Sekwencjonowanie całego genomu bisulfitem (WGBS)
Ta technika, oparta na bisulfitowym traktowaniu DNA w celu wywołania konwersji niemetylowanych cytozyn do uracylu (C do U), przy jednoczesnym pozostawieniu metylowanych cytozyn bez zmian, jest złotym standardem metodologii dogłębnej eksploracji metylacji DNA, szczególnie piątej pozycji w cytozynie (5-mC), kluczowym regulatorze ekspresji genów i aktywności komórkowej.
Technika ta oferuje rozdzielczość na poziomie pojedynczej zasady, umożliwiając badaczom kompleksowe badanie metylomu i wykrywanie nieprawidłowych wzorców metylacji w próbkach. Wykorzystując WGBS, naukowcy mogą uzyskać niezrównany wgląd w procesy metylacji w całym genomie, zapewniając niuanse w zrozumieniu mechanizmów epigenetycznych leżących u podstaw różnych procesów biologicznych i chorób.
Funkcje usługi
● Sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq.
● Wymaga genomu referencyjnego.
● W celu monitorowania wydajności konwersji bisulfitu dodawany jest DNA Lambda.
Zalety usługi
●Złoty standard w badaniach nad metylacją DNA:Ta dojrzała technologia charakteryzuje się wysoką dokładnością i dobrą powtarzalnością.
●Szeroki zakres i rozdzielczość jednobazowa:Wykrywanie miejsc metylacji odbywa się na poziomie całego genomu.
●Kompletna platforma:Oferujemy kompleksową obsługę, od przetwarzania próbek, przez budowę biblioteki i sekwencjonowanie, aż po analizę bioinformatyczną.
●Szeroka wiedza specjalistyczna:Mamy na koncie szeroki wachlarz zrealizowanych projektów obejmujących różnorodne gatunki. BMKGENE oferuje ponad dekadę doświadczenia, wysoko wykwalifikowany zespół analityczny, kompleksowe treści i doskonałe wsparcie posprzedażowe.
●Możliwość połączenia z analizą transkryptomiczną:Umożliwia zintegrowaną analizę WGBS z innymi danymi omics, takimi jak RNA-seq.
Przykładowe specyfikacje
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane wyjściowe | Kontrola jakości |
| Obróbka bisulfitem | Illumina PE150 | 30x głębokość | Q30 ≥ 85% Konwersja bisulfitu > 99% |
Przykładowe wymagania
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) | Dodatkowe wymagania | |
| DNA genomowe | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie |
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Ekstrakcja DNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Dostarczanie danych
Usługa obejmuje następującą analizę:
● Kontrola jakości sekwencjonowania surowego;
● Mapowanie do genomu referencyjnego;
● Wykrywanie zasad metylowanych 5mC;
● Analiza rozkładu metylacji i adnotacja;
● Analiza regionów różnicowo metylowanych (DMR);
● Adnotacja funkcjonalna genów związanych z DMR.
Wykrywanie metylacji 5mC: rodzaje miejsc metylowanych
Mapa metylacji. Rozkład metylacji 5mC w całym genomie
Adnotacja regionów silnie zmetylowanych
Regiony różnicowo metylowane: powiązane geny
Regiony różnicowo metylowane: adnotacja powiązanych genów (Ontologia genów)
Zapoznaj się z postępem badań naukowych, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania bisulfitowego całego genomu firmy BMKGene, poprzez starannie dobrany zbiór publikacji.
Fan, Y. i in. (2020) „Analiza profili metylacji DNA podczas rozwoju mięśni szkieletowych owiec z wykorzystaniem sekwencjonowania bisulfitowego całego genomu”,BMC Genomics, 21(1), s. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. i in. (2022) „Nowe zaburzenia metylacji kwasu deoksyrybonukleinowego u pracowników narażonych na chlorek winylu”,Toksykologia i zdrowie przemysłowe, 38(7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. i in. (2020) „Związki między metylacją genomu, poziomami niekodujących RNA, mRNA i metabolitami w dojrzewających owocach pomidora”,Dziennik Roślin, 103(3), s. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
