د غیر حوالې پراساس mRNA ترتیب کول - ایلومینا
برخی
● د هرې حوالې جینوم څخه خپلواک،
● معلومات د لیکونو جوړښت او بیان تحلیل لپاره کارول کیدی شي
● متغیر کلیپینګ سایټونه وپیژنئ
د خدماتو ګټې
● د BMKCloud پر بنسټ د پایلو تحویل: پایلې د BMKCloud پلیټ فارم له لارې د ډیټا فایل او متقابل راپور په توګه وړاندې کیږي، کوم چې کاروونکي ته اجازه ورکوي د پیچلو تحلیلي پایلو لوستل او د معیاري بایو انفارماتیک تحلیل پر بنسټ د ډیټا کان کیندنې دودیز شوي.
● د پلور وروسته خدمتونه: د پلور وروسته خدمتونه د پروژې بشپړیدو وروسته د 3 میاشتو لپاره اعتبار لري، پشمول د پروژې تعقیب، د ستونزو حل کول، پایلې پوښتنې او ځوابونه، او نور.
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
نیوکلیوټایډونه:
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | پاکوالی | بشپړتیا |
| ≥ ۲۰ | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا هیڅ پروټین یا DNA ککړتیا په جیل کې ښودل شوي. | د نباتاتو لپاره: RIN≥6.5؛ د څارویو لپاره: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا هیڅ اساسی لوړوالی |
نسج: وزن (وچ): ≥1 g
* د 5 ملی ګرامه څخه کوچني نسجونو لپاره ، موږ وړاندیز کوو چې فلش منجمد (مایع نایټروجن کې) نسج نمونه واستوو.
د حجرو تعلیق: د حجرو شمیر = 3 × 107
* موږ وړاندیز کوو چې منجمد سیل لیسټیټ ولیږدوو.په هغه صورت کې چې حجره له 5 × 10 څخه کوچنۍ شمیرل کیږي5په مایع نایتروجن کې منجمد فلش سپارښتنه کیږي.
د وینې نمونې:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol او 2mL وینه (TRIzol: وینه = 3:1)
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر:
2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د نمونې لیبل کول: ګروپ + نقل کول لکه A1, A2, A3;B1, B2, B3...
بار وړل:
1. وچه یخ: نمونې باید په کڅوړو کې بسته شي او په وچه یخ کې ښخ شي.
2.RNAstable ټیوبونه: د RNA نمونې د RNA ثبات ټیوب کې وچې کیدی شي (د بیلګې په توګه RNAstable®) او د خونې په حرارت درجه کې لیږدول کیدی شي.
د خدماتو کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د سپارلو نمونه
د RNA استخراج
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
بایو انفارماتیک
1.mRNA(denovo) د مجلس اصول
د تثلیث لخوا، لوستل په کوچنیو ټوټو ویشل شوي، چې د K-mer په نوم پیژندل کیږي.دا K-mers بیا د تخمونو په توګه کارول کیږي ترڅو په کانټیګونو کې وغځول شي او بیا د کانټیګ اوورلیپینګونو پراساس اجزا.په پای کې، De Bruijn دلته په اجزاوو کې د لیکونو پیژندلو لپاره کارول شوی و.
mRNA (De novo) د تثلیث عمومي کتنه
2.mRNA (De novo) د جین څرګندولو کچه
RNA-Seq د دې وړتیا لري چې د جین بیان خورا حساس اټکل ترلاسه کړي.په عموم ډول، د FPKM د لیږد د څرګندولو وړ حد د 10^-2 څخه تر 10^6 پورې دی
mRNA (De novo) په هره نمونه کې د FPKM کثافت ویش
3.mRNA (De novo) GO د DEGs د غني کولو تحلیل
GO (جین اونټولوژي) ډیټابیس یو جوړښت شوی بیولوژیکي تشریح سیسټم دی چې د جین او جین محصولاتو دندو معیاري لغتونه لري.دا څو درجې لري، چیرته چې ټیټه کچه وي، دندې خورا مشخصې وي.
mRNA (De novo) GO په دوهمه کچه د DEGs طبقه بندي
د BMK قضیه
په پیاز کې د بلب پړسوب او پراختیا په جریان کې د سوکروز میټابولیزم ټرانسکریټوم تحلیل (Allium cepa L.)
خپور شوی: د نباتاتو په ساینس کې سرحدونه2016
د ترتیب کولو ستراتیژي
Illumina HiSeq2500
د نمونې ټولګه
په دې څیړنه کې د یوتا ژیړ خوږ سپین کښت "Y1351" کارول شوی و.د راټولو شویو نمونو شمیره وه
د بلب د پړسوب (DAS) څخه 15مه ورځ (د 2-cm قطر او 3-4 g وزن)، 30th DAS (5-cm قطر او 100-110 g وزن)، او ∼3 په 40th DAS (7-cm قطر او 260-300 ګرامه).
کلیدي پایلې
1. د وین ډیاګرام کې، ټولټال 146 DEGs د پراختیایي مرحلو په ټولو دریو جوړه کې کشف شوي
2. "کاربوهایډریټ ټرانسپورټ او میټابولیزم" یوازې د 585 یونیجینز (یعنې د تشریح شوي COG 7٪) لخوا نمایش شوی.
3.Unigenes په بریالیتوب سره د GO ډیټابیس ته تشریح شوي د بلب پراختیا د دریو مختلفو مرحلو لپاره په دریو اصلي کټګوریو کې طبقه بندي شوي.د "بیولوژیکي پروسې" اصلي کټګورۍ کې ډیری نمایندګي "میټابولیک پروسې" وې، وروسته د "حجروي پروسې" په واسطه.د "مالکولي فعالیت" په اصلي کټګورۍ کې هغه دوه کټګورۍ چې ډیری یې استازیتوب کوي "بندي" او "کټالیټیک فعالیت" وو.
 د ارتوولوژس ګروپونو کلسترونو هسټوګرام (COG) طبقه بندي |  د جین اونټولوژي هسټوګرام (GO) طبقه بندي د یونیجینز لپاره چې د بلب څخه اخیستل شوي په دریو پرمختیایي مرحلو کې |
 د وین ډیاګرام د پیاز بلب پراختیا په هر دوه مرحلو کې د جینونو توپیر څرګندوي |
حواله
جانګ سي، جانګ ایچ، ژان زی، او نور.په پیاز کې د بلب پړسوب او پراختیا په جریان کې د سوکروز میټابولیزم ټرانسکریټوم تحلیل (Allium cepa L.)[J].د نباتاتو په ساینس کې سرحدونه، 2016، 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
