BMKCloud Log in
条形بینر-03

محصولات

Hi-C پر بنسټ د جینوم مجلس

Hi-C یو میتود دی چې د کروموزوم ترتیب کولو لپاره ډیزاین شوی ترڅو د نږدې پراساس تعاملاتو او د لوړې کچې ترتیب ترتیب سره یوځای کړي.داسې انګیرل کیږي چې د دې تعاملاتو شدت په کروموزومونو کې د فزیکي واټن سره په منفي توګه تړاو لري.له همدې امله، د Hi-C ډیټا کولی شي په مسوده جینوم کې د راټول شوي ترتیبونو کلستر کولو، ترتیب کولو او سمت کولو لارښوونه وکړي او په یو ټاکلي شمیر کروموزومونو کې یې لنگر کړي.دا ټیکنالوژي د نفوس پراساس جنیټیک نقشې په نشتوالي کې د کروموزوم کچې جینوم اسمبلۍ ته ځواک ورکوي.هر یو جینوم Hi-C ته اړتیا لري.

پلیټ فارم: Illumina NovaSeq پلیټ فارم / DNBSEQ


د خدماتو توضیحات

د ډیمو پایلې

د قضیې مطالعه

د خدماتو ګټې

1 د های-سی-سیکینسینګ اصول

د Hi-C عمومي کتنه
(لیبرمن-ایډین ای او نور،ساینس, 2009)

● د کنټیګ اینکرینګ لپاره د جنیټیک نفوس جوړولو ته اړتیا نشته؛
● د مارکر لوړ کثافت د 90٪ څخه پورته د لوړ کنټیګ انکرینګ تناسب لامل کیږي؛
● د موجوده جینوم مجلسونو ارزونه او سمونونه فعالوي؛
● د جینوم په مجلس کې د لوړ دقت سره د لنډ وخت په شاوخوا کې؛
● د 1000 څخه زیاتو Hi-C کتابتونونو سره پراخه تجربه چې د 500 څخه زیاتو ډولونو لپاره جوړ شوي؛
● له 100 څخه ډیر بریالي قضیې د 760 څخه ډیر د راټول شوي خپاره شوي اغیز فکتور سره؛
● د پولیپلایډ جینوم لپاره د های-سی پراساس جینوم اسمبلۍ، په تیرو پروژه کې د 100٪ انکر کولو کچه ترلاسه شوې وه؛
● د Hi-C تجربو او د معلوماتو تحلیل لپاره د کور دننه پیټینټ او سافټویر کاپي حقونه؛
● د ځان پرمختللی بصری ډیټا ټینګ کولو سافټویر، د لاسي بلاک حرکت کول، بیرته راګرځول، لغوه کول او بیا کول فعالوي.

د خدماتو مشخصات

 

د کتابتون ډول

 

 

پلیټ فارم


اوږدوالی ولولئ
د ستراتیژۍ وړاندیز وکړئ
Hi-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

بایو انفارماتیک تحلیلونه

● د خامو معلوماتو کیفیت کنټرول

● Hi-C کتابتون د کیفیت کنټرول

● Hi-C پر بنسټ د جینوم مجلس

● د غونډې وروسته ارزونه

د HiC کاري جریان

د نمونې اړتیاوې او تحویلي

د نمونې اړتیاوې:

څاروی
فنګس
بوټي

 

منجمد نسج: په هر کتابتون کې 1-2 ګرامه
حجرې: په هر کتابتون کې 1x 10^7 حجرې
منجمد نسج: 1g په هر کتابتون کې
منجمد نسج: په هر کتابتون کې 1-2 ګرامه

 

 
*موږ په کلکه سپارښتنه کوو چې د Hi-C تجربې لپاره لږترلږه 2 aliquots (هر یو 1 g) واستوو.

وړاندیز شوي نمونې تحویلي

کانټینر: 2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د ډیری نمونو لپاره، موږ سپارښتنه کوو چې په ایتانول کې ونه ساتل شي.
د نمونې لیبل کول: نمونې باید په واضح ډول لیبل شوي او د نمونې معلوماتو فورمې ته ورته وي.
بار وړل: وچ یخ: نمونې باید لومړی په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.

د خدمت کاري جریان

نمونه QC

د تجربې ډیزاین

د نمونې تحویل

د نمونې سپارل

پیلوټ تجربه

د DNA استخراج

د کتابتون چمتو کول

د کتابتون جوړول

ترتیب کول

ترتیب کول

د معلوماتو تحلیل

د معلوماتو تحلیل

د پلور وروسته خدمتونه

د پلور وروسته خدمتونه


  • مخکینی:
  • بل:

  • *د ډیمو پایلې دلته ښودل شوي ټول د بایومارکر ټیکنالوژیو سره خپاره شوي جینومونو څخه دي

    1.Hi-C تعامل د حرارت نقشهCamptotheca acuminataجینوملکه څنګه چې په نقشه کې ښودل شوي، د متقابل عمل شدت په منفي ډول د خطي فاصلې سره تړاو لري، کوم چې د کروموزوم کچې خورا درست راټولول په ګوته کوي.(د لنگر کولو تناسب: 96.03٪)

    3Hi-C- تعامل-هیټ میپ-ښکاره-کونټیګز-انکرینګ-په جینوم-اسمبلۍ کې

    کانګ ایم او نور.د طبیعت مخابرات، 2021

     

    2.Hi-C په منځ کې د انعطاف تایید کول اسانه کړلGossypium hirsutumL. TM-1 A06 اوG. arboreumChr06

    4Hi-C-heatmap-د جینومونو په منځ کې د انعطاف افشا کولو اسانتیا

    Yang Z et al.د طبیعت مخابرات، 2019

     

     

    3. د کاساوا جینوم SC205 اسمبلی او بایللیک توپیر.د Hi-C تودوخې نقشه په هوموولوژس کروموزومونو کې روښانه ویش ښودل شوی.

    5Hi-C-heatmap-ښکاره-همولوژوس-کروموزومونه

    هو او نور،مالیکولی نبات، 2021

     

     

    4.Hi-C د تودوخې نقشه په دوه فیکس ډوله جینوم مجلس کې:F.microcarpa(د لنگر کولو تناسب: 99.3٪) اوF.hispida (د لنگر کولو تناسب: 99.7٪)
    6Hi-C-heatmap-ښکاره-کونټیګ-انکرینګ-د-فیکس-جینومونه

    جانګ ایکس او نور.حجره، 2020

     

     

    د BMK قضیه

    د بانجان د ونې او ګرده غاړو جینومونه د انځر-وسپ Coevolution په اړه لیدونه وړاندې کوي

    خپور شوی: حجره، 2020

    د ترتیب کولو تګلاره:

    F. مایکرو کارپا جینوم: تقریبا.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidaجینوم: تقریبا.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillataجینوم: تقریبا.170 X PacBio RSII (65 جی بی)

    کلیدي پایلې

    1. د بنیان د ونې دوه جینومونه او یو pollinator wasp genomes د PacBio ترتیب کولو، Hi-C او لینکج نقشې په کارولو سره جوړ شوي.
    (1)F. مایکرو کارپاجینوم: د 426 Mb (د اټکل شوي جینوم اندازې 97.7٪) د 908 Kb د کانټیګ N50 سره، د BUSCO نمرې 95.6٪ سره جوړه شوې.په مجموع کې د 423 Mb ترتیبونه د Hi-C لخوا 13 کروموزومونو سره لنگر شوي.د جینوم تشریح 29,416 پروټین کوډینګ جینونه ترلاسه کړل.
    (۲)F. هسپیداجینوم: د 360 Mb یوه ټولګه (د اټکل شوي جینوم اندازې 97.3٪) د 492 Kb د کانټیګ N50 او د BUSCO نمرې 97.4٪ سره حاصل درلود.په ټولیز ډول د 359 Mb سلسلې په 14 کروموزومونو کې د Hi-C لخوا لنگر شوي او د لوړ کثافت لینک نقشې ته خورا ورته ورته دي.
    (۳)Eupristina verticillataجینوم: د 387 Mb یوه ټولګه (د جینوم اندازې اټکل: 382 Mb) د 3.1 Mb د کانټیګ N50 او د BUSCO نمرې 97.7٪ سره رامینځته شوی.

    2. مقایسوي جینومیک تحلیل د دوو تر منځ د جوړښت لوی توپیرونه په ګوته کړلفیکوسجینومونه، کوم چې د تطبیقي ارتقاء مطالعاتو لپاره ارزښتناکه جینیاتي سرچینې چمتو کړي.دا څیړنه، د لومړي ځل لپاره، د جینومیک په کچه د Fig-wasp coevolution په اړه بصیرت چمتو کړي.

    PB-بشپړ-اوږدوالی-RNA-Sequencing-د قضیې مطالعه

    د دوو جینومیک ځانګړتیاوو په اړه د سرکوس ډیاګرامفیکوسجینومونه، پشمول کروموزومونه، قطعي نقلونه (SDs)، ټرانسپوزون (LTR، TEs، DNA TEs)، د جین بیان او ترکیب

    PB-بشپړ-اوږدوالی-RNA-بدیل-سپلاینګ

    د Y کروموزوم او د جنسیت ټاکلو کاندید جین پیژندنه

     
    حواله

    جانګ، ایکس، او نور."د بانجان د ونې جینومونه او ګرده کونکی ویسپ د انځر-واسپ Coevolution په اړه لیدونه وړاندې کوي."سیل 183.4 (2020).

    نرخ ترلاسه کړئ

    خپل پیغام دلته ولیکئ او موږ ته یې واستوئ

    خپل پیغام موږ ته واستوئ: