د ځانګړي ځای پراخ شوي ټوټې ترتیب (SLAF-Seq)
کاري جریان
دا خدمت په سیلیکو کې یو څه دمخه ډیزاین لري ترڅو د کتابتون په چمتووالي کې د انزایمونو غوره انتخاب تضمین کړي.
تخنیکي سکیم
د خدماتو ځانګړتیاوې
● د PE150 سره په NovaSeq کې ترتیب کول.
● د دوه ګوني بار کوډینګ سره د کتابتون چمتووالی، چې د 1000 څخه زیاتو نمونو راټولولو ته اجازه ورکوي.
● د حوالې جینوم څخه خپلواک:
د حوالې جینوم سره: د SNP او InDel کشف
د حوالې پرته جینوم: د نمونې کلستر کول او د SNP کشف
● پهپه سیلیکو کېد ډیزاین څخه مخکې مرحلې څو محدودیت لرونکي انزایمونو ترکیبونه سکرین کیږي ترڅو هغه ومومي چې د جینوم په اوږدو کې د SLAF ټګونو یوشان ویش رامینځته کوي.
● د تجربې دمخه، د انزایمونو درې ترکیبونه په 3 نمونو کې ازمول کیږي ترڅو 9 SLAF کتابتونونه رامینځته کړي، او دا معلومات د پروژې لپاره د غوره محدودیت انزایم ترکیب غوره کولو لپاره کارول کیږي.
د خدماتو ګټې
●د لوړ جینیاتي مارکر کشف: موږ د لوړ-تروپټ دوه ګونی بارکوډ سیسټم مدغم کوو چې د لوی نفوس په ورته وخت کې ترتیب کولو ته اجازه ورکوي، او د ځای ځانګړي امپلیفیکیشن موثریت لوړوي، ډاډ ترلاسه کوي چې د ټګ شمیرې د مختلفو څیړنیزو پوښتنو متنوع اړتیاوې پوره کوي.
● په جینوم باندې ټیټ انحصار: دا د حوالې جینوم سره یا پرته له ډولونو سره کارول کیدی شي.
●د انعطاف وړ سکیم ډیزاین: واحد انزایم، دوه ګونی انزایم، څو انزایم هضم، او د انزایمونو مختلف ډولونه ټول د مختلفو څیړنیزو اهدافو یا ډولونو د پوره کولو لپاره غوره کیدی شي.
● په انزایمیک هضم کې لوړ موثریت: د یوپه سیلیکو کېمخکې له مخکې ډیزاین او مخکې له مخکې تجربه د کروموزوم په اړه د SLAF ټګونو مساوي ویش (1 SLAF ټګ/4Kb) او کم تکراري ترتیب (<5٪) سره غوره ډیزاین تضمینوي.
●پراخه تخصص: موږ هرې پروژې ته د تجربې یوه شتمني راوړو، د سلګونو ډولونو په اړه د 5000 څخه زیاتو SLAF-Seq پروژو د بشپړولو ریکارډ سره، په شمول د نباتاتو، تی لرونکو، مرغیو، حشراتو، او آبي ژوندیو موجوداتو.
● پخپله جوړ شوی بایو انفارمیټیک کاري جریان: موږ د SLAF-Seq لپاره یو مدغم بایو انفارمیټیک کاري فلو رامینځته کړی ترڅو د وروستي محصول اعتبار او دقت ډاډمن شي.
د خدماتو مشخصات
| د تحلیل ډول | د نفوسو سپارښتنه شوې کچه | د ترتیب کولو ستراتیژي | |
| د ټګ ترتیب ژوروالی | د ټګ شمیره | ||
| جینیاتي نقشې | دوه والدین او له ۱۵۰ څخه زیات اولادونه | والدین: ۲۰x WGS آف سپېنګ: ۱۰ ځله | د جینوم اندازه: <400 Mb: WGS سپارښتنه کیږي <1 جي بي: ۱۰۰ زره ټګونه ۱-۲ جي بي:: ۲۰۰ زره ټګونه >۲ جي بي: ۳۰۰ زره ټګونه اعظمي ۵۰۰ زره ټګونه |
| د جینوم پراخه ټولنې مطالعات (GWAS) | ≥200 نمونې | ۱۰x | |
| جینیاتي ارتقا | د ≥30 نمونې، د هر فرعي ګروپ څخه د 10 څخه ډیر نمونې سره | ۱۰x | |
د خدماتو اړتیاوې
غلظت ≥ 5 ng/µL
ټول مقدار ≥ ۸۰ نانو ګرامه
نانوډراپ OD260/280=1.6-2.5
د اګاروز جیل: هیڅ یا محدود تخریب یا ککړتیا نشته
د نمونې سپارلو سپارښتنه
کانټینر: ۲ ملی لیتره سنټرفیوج ټیوب
(د ډیری نمونو لپاره، موږ سپارښتنه کوو چې په ایتانول کې ونه ساتل شي)
د نمونې لیبل کول: نمونې باید په روښانه ډول لیبل شي او د سپارل شوي نمونې معلوماتو فورمې سره ورته وي.
بار وړل: وچ یخ: نمونې باید لومړی په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.
د خدماتو کاري جریان
نمونه QC
د ازمایښتي تجربې
د SLAF تجربه
د کتابتون چمتووالی
د ترتیب ترتیب
د معلوماتو تحلیل
د خرڅلاو وروسته خدمتونه
زموږ بایو انفارمیټیکل تحلیل کې شامل دي:
د N-rich لوستلو، اډاپټر لوستلو یا ټیټ کیفیت لوستلو لرې کولو لپاره د معلوماتو QC او د معلوماتو ټرمینګ.
د پاکو لوستلو دوهم کیفیت کنټرول د اساس ویش، ترتیب کیفیت او د معلوماتو ارزونې چک کولو لپاره، او همدارنګه د هاضمې موثریت او ترلاسه شوي داخلونو چک کولو لپاره.
کله چې لوستل چک شي، دوه انتخابونه شتون لري:
- د حوالې جینوم لپاره نقشه کول
- د حوالې جینوم پرته: کلستر کول
له هغې وروسته، د SLAF ټګونو تحلیل د مارکر کشف کې د مرستې لپاره د ځینې متغیر زنګ وهلو لپاره کارول کیږي: SNP، InDel، SNV، CV زنګ وهل او تشریح.
په کروموزومونو باندې د SLAF ټګونو ویش:
په کروموزومونو د SNPs ویش:
د SNP تشریح
جیانګ ایس، لی ایس، لو جی، وانګ ایکس او شی سي (۲۰۲۳) د میوو د پخیدو پرمهال د شکرې د محتوا QTL نقشه کول او ټرانسکرپټوم تحلیلد پیرس پیریفولیا.مخکینۍ. د نباتاتو ساینس.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
لي، جي.، ژانګ، يو.، ما، آر.، هوانګ، ډبليو، هو، جي.، فانګ، سي.، او سن، ايل. (۲۰۲۲). د لومړي نسل پېژندنه د سویابین د کورني کولو په وخت کې د تخم مورفولوژي او د تیلو د محتوا د هچ هایک کولو په اړه یو انتخاب څرګندوي.د نباتاتو د بایو ټیکنالوژۍ ژورنال، ۲۰(۶)، ۱۱۱۰-۱۱۲۱. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu، P.، Zhang، X.، وانګ، X.او نور.د عام کارپ د جینوم ترتیب او جینیاتي تنوع،سایپرینس کارپیو.نټ جینټ 46، ۱۲۱۲–۱۲۱۹ (۲۰۱۴). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang، W.، Chen، H.، Yang، M.او نور.د کرل شوي مونګ دانو جینوم د لوبیا کیریوټایپونو، پولیپلایډ ارتقا او د فصل کورني کولو په اړه بصیرت چمتو کوي.نټ جینټ 51، ۸۶۵–۸۷۶ (۲۰۱۹). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| کال | ژورنال | IF | سرلیک | غوښتنلیکونه |
| ۲۰۲۲ | د طبیعت اړیکې | ۱۷.۶۹۴ | د ونې د پیوني د ګیګا کروموزومونو او ګیګا جینوم جینومیک اساس پایونیا اوسټي | د SLAF-GWAS |
| ۲۰۱۵ | نوی فایټولوژیست | ۷.۴۳۳ | د کورني ژوند د پښو نښې د کرنې اهمیت لرونکي جینومیک سیمې لنگر کوي سویابین | د SLAF-GWAS |
| ۲۰۲۲ | د پرمختللې څیړنې ژورنال | ۱۲.۸۲۲ | د ګوسیپیم بارباډینس مصنوعي نفوذ په جي هیرسوتم کې د پنبې د فایبر کیفیت او حاصلاتو د یو وخت ښه والي لپاره غوره ځای څرګند کړئ ځانګړتیاوې | SLAF- ارتقايي جینیات |
| ۲۰۱۹ | مالیکولي نبات | ۱۰.۸۱ | د نفوس جینومیک تحلیل او د ډی نوو اسمبلۍ د زیان رسوونکو واښو اصل څرګندوي وريجې د يوې ارتقايي لوبې په توګه | SLAF- ارتقايي جینیات |
| ۲۰۱۹ | د طبیعت جینیات | ۳۱.۶۱۶ | د عام کارپ، سایپرینس کارپیو د جینوم ترتیب او جینیاتي تنوع | د SLAF-لینکیج نقشه |
| ۲۰۱۴ کال | د طبیعت جینیات | ۲۵.۴۵۵ | د کرل شوي مونګ دانو جینوم د لوبیا کیریوټایپونو، پولی پلایډ په اړه بصیرت چمتو کوي تکامل او د فصلونو کورني کول. | د SLAF-لینکیج نقشه |
| ۲۰۲۲ | د نباتاتو د بایو ټیکنالوژۍ ژورنال | ۹.۸۰۳ | د ST1 پیژندنه د تخم مورفولوژي د هیچ هایکینګ په ګډون یو انتخاب څرګندوي او د سویابین د کورني کولو پرمهال د تیلو محتوا | د SLAF-مارکر پراختیا |
| ۲۰۲۲ | د مالیکولي علومو نړیوال ژورنال | ۶.۲۰۸ | د غنمو-لیموس مولیس 2Ns (2D) لپاره پیژندنه او د DNA مارکر پراختیا د ډیسومیک کروموزوم بدیل | د SLAF-مارکر پراختیا |
| کال | ژورنال | IF | سرلیک | غوښتنلیکونه |
| ۲۰۲۳ | د نباتاتو په ساینس کې سرحدونه | ۶.۷۳۵ | د پیرس پیریفولیا د میوو د پخیدو پرمهال د شکرې د محتوا QTL نقشه کول او ټرانسکرپټوم تحلیل | جینیاتي نقشه |
| ۲۰۲۲ | د نباتاتو د بایو ټیکنالوژۍ ژورنال | ۸.۱۵۴ | د ST1 پیژندنه د سویابین د کورني کولو پرمهال د تخم مورفولوژي او د تیلو مینځپانګې د هچ هایکینګ کولو انتخاب څرګندوي.
| د SNP زنګ وهل |
| ۲۰۲۲ | د نباتاتو په ساینس کې سرحدونه | ۶.۶۲۳ | د وچکالۍ په چاپیریال کې د بې رحمه فینوټایپونو د جینوم پراخه ټولنې نقشه کول.
| GWAS د سوداګرۍ خونه ده. |
