-
د های-سي پر بنسټ د کروماتین تعامل
های-سي یوه طریقه ده چې د جینومیک ترتیب د نیولو لپاره ډیزاین شوې ده چې د نږدېوالي پر بنسټ تعاملاتو او لوړ-تروپوټ ترتیب سره یوځای کیږي. دا طریقه د کروماتین کراس لینکینګ سره د فارملډایډ سره ولاړه ده، وروسته هضم او بیا لیګیشن په داسې ډول چې یوازې هغه ټوټې چې په همغږۍ سره تړلي وي د لیګیشن محصولات جوړوي. د دې لیګیشن محصولاتو ترتیب کولو سره، دا ممکنه ده چې د جینوم درې بعدي تنظیم مطالعه شي. های-سي د جینوم د هغو برخو ویش مطالعه کولو ته اجازه ورکوي چې په سپک ډول بسته شوي دي (A برخې، یوکروماتین) او ډیر احتمال لري چې د نقل کولو له پلوه فعال وي، او هغه سیمې چې ډیرې ټینګې بسته شوي دي (B برخې، هیټروکروماتین). های-سي د ټوپولوژیکي پلوه اړونده ډومینونو (TADs)، د جینوم هغه سیمې چې پوښل شوي جوړښتونه لري او احتمال لري چې ورته څرګندونې نمونې ولري، او د کروماتین لوپونو، DNA سیمې پیژندلو لپاره هم کارول کیدی شي چې د پروټینونو لخوا یوځای شوي او ډیری وختونه په تنظیمي عناصرو کې بډایه کیږي. د BMKGene د Hi-C ترتیب خدمت څیړونکو ته دا توان ورکوي چې د جینومیکونو فضايي ابعاد وپلټي، د جینوم تنظیم او په روغتیا او ناروغۍ کې د هغې اغیزې پوهیدو لپاره نوې لارې پرانیزي.
-
د کروماتین معافیتي سیکیویشن ترتیب (ChIP-seq)
د کروماتین امیونوپریسیپیټیشن (CHIP) یو تخنیک دی چې د انټي باډیز څخه ګټه پورته کوي ترڅو د DNA-باندیدونکي پروټینونه او د دوی اړوند جینومیک اهداف په انتخابي ډول بډایه کړي. د NGS سره د دې ادغام د هسټون تعدیل، د لیږد فکتورونو، او نورو DNA-باندیدونکي پروټینونو سره تړلي د DNA اهدافو جینوم پراخه پروفایل کول فعالوي. دا متحرک چلند د مختلفو حجرو ډولونو، نسجونو، یا شرایطو کې د تړلو سایټونو پرتله کول فعالوي. د ChIP-Seq غوښتنلیکونه د لیږد تنظیم او پراختیایي لارو مطالعې څخه د ناروغۍ میکانیزمونو روښانه کولو پورې اړه لري، دا د جینومیک تنظیم منظرو پوهیدو او د درملنې بصیرت لوړولو لپاره یو لازمي وسیله ګرځوي.
پلیټ فارم: ایلومینا نووا سیک
-
د بشپړ جینوم بایسلفایټ ترتیب (WGBS)
دا تخنیک، چې د DNA د بایسلفایټ درملنې پر بنسټ والړ دی ترڅو غیر میتیلیټ شوي سایټوسینونه په یوراسل (C څخه U) بدل کړي، پداسې حال کې چې میتیلیټ شوي سایټوسینونه بدل نه پریږدي، د DNA میتیلیشن ژورې پلټنې لپاره د سرو زرو معیاري میتودولوژي په توګه ولاړ دی، په ځانګړي توګه په سایټوسین (5-mC) کې پنځم مقام، د جین څرګندولو او حجروي فعالیت یو مهم تنظیم کونکی.
دا تخنیک د واحد اساس حل وړاندې کوي، څیړونکو ته اجازه ورکوي چې په پراخه کچه د میتیلوم څیړنه وکړي او د نمونو دننه غیر معمولي میتیلیشن نمونې کشف کړي. د WGBS په کارولو سره، ساینس پوهان کولی شي د جینوم پراخه میتیلیشن منظرو کې بې ساري بصیرت ترلاسه کړي، د ایپی جینیټیک میکانیزمونو لنډه پوهه چمتو کوي چې د متنوع بیولوژیکي پروسو او ناروغیو اساس دی.
-
د لوړ تروپټ ترتیب سره د ټرانسپوزاس-لاسرسي وړ کروماتین لپاره ارزونه (ATAC-seq)
ATAC-seq د لوړ تروپټ ترتیب کولو تخنیک دی چې د جینوم پراخه کروماتین لاسرسي تحلیل لپاره کارول کیږي. دا کارول د جین څرګندولو په اړه د نړیوال ایپی جینیټیک کنټرول پیچلي میکانیزمونو ژوره پوهه چمتو کوي. دا میتود د هایپرایکټیو Tn5 ټرانسپوزیس کاروي ترڅو په ورته وخت کې د ترتیب کولو اډاپټرونو داخلولو سره خلاص کروماتین سیمې ټوټې او ټګ کړي. د PCR وروسته امپلیفیکیشن د ترتیب کولو کتابتون رامینځته کولو پایله لري، کوم چې د ځانګړي ځای-وخت شرایطو لاندې د خلاص کروماتین سیمو جامع پیژندنې ته اجازه ورکوي. ATAC-seq د لاسرسي وړ کروماتین منظرو جامع لید وړاندې کوي، د هغو میتودونو برعکس چې یوازې د ټرانسکرپشن فاکتور پابند سایټونو یا ځانګړي هسټون-تعدیل شوي سیمو باندې تمرکز کوي. د دې خلاص کروماتین سیمو ترتیب کولو سره، ATAC-seq هغه سیمې څرګندوي چې د فعال تنظیمي ترتیبونو او احتمالي ټرانسکرپشن فاکتور پابند سایټونو لپاره ډیر احتمال لري، چې په جینوم کې د جین څرګندولو متحرک ماډلولیشن کې ارزښتناکه بصیرت وړاندې کوي.
-
د بیسلفایټ د کم شوي استازیتوب ترتیب (RRBS)
د کم شوي استازیتوب بایسلفایټ ترتیب (RRBS) د MspI cleavage لخوا د CpG ټاپوګانو بډایه سیمو بډایه کولو باندې تکیه کوي او بیا د 200-500/600 bps ټوټو د اندازې انتخاب کوي. په پایله کې، یوازې د CpG ټاپوګانو ته نږدې سیمې ترتیب شوي، پداسې حال کې چې هغه چې لرې CpG ټاپوګانې لري له تحلیل څخه ایستل شوي دي. دا پروسه، د بایسلفایټ ترتیب سره یوځای، د DNA میتیلیشن لوړ ریزولوشن کشف ته اجازه ورکوي، او د ترتیب کولو طریقه، PE150، په ځانګړې توګه د منځ پرځای د داخلونو په پایونو تمرکز کوي، د میتیلیشن پروفایل کولو موثریت زیاتوي.
دا تخنیک د DNA میتیلیشن څیړنې کې د ټول جینوم بیسلفایټ سیکوینسنګ (WGBS) لپاره د ارزانه او مؤثر بدیل په توګه راپورته شوی. پداسې حال کې چې WGBS د واحد اساس ریزولوشن کې د ټول جینوم معاینه کولو سره جامع بصیرت چمتو کوي، د هغې لوړ لګښت کولی شي یو محدودونکی فاکتور وي، کوم چې RRBS په ستراتیژیک ډول د جینوم د استازي برخې په انتخابي تحلیل سره دا ننګونه کموي. دا میتودولوژي یوه ارزښتناکه وسیله ده چې د لګښت مؤثره DNA میتیلیشن څیړنې ته اجازه ورکوي او د ایپی جینیټیک میکانیزمونو پوهه لوړوي.
