د نباتاتو/حیواناتو د بشپړ جینوم ترتیب
د خدماتو ځانګړتیاوې
نوی
دا تخنیک په ځانګړي ډول د ننګونکو جینومونو لپاره ګټور دی لکه هغه چې د لوړ درجې هیتروزایګوسیت، تکراري سیمې، پولیپولایډ جینومونه، غیر معمولي CG محتوا او داسې نور.
زموږ یو-سټاپ حل د مدغم ترتیب خدمتونه او بایو انفارمیټیک تحلیل چمتو کوي چې د لوړ کیفیت ډی نوو راټول شوي جینوم وړاندې کوي. د ایلومینا سره د جینوم لومړنۍ سروې د جینوم اندازې او پیچلتیا اټکلونه وړاندې کوي، او دا معلومات د PacBio HiFi سره د اوږد لوستل شوي ترتیب بل ګام لارښود کولو لپاره کارول کیږي، وروستهنوید کنټیګونو راټولول. د HiC اسمبلۍ وروسته کارول د کنټیګونو جینوم سره لنگر کولو ته اجازه ورکوي، د کروموزوم کچې اسمبلۍ ترلاسه کوي. په پای کې، جینوم د جین وړاندوینې او څرګند شوي جینونو ترتیب کولو سره تشریح کیږي، د لنډ او اوږد لوستلو سره ټرانسکرپټومونو ته مراجعه کوي.
-- په یو واحد حل کې د څو ترتیبونو او بایو انفارمیټیک خدماتو یوځای کولد ساختماني ناول لپاره مناسب خدمت
-- د ګټو لرونکو ډولونو لپاره د موجوده حوالې جینومونو جینومونه یا ښه والی.
د ترتیب ترتیب
-- د کتابتون چمتووالی معیاري یا د PCR څخه پاک کیدی شي
-- په څلورو ترتیب پلیټ فارمونو کې شتون لري: ایلومینا نووا سیک، ایم جی آی ټي ۷، نانوپور پرومیتون پي ۴۸ یا پیک بایو ریویو.
-- د بایو انفارماتیک تحلیل چې د متغیر زنګ وهلو باندې تمرکز کوي: SNP، InDel، SV او CNV
د خدماتو ګټې
●پراخه تخصص او خپرونې ریکارډ: لپارهنوید خدماتو په برخه کې، موږ د متنوع ډولونو د لوړ کیفیت جینوم اسمبلۍ کې پراخه تجربه راټوله کړې ده، په شمول د ډیپلوایډ جینومونو او د پولیپلایډ او ایلوپولیپلایډ ډولونو خورا پیچلي جینومونو. له ۲۰۱۸ راهیسې، موږ له ۳۰۰ څخه زیاتو لوړ اغیز لرونکو خپرونو کې مرسته کړې، او له دوی څخه ۲۰+ په نیچر جینیټکس کې خپاره شوي دي. د جینوم بیا ترتیب کولو په برخه کې، موږ له ۱۰۰۰ څخه ډیر ډولونه راټول کړل، چې په پایله کې یې له ۱۰۰۰ څخه ډیر خپاره شوي قضیې رامینځته شوې چې د ۵۰۰۰ څخه ډیر د اغیزې فکتور سره.
●یو اړخیز حل: پرنوید ترتیب ورکولو سره، زموږ مدغم چلند د څو ترتیب کولو ټیکنالوژۍ او بایو انفارمیټیک تحلیلونو سره یوځای کوي چې په یو همغږي کاري فلو کې شامل دي، د لوړ کیفیت راټول شوي جینوم وړاندې کوي.
●ستاسو د اړتیاوو سره سم جوړ شوی: زموږ د خدماتو کاري جریان د تنظیم وړ دی، چې د جینومونو لپاره د متنوع ځانګړتیاو او ځانګړو څیړنیزو اړتیاو سره تطابق ته اجازه ورکوي.
●د بایو انفارمیټکس او لابراتوار لوړ مهارت لرونکی ټیم: آیا دا د دې لپاره دهنوید ترتیب یا بیا ترتیب کولو سره، زموږ ټیم د پروژې بریالیتوب تضمین کولو لپاره د وسایلو او پوهې یو ماهر سیټ لري. دا د پیټینټونو او سافټویر کاپي حقونو لړۍ سره تایید کیدی شي چې دوی یې رامینځته کړي دي.
● د خرڅلاو وروسته ملاتړ:زموږ ژمنه د پروژې له بشپړېدو هاخوا د خرڅلاو وروسته د درې میاشتو خدمت دورې سره غځېږي. پدې موده کې، موږ د پروژې تعقیب، د ستونزو حل کولو مرستې، او د پایلو پورې اړوند هرې پوښتنې ته د ځواب ویلو لپاره د پوښتنو او ځوابونو غونډې وړاندې کوو.
●د بایو انفارمیټکس جامع تحلیل: د تغیر زنګ وهلو او د فعالیت تشریح په شمول.
●د ترتیب لپاره جامع تشریح: موږ د جینونو د پیژندل شویو توپیرونو سره په فعاله توګه تشریح کولو لپاره ډیری ډیټابیسونه کاروو او د اړونده غني کولو تحلیل ترسره کوو، ستاسو د څیړنیزو پروژو په اړه بصیرت چمتو کوو.
د خدماتو مشخصات
| هغه ډولونه چې باید وپیژندل شي | د ترتیب کولو ستراتیژي | وړاندیز شوی ژوروالی |
| SNP او InDel | ایلومینا نووا سیک PE150 یا MGI T7 | ۱۰x |
| SV او CNV (لږ دقیق) | ۳۰x | |
| SV او CNV (ډیر دقیق) | نانوپور پروم P48 | ۲۰ ځله |
| SNPs، انډیلز، SV او CNV | د پیک بایو ریویو | ۱۰x |
د نمونې اړتیاوې
| نسج یا استخراج شوي نیوکلیک اسیدونه | ایلومینا/MGI | نانوپور | پیک بایو
| ||
| د څارویو ویسرا | ۰.۵-۱ ګرامه | ≥ ۳.۵ ګرامه
| ≥ ۳.۵ ګرامه
| ||
| د څارویو عضلات | ≥ ۵ ګرامه
| ≥ ۵ ګرامه
| |||
| د تی لرونکو وینه | ۱.۵ ملی لیتره | ≥ 0.5 ملی لیتره
| ≥ ۵ ملی لیتره
| ||
| د چرګانو/د کبانو وینه | ≥ 0.1 ملی لیتره
| ≥ 0.5 ملی لیتره
| |||
| نبات - تازه پاڼې | ۱-۲ ګرامه | ≥ ۲ ګرامه
| ≥ ۵ ګرامه
| ||
| کلتوري حجرات |
| ≥ ۱x۱۰7
| ≥ ۱x۱۰8
| ||
| د حشراتو نرم نسج/فرد | ۰.۵-۱ ګرامه | ≥ ۱ ګرامه
| ≥ ۳ ګرامه
| ||
| استخراج شوی DNA
| غلظت: ≥ ۱ ننګ/ µL اندازه: ≥ 30 نانو ګرامه محدود یا هیڅ تخریب یا ککړتیا نشته
| تمرکز اندازه
د OD260/280 لپاره تفتیش وسپارئ، موږ به په 24 ساعتونو کې له تاسو سره اړیکه ونیسو.
د OD260/230 لپاره تفتیش وسپارئ، موږ به په 24 ساعتونو کې له تاسو سره اړیکه ونیسو.
محدود یا هیڅ تخریب یا ککړتیا نشته
| ≥ ۴۰ نانوګرامه/ µL ۴ µg/د جریان حجره/نمونه
۱.۷-۲.۲
≥۱.۵ | تمرکز اندازه
د OD260/280 لپاره تفتیش وسپارئ، موږ به په 24 ساعتونو کې له تاسو سره اړیکه ونیسو.
د OD260/230 لپاره تفتیش وسپارئ، موږ به په 24 ساعتونو کې له تاسو سره اړیکه ونیسو.
محدود یا هیڅ تخریب یا ککړتیا نشته | ≥ ۵۰ نانو ګرامه/ µL ۱۰ µg/د جریان حجره/نمونه
۱.۷-۲.۲
۱.۸-۲.۵ |
| د PCR څخه پاک کتابتون چمتووالی: غلظت ≥ 40 ng/ µL اندازه≥ ۵۰۰ ننګره | |||||
د خدماتو کاري جریان
د نمونې تحویلي
د ډي این اې استخراج
د کتابتون جوړول
د ترتیب ترتیب
د معلوماتو تحلیل
د معلوماتو رسولو
نوید بایو انفارمیټکس پایپ لاین
که تاسو غواړئ د غونډې لپاره زموږ د مختلفو پایپ لاینونو عمومي کتنه وګورئ:
بشپړ بایو انفارماتیک تحلیل، په 4 مرحلو ویشل شوی:
۱. د جینوم سروې، د NGS لوستلو سره د k-mer تحلیل پر بنسټ.دا به موږ ته په دې اړه معلومات راکړي:
- د جینوم د اندازې اټکل
- د هیتروزایګوسیت اټکل
- د تکراري سیمو اټکل
۲. د PacBio HiFi سره د جینوم اسمبلۍ.د اوږدو لوستلو کارول به موږ ته دا راکړي:
- نویاسمبلۍ
- د اسمبلۍ ارزونه: د جینوم بشپړتیا لپاره د BUSCO تحلیل او د NGS او PacBio HiFi لوستلو نقشه کول شامل دي
۳. د های-سي اسمبلۍ.کله چې موږ غونډه جوړه کړو، د جینوم درې بعدي جوړښت په اړه معلومات به پوهه ژوره کړي او هغه حواله جینوم به بډایه کړي چې موږ یې جوړوو.
- د های-سي کتابتون QC د اعتبار وړ های-سي تعاملاتو اټکل کولو لپاره.
- د های-سي اسمبلۍ. موږ به د ګروپونو په توګه د کانټیګونو کلستر کول ترسره کړو، وروسته به د هر ګروپ دننه د کانټیګ ترتیب او د کانټیګ سمت ټاکل.
- د لوړ-سي ارزونه
۴. د جینوم تشریح:
- د غیر کوډ شوي RNA وړاندوینه
- د تکراري ترتیبونو پیژندنه (ټرانسپوزونونه او ټنډم تکرارونه)
- د جین وړاندوینه
- نوی: د پیل څخه الګوریتمونه
- د همجنسبازۍ پر بنسټ
- د ټرانسکرپټوم پر بنسټ، د اوږد او لنډ لوستلو سره: لوستل دينوید جینوم مسودې سره راټول شوي یا نقشه شوي
- د ګڼ شمېر ډیټابیسونو سره د وړاندوینې شوي جینونو تشریح
بیا ترتیب کولد بایو انفارمیټکس پایپ لاین
لاندې تحلیلونه پکې شامل دي:
- د خامو معلوماتو د کیفیت کنټرول
- د حوالې جینوم سره د سمون احصایې
- د ډول پیژندنه: SNP، InDel، SV او CNV
- د ډولونو فعال تشریح
د حوالې جینوم سره د سمون احصایې - د ترتیب ژوروالی ویش
د څو نمونو په منځ کې د SNP غږ کول
د انډیل پیژندنه - د CDS سیمې او د جینوم په کچه سیمه کې د انډیل اوږدوالي احصایې
په جینوم کې د متغیر ویش - د سرکوس پلاټ
د پېژندل شویو ډولونو سره د جینونو فعال تشریح - د جین اونټولوژي
چای، کیو او نور (۲۰۲۳) 'د ګلوټاتیون ایس-ټرانسفیریز GhTT19 د پنبې کې د انتوکیانین راټولولو تنظیمولو له لارې د ګل د پاڼو رنګ ټاکي'،د نباتاتو د بایو ټیکنالوژۍ ژورنال، ۲۱(۲)، مخ. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
چینګ، ایچ. او نور (۲۰۲۳) 'د کروموزوم په کچه وحشي هیویا براسیلینسیس جینوم د جینومیک مرستې نسل ورکولو او د ربړ حاصلاتو لوړولو لپاره ارزښتناکه ځای لپاره نوي وسایل چمتو کوي'،د نباتاتو د بایو ټیکنالوژۍ ژورنال، 21(5)، مخونه 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
لي، سي او نور (۲۰۲۱) 'د جینوم سلسلې د نړیوال خپریدو لارې څرګندوي او د سمندري اسونو په ارتقا کې د متقابل جینیاتي تطبیق وړاندیز کوي'،د طبیعت مخابرات، ۱۲(۱). doi: ۱۰.۱۰۳۸/S۴۱۴۶۷-۰۲۱-۲۱۳۷۹-X.
لي، واي او نور (۲۰۲۳) 'د کروموزوملونو لوی بدلونونه د جینوم کچې د اظهار بدلونونو، چاپیریالي تطابق، او په ګیل (بوس فرنټالیس) کې ځانګړتیا ته لار هواروي'،مالیکولي بیولوژي او ارتقا, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
تیان، ټي. او نور (۲۰۲۳) 'د وچکالۍ په وړاندې د مقاومت لرونکي جوارو د جرمپلازم د جینوم راټولول او جینیاتي تحلیل'،د طبیعت جینیات ۲۰۲۳55:3، 55(3)، مخونه 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ژانګ، ایف. او نور (۲۰۲۳) 'د سولاناسی کورنۍ کې د دوو جینومونو تحلیل له لارې د ټراپین الکالوید بایوسینتیزس ارتقاء څرګندول'،د طبیعت مخابرات۲۰۲۳ ۱۴:۱، ۱۴(۱)، مخونه ۱–۱۸. doi: ۱۰.۱۰۳۸/s۴۱۴۶۷-۰۲۳-۳۷۱۳۳-۴.
زینګ، ټي. او نور (۲۰۲۲) 'د وخت په تیریدو سره په چینایي اصلي چرګانو کې د جینوم او میتیلیشن بدلونونو تحلیل د نوعو ساتنې په اړه بصیرت چمتو کوي'،د مخابراتو بیولوژي، 5(1)، مخونه 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
ننګونکې قضیې مطالعې:
د ټیلومیر څخه تر ټیلومیر پورې اسمبلۍ:فو، اې او نور (۲۰۲۳) 'د ترخې خټکي د ټیلومیر څخه ټیلومیر جینوم اسمبلۍ (مومورډیکا چارانتیا ایل. var. abbreviata Ser.) د میوو پراختیا، جوړښت او د پخیدو جینیاتي ځانګړتیاوې څرګندوي'،د باغدارۍ څیړنه, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
د هیپلوټایپ اسمبلۍ:هو، ډبلیو او نور (۲۰۲۱) 'د ایلیل تعریف شوی جینوم د کاساوا ارتقا په جریان کې د بایالیلیک توپیر څرګندوي'،مالیکولي نبات14(6)، مخونه 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
د لوی جینوم اسمبلۍ:یوان، جي. او نور (۲۰۲۲) 'د ونې پیوني پیونیا اوسټي د ګیګا کروموزومونو او ګیګا جینوم جینومیک اساس'،د طبیعت مخابرات۲۰۲۲ ۱۳:۱، ۱۳(۱)، مخونه ۱–۱۶. doi: ۱۰.۱۰۳۸/s۴۱۴۶۷-۰۲۲-۳۵۰۶۳-۱.
د پولیپلایډ جینوم اسمبلۍ:ژانګ، کیو او نور (۲۰۲۲) 'د آټوپولیپلایډ شکرې سیچارم سپونټینیم د وروستي کروموزوم کمښت په اړه جینومیک بصیرتونه'،د طبیعت جینیات ۲۰۲۲54:6، 54(6)، مخونه 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
