بشپړ اوږدوالی mRNA ترتیب کول - نانوپور
د خدماتو ګټې
● د ټیټ ترتیب تعصب
● د بشپړ اوږدوالی cDNA مالیکولونه ښکاره کول
● د ورته شمیر لیږدونو پوښلو لپاره لږ معلومات اړین دي
● په هر جین کې د څو isoforms پیژندنه
● د بیان اندازه په isoform کچه
د خدماتو مشخصات
| کتابتون | پلیټ فارم | د وړاندیز شوي معلوماتو حاصلات (Gb) | د کیفیت کنټرول |
| cDNA-PCR (Poly-A غني شوی) | Nanopore PromethION P48 | 6 جی بی / نمونه (د نوعو پورې اړه لري) | د بشپړ اوږدوالی تناسب （70% د کیفیت اوسط نمرې: Q10
|
بایو انفارماتیک تحلیلونه
●د خامو معلوماتو پروسس کول
● د نقل پیژندنه
● بدیل جلا کول
● د جین په کچه او د isoform کچه کې د څرګندولو مقدار
● د بیان توپیر تحلیل
● د فعالیت تشریح او بډایه کول (DEGs او DETs)
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
نیوکلیوټایډونه:
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | پاکوالی | بشپړتیا |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا هیڅ پروټین یا DNA ککړتیا په جیل کې ښودل شوي. | د نباتاتو لپاره: RIN≥7.0؛ د څارویو لپاره: RIN≥7.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا هیڅ اساسی لوړوالی |
نسج: وزن (وچ): ≥1 g
* د 5 ملی ګرامه څخه کوچني نسجونو لپاره ، موږ وړاندیز کوو چې فلش منجمد (مایع نایټروجن کې) نسج نمونه واستوو.
د حجرو تعلیق: د حجرو شمیر = 3 × 106- 1×107
* موږ وړاندیز کوو چې منجمد سیل لیسټیټ ولیږدوو.په هغه صورت کې چې حجره له 5 × 10 څخه کوچنۍ شمیرل کیږي5په مایع نایتروجن کې منجمد فلش سپارښتنه کیږي، کوم چې د مایکرو استخراج لپاره غوره دی.
د وینې نمونې: حجم≥1 ملی لیتر
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر: 2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د نمونې لیبل کول: ګروپ + نقل کول لکه A1, A2, A3;B1, B2, B3...
بار وړل: 2، وچ یخ: نمونې باید په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.
- RNAstable ټیوبونه: د RNA نمونې د RNA ثبات ټیوب کې وچې کیدی شي (د بیلګې په توګه RNAstable®) او د خونې په حرارت درجه کې لیږدول کیدی شي.
د خدماتو کاري جریان
نیوکلیوټایډونه:
د سپارلو نمونه
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
د خدماتو کاري جریان
نسج:
د تجربې ډیزاین
د سپارلو نمونه
د RNA استخراج
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
1.د توپیر څرګندولو تحلیل - د آتش فشاني پلاټ
د متفاوت بیان تحلیل په دواړو جینونو کې پروسس کیدی شي ترڅو د توپیر څرګند شوي جینونه (DEGs) وپیژني او په isoform کچه د توپیر پیژندلو لپاره
څرګند شوي نقلونه (DETs)
2.د درجه بندي کلسترینګ تودوخې نقشه
3. د بدیل جلا کولو پیژندنه او طبقه بندي
پنځه ډوله بدیل جلا کولو پیښې د اسټالویست لخوا وړاندوینه کیدی شي.
4.د بدیل پولی-اډینیلیشن (APA) پیښو پیژندنه او شکل د پولی-A پورته 50 bp کې
د BMK قضیه
د بدیل جلا کولو پیژندنه او د نانوپور بشپړ اوږدوالي ټرانسکریپټوم تسلسل لخوا د isoform کچه اندازه کول
خپور شوی:د طبیعت مخابرات، 2020
د ترتیب کولو تګلاره:
ګروپ کول: 1. CLL-SF3B1(WT)؛2. CLL-SF3B1 (K700E تغیر)؛3. نورمال B-حجرې
د ترتیب کولو ستراتیژي: د MinION 2D کتابتون ترتیب کول، د PromethION 1D کتابتون ترتیب کول؛د ورته نمونو څخه لنډ لوستل شوي معلومات
د ترتیب کولو پلیټ فارم: نانوپور منین؛نانوپور پرومیتیون؛
کلیدي پایلې
1. د Isoform په کچه د بدیل جلا کولو پیژندنه
اوږد لوستل شوي ترتیبونه د متغیر SF3B1 پیژندنه ځواکويK700E- د اسوفارم په کچه د سپلایس سایټونه بدل شوي.35 بدیل 3′SSs او 10 بدیل 5′SSs وموندل شول چې د SF3B1 تر مینځ د پام وړ توپیر سره ویشل شويK700Eاو SF3B1WT.د 35 بدلونونو څخه 33 نوي د اوږد لوستلو ترتیبونو لخوا کشف شوي.
2. د Isoform په کچه د بدیل جلا کولو مقدار
په SF3B1 کې د انټرون ریټینشن (IR) isoforms بیانK700Eاو SF3B1WTد نانوپور ترتیبونو پراساس اندازه شوي، چې په SF3B1 کې د IR isoforms نړیوال ټیټ تنظیم څرګندوي.K700E.
حواله
تانګ AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.په اوږدمهاله لیمفوسایټک لیوکیمیا کې د SF3B1 تغیراتو بشپړ اوږدوالی لیږد ځانګړتیا د ساتل شوي انټرونونو کمښت څرګندوي [J].د طبیعت مخابرات.
