Sekwencjonowanie całego transkryptomu – Illumina
Cechy
● Podwójne generowanie bibliotek w celu sekwencjonowania kompletnego transkryptomu: biblioteka wyczerpująca rRNA i przygotowanie biblioteki małego RNA.
● Kompletna analiza bioinformatyczna mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA w oddzielnych raportach bioinformatycznych, a także łączna analiza obejmująca całą ekspresję RNA, łącznie z analizą sieci ceRNA.
Zalety usługi
●Szeroka wiedza specjalistycznaPrzetworzyliśmy ponad 2100 projektów transkryptomów, obejmujących różnorodne typy próbek. W każdym projekcie wnosimy bogactwo wiedzy specjalistycznej.
●Rygorystyczna kontrola jakościWdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek, przez przygotowanie biblioteki, sekwencjonowanie, po bioinformatykę. Nasz skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
●Kompleksowa adnotacjaWykorzystujemy wiele baz danych do funkcjonalnej adnotacji genów o zróżnicowanej ekspresji (DEG) i przeprowadzania odpowiednich analiz wzbogacania. To kompleksowe podejście zapewnia wgląd w procesy komórkowe i molekularne leżące u podstaw odpowiedzi transkryptomu, gwarantując uzyskanie wszystkich możliwych informacji o danych z eksperymentu.
●Głęboka analiza sieci regulacyjnych:Analiza sieci ceRNA jest możliwa dzięki wspólnemu sekwencjonowaniu mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA oraz kompleksowemu bioinformatycznemu przepływowi pracy.
●Wsparcie posprzedażoweRozumiemy, jak ważna jest obecność na miejscu, dlatego nasze zaangażowanie wykracza poza etap końcowy projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| wyczerpany rRNA | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Wybrano rozmiar | Illumina SE50 | 10-20 mln odczytów |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | RIN≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
Oprócz wszystkich analiz dotyczących każdego z osobna, w naszej wspólnej analizie łączymy 4 typy RNA:
- Analiza współekspresji pomiędzy wszystkimi różnymi typami danych RNA
- Przegląd ekspresji RNA
- Przegląd wyrażeń różnicowych
- Sieć CeRNA
- Kluczowe geny zintegrowane w szlaku
- Analiza konserwatorska
- Relacje celowane
Przegląd ekspresji RNA
Geny różnicowo ekspresjonowane
analiza cerRNA
Różnie ekspresjonowane miRNA i pokrewne RNA
Zapoznaj się z postępem badań naukowych, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania całego transkryptomu firmy BMKGene, za pośrednictwem starannie dobranego zbioru publikacji.
Dai, Y. i in. (2022) „Kompleksowe profile ekspresji mRNA, lncRNA i miRNA w chorobie Kashina-Becka zidentyfikowane metodą sekwencjonowania RNA”,Omika molekularna, 18(2), s. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan i in. (2022) „Analiza pełnej długości transkryptomów odporności na zimno Apis cerana w górach Changbai w okresie zimowania”.Gen, 830, s. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ i in. (2022) „Priorytyzacja konkurujących sieci regulacji endogennego RNA w raku płuc drobnokomórkowym oparta na integracji wieloomicznej: charakterystyka molekularna i kandydaci na leki”,Granice onkologii, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. i in. (2022) „Zintegrowana analiza profili ekspresji lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ujawnia nowe spostrzeżenia na temat potencjalnych mechanizmów reakcji na nicienie korzeniowe w orzeszkach ziemnych”,BMC Genomics, 23(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. i in. (2022) „Sekwencjonowanie RNA całego transkryptomu ujawnia mechanizmy molekularne związane z utrzymaniem jakości brokułów po zbiorach dzięki naświetlaniu ich czerwoną diodą LED”,Biologia i technologia po zbiorach, 188, s. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
