نبات/حیوان د نوو جینوم ترتیب کول
ډی نووترتیب د حوالې جینوم په نشتوالي کې د ترتیب کولو ټیکنالوژیو په کارولو سره د یو نوع د ټول جینوم جوړولو ته اشاره کوي. د دریم نسل ترتیب معرفي کول او پراخه منل، چې اوږد لوستل پکې شامل دي، د لوستلو ترمنځ د اوورلیپ زیاتولو سره د جینوم اسمبلۍ د پام وړ وده کړې ده. دا وده په ځانګړي ډول هغه وخت اړونده ده کله چې د ننګونکي جینومونو سره معامله کیږي، لکه هغه چې لوړ هیټروزایګوسیت، د تکراري سیمو لوړ تناسب، پولی پلایډونه، او هغه سیمې چې تکراري عناصر لري، غیر معمولي GC مینځپانګې، یا لوړ پیچلتیا چې معمولا یوازې د لنډ لوستلو ترتیب په کارولو سره په کمزوري ډول راټولیږي.
زموږ یو-سټاپ حل د مدغم ترتیب خدمتونه او بایو انفارمیټیک تحلیل چمتو کوي چې د لوړ کیفیت ډی نوو راټول شوي جینوم وړاندې کوي. د ایلومینا سره د جینوم لومړنۍ سروې د جینوم اندازې او پیچلتیا اټکلونه وړاندې کوي، او دا معلومات د PacBio HiFi سره د اوږد لوستل شوي ترتیب بل ګام لارښود کولو لپاره کارول کیږي، وروستهنوید کنټیګونو راټولول. د HiC اسمبلۍ وروسته کارول د کنټیګونو جینوم سره لنگر کولو ته اجازه ورکوي، د کروموزوم کچې اسمبلۍ ترلاسه کوي. په پای کې، جینوم د جین وړاندوینې او څرګند شوي جینونو ترتیب کولو سره تشریح کیږي، د لنډ او اوږد لوستلو سره ټرانسکرپټومونو ته مراجعه کوي.
د خدماتو ځانګړتیاوې
● په یوه واحد حل کې د څو ترتیبونو او بایو انفارمیټیک خدماتو یوځای کول:
د ایلومینا سره د جینوم سروې ترڅو د جینوم اندازه اټکل شي او راتلونکي ګامونه لارښوونه وشي؛
د اوږدې لوستلو ترتیب لپارهنوید کانټیګونو راټولول؛
د کروموزوم انکر کولو لپاره د های-سي ترتیب؛
د جینونو د تشریح لپاره د mRNA ترتیب؛
د غونډې تایید.
● د نوي جینومونو جوړولو یا د علاقې وړ ډولونو لپاره د موجوده حوالې جینومونو ښه کولو لپاره مناسب خدمت.
د خدماتو ګټې
د ترتیب کولو پلیټ فارمونو او بایو انفارمیټکس پراختیا پهنوید جینوم اسمبلۍ
(اماراسینګه SL او نور،د جینوم بیولوژي(، ۲۰۲۰)
●پراخه تخصص او خپرونې ریکارډ: BMKGene د مختلفو ډولونو د لوړ کیفیت جینوم اسمبلۍ کې پراخه تجربه راټوله کړې، په شمول د ډیپلوایډ جینومونو او د پولیپلایډ او ایلوپولیپلایډ ډولونو خورا پیچلي جینومونو. له ۲۰۱۸ راهیسې، موږ په ډیرو برخو کې ونډه اخیستې ده۳۰۰ لوړ اغیز لرونکي خپرونې، او له دې ډلې ۲۰+ یې په نیچر جینیټکس کې خپرې شوې دي..
● یو ځای حل: زموږ مدغم چلند د څو ترتیب کولو ټیکنالوژۍ او بایو انفارمیټیک تحلیلونو سره یوځای کوي چې په یو همغږي کاري فلو کې شامل دي، د لوړ کیفیت راټول شوي جینوم وړاندې کوي.
●ستاسو د اړتیاوو سره سم جوړ شوی: زموږ د خدماتو کاري جریان د تنظیم وړ دی، چې د جینومونو لپاره د مختلفو ځانګړتیاو او ځانګړو څیړنیزو اړتیاو سره تطابق ته اجازه ورکوي. پدې کې د لوی جینومونو، پولیپلایډ جینومونو، خورا متفاوت جینومونو، او نور ډیر څه شامل دي.
●د بایو انفارمیټکس او لابراتوار لوړ مهارت لرونکی ټیم: د پیچلو جینوم اسمبلۍ په مخ کې د تجربوي او بایو انفارمیټکس دواړو کې د ښې تجربې او د پیټینټونو او سافټویر کاپي حقونو لړۍ سره.
●د خرڅلاو وروسته ملاتړ:زموږ ژمنه د پروژې له بشپړېدو هاخوا د پلور وروسته د 3 میاشتو خدماتو دورې سره غځیږي. پدې موده کې، موږ د پروژې تعقیب، د ستونزو حل کولو مرستې، او د پایلو پورې اړوند هرې پوښتنې ته د ځواب ویلو لپاره د پوښتنو او ځوابونو غونډې وړاندې کوو.
د خدماتو مشخصات
| د جینوم سروې | د جینوم اسمبلۍ | د کروموزوم کچه | د جینوم تشریح |
| ۵۰ ایکس ایلومینا نووا سیک PE۱۵۰
| د 30X PacBio CCS HiFi لوستل | ۱۰۰X های-سي | د RNA-seq ایلومینا PE150 10 ګیګابایټ + (اختیاري) بشپړ اوږدوالی RNA-seq PacBio 40 Gb یا نانوپور ۱۲ جي بي |
د خدماتو اړتیاوې
د جینوم سروې، جینوم اسمبلۍ او های-سي اسمبلۍ لپاره:
| نسج یا استخراج شوي نیوکلیک اسیدونه | د جینوم سروې | د پیک بایو سره د جینوم اسمبلۍ | د های-سي اسمبلۍ |
| د څارویو ویسرا | ≥ 0.2 ګرامه
| ≥ ۱ ګرامه | ≥ ۱ ګرامه |
| د څارویو عضلات | |||
| د تی لرونکو وینه | ≥ 0.3 ملی لیتره | ≥ ۱ ملی لیتر | ≥ ۲ ملی لیتره |
| د چرګانو/د کبانو وینه | ≥ 0.05 ملی لیتره | ≥ 0.1 ملی لیتره | |
| نبات - تازه پاڼې | ≥ 0.5 ګرامه | ≥ ۲ ګرامه | ≥ ۲ ګرامه |
| کلتوري حجرات | ≥ ۱x۱۰6 | ≥ ۵x۱۰6 | ≥ ۱x۱۰7 |
| حشره | ≥ 0.2 ګرامه | ≥ ۱ ګرامه | ≥ ۱ ګرامه |
| د اوبو ژوندی موجود - د عضلاتو نسج | ≥ 0.3 ګرامه | ≥ ۱.۵ ګرامه | ≥ ۱.۰ ګرامه |
| په اوبو کې ژوندي موجودات - الجي | ≥ 0.5 ګرامه | ≥ ۳.۰ ګرامه | ≥ ۲.۰ ګرامه |
| استخراج شوی DNA | غلظت: ≥1 ng/ µL اندازه ≥ 30 نانو ګرامه محدود یا هیڅ تخریب یا ککړتیا نشته | غلظت: ≥ 50 ng/ µL اندازه: ۸ µg/د جریان حجره/نمونه د OD260/280=1.7-2.2 معرفي کول د OD260/230=1.8-2.5 معرفي کول محدود یا هیڅ تخریب یا ککړتیا نشته |
-
|
د ټرانسکرپټومکس سره د جینوم تشریح لپاره:
| نسج یا استخراج شوي نیوکلیک اسیدونه | د ایلومینا ټرانسکرپټوم | د پیک بایو ټرانسکرپټوم | نانوپور ټرانسکرپټوم |
| نبات - ریښه/ډډ/پاڼۍ | ۴۵۰ ملی ګرامه | ۶۰۰ ملی ګرامه | |
| نبات - پاڼې/تخم | ۳۰۰ ملی ګرامه | ۳۰۰ ملی ګرامه | |
| نبات - میوه | ۱.۲ ګرامه | ۱.۲ ګرامه | |
| د څارویو زړه/کولمه | ۳۰۰ ملی ګرامه | ۳۰۰ ملی ګرامه | |
| د څارویو ویزرا/دماغ | ۲۴۰ ملی ګرامه | ۲۴۰ ملی ګرامه | |
| د څارویو عضلات | ۴۵۰ ملی ګرامه | ۴۵۰ ملی ګرامه | |
| د څارویو هډوکي/ویښتان/پوستکی | ۱ ګرامه | ۱ ګرامه | |
| ارتروپوډ - حشره | 6 | 6 | |
| ارتروپوډ - کرسټاسیا | ۳۰۰ ملی ګرامه | ۳۰۰ ملی ګرامه | |
| ټوله وینه | ۱ ټیوب | ۱ ټیوب | |
| استخراج شوی RNA | غلظت: ≥ 20 ng/ µL اندازه ≥ 0.3 µg د OD260/280=1.7-2.5 معرفي کول د OD260/230=0.5-2.5 معرفي کول آر آی این≥ ۶ ۵≥۲۸ثانیې/۱۸ثانیې≥۱ | غلظت: ≥ 100 ng/ µL اندازه ≥ 1 µg د OD260/280=1.7-2.5 معرفي کول د OD260/230=0.5-2.5 معرفي کول آر آی این≥ ۸ ۵≥۲۸ثانیې/۱۸ثانیې≥۱ | غلظت: ≥ 100 ng/ µL اندازه ≥ 1 µg د OD260/280=1.7-2.5 معرفي کول د OD260/230=0.5-2.5 معرفي کول آر آی این≥ ۷.۵ ۵≥۲۸ثانیې/۱۸ثانیې≥۱ |
د نمونې سپارلو سپارښتنه
کانټینر: ۲ ملی لیتره سنټرفیوج ټیوب (ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
(د ډیری نمونو لپاره، موږ سپارښتنه کوو چې په ایتانول کې ونه ساتل شي.)
د نمونې لیبل کول: نمونې باید په روښانه ډول لیبل شي او د سپارل شوي نمونې معلوماتو فورمې سره ورته وي.
بار وړل: وچ یخ: نمونې باید لومړی په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.
کاري جریان
د خدماتو کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د نمونې تحویلي
د ډي این اې استخراج
د کتابتون جوړول
د ترتیب ترتیب
د معلوماتو تحلیل
د خرڅلاو وروسته خدمتونه
بشپړ بایو انفارماتیک تحلیل، په 4 مرحلو ویشل شوی:
۱) د جینوم سروې، چې د NGS سره د k-mer تحلیل پر بنسټ ده، په لاندې ډول ده:
د جینوم د اندازې اټکل
د هیتروزایګوسیت اټکل
د تکراري سیمو اټکل
۲) د پیک بایو های فای سره د جینوم اسمبلۍ:
نویاسمبلۍ
د اسمبلۍ ارزونه: د جینوم بشپړتیا لپاره د BUSCO تحلیل او د NGS او PacBio HiFi لوستلو نقشه کول شامل دي
۳) د لوړ سي اسمبلۍ:
د های-سي کتابتون QC: د اعتبار وړ های-سي تعاملاتو اټکل
د لوړ-سي اسمبلۍ: په ګروپونو کې د کانټیګونو کلستر کول، وروسته د هر ګروپ دننه د کانټیګ ترتیب او د کانټیګ سمت ټاکل.
د لوړ-سي ارزونه
۴) د جینوم تشریح:
د غیر کوډ شوي RNA وړاندوینه
د تکراري ترتیبونو پیژندنه (ټرانسپوزونونه او ټنډم تکرارونه)
د جین وړاندوینه
§نوی: د پیل څخه الګوریتمونه
§ د همجنسبازۍ پر بنسټ
§ د ټرانسکرپټوم پر بنسټ، د اوږد او لنډ لوستلو سره: لوستل دينوید جینوم مسودې سره راټول شوي یا نقشه شوي
§ د څو ډیټابیسونو سره د وړاندوینې شوي جینونو تشریح
۱) د جینوم سروې- k-mer تحلیل
۲) د جینوم اسمبلۍ
۲) د جینوم اسمبلۍ - پیک بایو های فای د اسمبلۍ مسودې ته نقشه لولي
۲) د های-سي اسمبلۍ - د های-سي د اعتبار وړ تعامل جوړو اټکل
۳) د غونډې وروسته د لوړ سي ارزونه
۴) د جینوم تشریح - د وړاندوینې شوي جینونو ادغام
۴) د جینوم تشریح - د اټکل شوي جینونو تشریح
د BMKGene د نوي جینوم اسمبلۍ خدماتو لخوا د خپرونو د یوې جوړې شوې ټولګې له لارې اسانه شوي پرمختګونه وپلټئ:
لي، سي. او نور (۲۰۲۱) 'د جینوم سلسلې د نړیوال خپریدو لارې څرګندوي او د سمندري اسونو په ارتقا کې د متقابل جینیاتي تطبیق وړاندیز کوي'، نیچر کمیونیکیشنز، ۱۲(۱). doi: ۱۰.۱۰۳۸/S۴۱۴۶۷-۰۲۱-۲۱۳۷۹-X.
لي، واي او نور (۲۰۲۳) 'د کروموزوملونو لوی بدلونونه د جینوم کچې د اظهار بدلونونو، چاپیریالي تطابق، او په ګیل کې ځانګړتیا ته لار هواروي (بوس فرنټالیس)'، مالیکولر بیولوژي او ارتقا، ۴۰(۱). doi: ۱۰.۱۰۹۳/MOLBEV/MSAD006.
تیان، ټي. او نور (۲۰۲۳) 'د وچکالۍ په وړاندې د مقاومت لرونکي جوار د جرمپلازم د جینوم راټولول او جینیاتي تحلیل'، نیچر جینیات ۲۰۲۳ ۵۵:۳، ۵۵(۳)، مخونه ۴۹۶–۵۰۶. doi: ۱۰.۱۰۳۸/s۴۱۵۸۸-۰۲۳-۰۱۲۹۷-y.
ژانګ، ایف. او نور (۲۰۲۳) 'د سولاناسی کورنۍ کې د دوو جینومونو تحلیل له لارې د ټراپین الکالوید بایوسینتیزس ارتقاء څرګندول'، نیچر کمیونیکیشنز ۲۰۲۳ ۱۴:۱، ۱۴(۱)، مخونه ۱–۱۸. doi: ۱۰.۱۰۳۸/s۴۱۴۶۷-۰۲۳-۳۷۱۳۳-۴.
ننګونکې قضیې مطالعې:
د ټیلومیر څخه تر ټیلومیر پورې اسمبلۍ:فو، اې. او نور (۲۰۲۳) 'د ترخې خټکي (مومورډیکا چارانتیا ایل. var. abbreviata Ser.) د ټیلومیر څخه ټیلومیر جینوم راټولول د میوو پراختیا، جوړښت او د پخیدو جینیاتي ځانګړتیاوې څرګندوي'، د باغدارۍ څیړنه، ۱۰(۱). doi: ۱۰.۱۰۹۳/HR/UHAC228.
د هیپلوټایپ اسمبلۍ:هو، ډبلیو او نور (۲۰۲۱) 'د ایلیل تعریف شوی جینوم د کاساوا ارتقا په جریان کې د بایالیلیک توپیر څرګندوي'، مالیکولر پلانټ، ۱۴(۶)، مخونه ۸۵۱–۸۵۴. doi: ۱۰.۱۰۱۶/j.molp.۲۰۲۱.۰۴.۰۰۹.
د لوی جینوم اسمبلۍ:یوان، جي. او نور (۲۰۲۲) 'د ونې پیوني پایونیا اوسټي د ګیګا کروموزومونو او ګیګا جینوم جینومیک اساس'، نیچر کمیونیکیشنز ۲۰۲۲ ۱۳:۱، ۱۳(۱)، مخونه ۱–۱۶. doi: ۱۰.۱۰۳۸/s۴۱۴۶۷-۰۲۲-۳۵۰۶۳-۱.
د پولیپلایډ جینوم اسمبلۍ:ژانګ، کیو او نور (۲۰۲۲) 'د آټوپولیپلایډ شکرې سیکارم سپونټینیم د وروستي کروموزوم کمښت په اړه جینومیک بصیرت'، نیچر جینیات ۲۰۲۲ ۵۴:۶، ۵۴(۶)، مخونه ۸۸۵–۸۹۶. doi: ۱۰.۱۰۳۸/s۴۱۵۸۸-۰۲۲-۰۱۰۸۴-۱.
