telomeru znajdującego się w górnym biegu chromosomu
Downstream_Start (bp): Pozycja początkowa telomeru znajdującego się niżej na chromosomie
Downstream_End (bp): Pozycja końcowa telomeru znajdującego się niżej na chromosomie
Downstream_Length (bp): Długość telomeru znajdującego się w dół chromosomu
3)Pozycje centromeru w genomie
| Chr | Chr_Length(bp) | Centromics_Start(bp) | Centromics_End(bp) |
| Chr01 | 55 340 768 | 18 943 204 | 23 005 555 |
| Chr02 | 56 588 289 | 28 114 720 | 30 677 916 |
| Chr03 | 46 886 733 | 24 487 558 | 24 929 326 |
| Chr04 | 49 401 798 | 20 976 875 | 22 563 388 |
| Chr05 | 45 855 317 | 18 578 095 | 19 715 924 |
| Chr06 | 45 285 625 | 19 398 436 | 19 950 173 |
| Chr07 | 48 122 726 | 26 390 720 | 27 913 284 |
Notatka:
Chr: Identyfikacja chromosomu
Chr_Length (bp): Długość chromosomu
Centromer_Start (bp): Pozycja początkowa centromeru na chromosomie
Centromer_End (bp): Pozycja końcowa centromeru na chromosomie
4) Statystyki luk w wynikach montażu
| Grupa | Numer_luki | Len |
| Chr01 | 0 | 55 340 768 |
| Chr02 | 0 | 56 588 289 |
| Chr03 | 0 | 46 886 733 |
| Chr04 | 0 | 49 401 798 |
| Chr05 | 0 | 45 855 317 |
| Chr06 | 0 | 45 285 625 |
| Chr07 | 0 | 48 122 726 |
| Razem (wskaźnik %) | 0 | 347 481 256 (100,00) |
Nuwaga:
Grupa: Identyfikacja chromosomu
Gap_Number: Liczba przerw na chromosomie
Len (bp): Długość chromosomu
5) Ocena LAI genomu
| Chr | Długość Chr (bp) | Nienaruszony | Całkowity | raw_LAI | LAI |
| cały_genom | 347 481 256 | 0,046 | 0,36 | 12,94 | 15.18 |
Uwaga: Zgodnie z publikacją twórców LAI, wartości LAI są klasyfikowane do trzech kategorii: Wersja robocza (0 ≤ LAI < 10), Referencyjna (10 ≤ LAI < 20) i Złota (LAI ≥ 20).
Długość Chr (bp): Długość chromosomu
Nienaruszone: Proporcja nienaruszonych LTR-RT w genomie
Razem: Proporcja całkowitej liczby LTR w genomie
raw_LAI = Nienaruszony / Całkowity × 100
LAI: Skorygowana wartość LAI
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom montażu genomu de novo firmy BMKGene, zapoznając się z wybranym zbiorem publikacji:
T2T Genome
Liu, Shoucheng i in.„Złożenie genomu telomer-telomer w połączeniu z danymi multiomicznym pozwala na lepsze zrozumienie ewolucji heksaploidalnej pszenicy chlebowej.”Genetyka natury tom. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng i in.„Kompletny genom ryżu japońskiego odmiany Zhonghua 11.”Komunikacja roślinna tom 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Lv, Zhiyuan i wsp.„Składanie genomu od telomeru do telomeru u Camellia pitardii.”Dane naukowe tom. 12,1 1422. 14 sierpnia 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Du, Haiyuan i wsp.„Prawie kompletny genom Fragaria iinumae.”Genomika BMC tom. 26,1 253. 14 marca 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai i in.„Kompletny genom Nicotiana benthamiana ujawnia genetyczny i epigenetyczny obraz centromerów.”Rośliny naturalne tom. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Genom T2T z ustalonym haplotypem
Khan, Falak Sher i in. „Genomy T2T bez luk w haplotypie odmiany winorośli Cabernet Sauvignon”.Dane naukowe, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 lutego 2026 r., doi:10.1038/s41597-026-06910-3
Genom T2T + genom porównawczy
Hong, Lin i in. „Konstrukcja i analiza genomów telomer-telomer dla dwóch słodkich pomarańczy: Longhuihong i Newhall (Citrus sinensis)”.GigaNaukatom 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Li, Xiao-Jie i in. „Analiza genomu telomer-telomer TXH4 czerwonej marchwi wyjaśnia rolę DcLCYE i DcLCYB1 w akumulacji likopenu w marchwi”.Badania ogrodniczetom. 12,11 uhaf192. 29 lipca 2025, doi:10.1093/godz./uhaf192
Genom T2T + Pangenom
Wang, Xiaojing i in. „Genom T2T, analiza całego genomu i geny odpowiedzi na stres cieplny u gatunków rododendronów”.iMetatom. 4,2 e70010. 5 marca 2025, doi:10.1002/imt2.70010
