د T2T جینوم اسمبلۍ | الټرا اوږد تسلسل
د خدماتو ځانګړتیاوې
•د ټیلومیر څخه تر ټیلومیر جینوم اسمبلۍ لوړ دقت، لوړ مطابقت، او لوړ بشپړتیا وړاندې کوي.
•په سنټرومریک او خورا تکراري سیمو کې د اسمبلۍ ننګونو باندې بریالي کیږي.
•په پیچلو سیمو لکه سینټرومیرز او ټیلومیرز کې ساختماني توپیرونه تحلیلوي.
•د کروموزوم اصل او کورني کول څېړي، او د جنس ټاکلو کلیدي جینونه پیژني.
د خدماتو ګټې
•مسلکي الټرا اوږد ټیم چې د استخراج څخه تر ترتیب پورې پوښښ کوي، د ډیری ډولونو په اوږدو کې د بریالۍ تجربې سره.
•د لوړ تروپټ او انعطاف منونکي ترتیب ستراتیژیو سره د پیک بایو او نانوپور اوږد لوستلو پلیټ فارمونو ته لاسرسی.
•د جینوم اسمبلۍ او دودیز بایو انفارمیټکس تحلیل کې تجربه لرونکی ټیم، د T2T جینوم پروژو کې ماهر.
•د جینوم په اړه له ۲۰۰ څخه زیاتې بریالۍ پروژې او له ۲۰۰۰ څخه زیات د اغیزو عوامل راټول شوي دي.
•مدغم تجربوي او بایو انفارمیټیک حلونه چې د کاپي حق او پیټینټ لخوا ملاتړ کیږي.
د خدماتو مشخصات
| د جینوم سروې | د جینوم اسمبلۍ | د کروموزوم کچه | تشه ډکول | د جینوم تشریح |
| ۵۰ ایکس ایلومینا نووا سیک PE۱۵۰ | د 30X PacBio CCS HiFi لوستل | ۱۰۰X های-سي | ۴۰-۱۰۰X ONT الټرا اوږد لوستل | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (اختیاري) بشپړ اوږدوالی RNA-seq PacBio 40 Gb یا نانوپور 12 Gb |
د خدماتو اړتیاوې
د سروې، پیک بایو سي سي ایس، های-سي، او ټرانسکرپټوم (د تشریح لپاره) د ترتیب نمونې لپاره، مهرباني وکړئ "د کروموزوم کچهد جینوم اسمبلۍ نمونې اړتیاوې".
د ONT الټرا-لونګ سیکوینسنګ لپاره، د نسج نمونې سپارښتنه کیږي، د لوړ کیفیت معیارونو سره د الټرا-HMW DNA استخراج ملاتړ لپاره.
د نمونې د چمتو کولو تفصيلي لارښوونو او اړتیاو لپاره، مهرباني وکړئ زموږ د پلور ټیم سره اړیکه ونیسئ ترڅو د ډولونو پراساس دودیز حل ترلاسه کړئ.
د خدماتو کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د نمونې تحویلي
د ډي این اې استخراج
د کتابتون جوړول
د ترتیب ترتیب
د معلوماتو تحلیل
د خرڅلاو وروسته خدمتونه
اصلي تحلیلونه عبارت دي له:
۱) د T2T جینوم اسمبلۍ
● T2T جینوم هغه جینوم ته اشاره کوي چې "صفر تشې" لري چې لږترلږه یو کروموزوم په بشپړه توګه له ټیلومیر څخه ټیلومیر ته راټول شوی وي.
● د لوړ دقت CCS لوستلو او ONT الټرا اوږد لوستلو کارول:
* د هایبرډ اسمبلۍ له لارې د کانټیګ v1 جینوم تولید کړئ (v0.25.0).
* د NT ډیټابیس په وړاندې د BLAST لخوا پلاستیډ او ککړ شوي ترتیبونه لرې کړئ.
* پاخه د 3D-DNA سره د Hi-C معلوماتو په کارولو سره د کروموزوم پیمانه اسمبلۍ سره نښلوي.
* د وروستي T2T جینوم ترلاسه کولو لپاره د ONT لوستلو سره د محلي اسمبلۍ له لارې ورک شوي ټیلومیرونه ډک کړئ.
۲) د مجلس ارزونه
● د بسکو ارزونه
د بوسکو v5.2.1 (بینچ مارکینګ یونیورسل سنگل کاپي اورتولوګز) د اورتو ډي بي 10 ډیټابیس پراساس د لوی ارتقايي نسبونو لپاره د سنگل کاپي جین سیټونه جوړوي. راټول شوی جینوم د دې جین سیټ سره د سمون له لارې ارزول کیږي، د مطابقت تناسب او بشپړتیا پراساس.
د "بشپړ بسکو" لوړه برخه د جینوم د اسمبلۍ لوړ بشپړتیا په ګوته کوي.
● نقشه لوستل
د bwa په کارولو سره د راتلونکي نسل ترتیب (د مثال په توګه، ایلومینا) څخه لنډ لوستل د راټول شوي جینوم سره تنظیم کړئ. د Minimap2 په کارولو سره د دریم نسل اوږد لوستل د راټول شوي جینوم سره تنظیم کړئ.
د راټول شوي جینوم بشپړتیا او د ترتیب پوښښ یووالي د نقشې کولو نرخ، د جینوم پوښښ تناسب، او ژور ویش پراساس ارزول کیږي.
● د جینوم QC ارزونه
د مرکوري په کارولو سره د اسمبلۍ ارزونه وکړئ د جینوم اسمبلۍ سره د لوړ دقت ترتیب کولو لوستلو k‑mers پرتله کولو سره ترڅو د توافق کیفیت (QV) ترلاسه کړئ.
د لوړ کیفیت ارزښتونه د راټول شوي جینوم لوړ دقت په ګوته کوي.
● د جینوم LAI ارزونه
LAI (LTR اسمبلۍ شاخص) د جینوم اسمبلۍ بشپړتیا د LTR ریټروټرانسپوزون ترتیبونو او د ټول LTR ترتیبونو تناسب په توګه ارزوي. د کاندید LTR-RT ترتیبونه د LTR_FINDER (v1.0.7) او LTRharvest (v1.5.9) په کارولو سره پیژندل کیږي، بیا د LTR_retriever (v2.8) په کارولو سره فلټر او مدغم کیږي ترڅو د لوړ باور LTR ریټروټرانسپوزونونه ترلاسه کړي او LAI محاسبه کړي.
د LAI پراختیا کونکي خپرونې له مخې، د LAI ارزښتونه په دریو کچو ویشل شوي دي:
مسوده (0 ≤ LAI < 10)، حواله (10 ≤ LAI < 20)، او سرو زرو (LAI ≥ 20).
● د ټیلومیرونو او سینټرومیرونو پیژندنه
د TIDK په کارولو سره په جینوم کې د احتمالي ټیلومیر تکرار واحدونه وپیژنئ. د ټیلومیر ترتیبونه کشف کړئ او د تکرار شکلونو پراساس د FindTelomeres په کارولو سره موقعیتي معلومات ترلاسه کړئ.
د دریم نسل اوږد لوستلو سره د سینټرومیک په کارولو سره احتمالي سینټرومریک تکرارونه وپیژنئ، بیا د سینټرومیر موقعیتونو او ترتیبونو ترلاسه کولو لپاره جینوم ته بیا نقشه کړئ.
۱) د جینوم کروموزوم نقشه
۲)په جینوم کې د ټیلومیر موقعیتونه
| کرېسټ | د کراس اوږدوالی (bp) | اپسټریم_سټارټ (bp) | د جریان پای (bp) | د جریان_اوږدوالی (bp) | ښکته_شروع(bp) | د ښکته جریان_پای (bp) | ښکته_اوږدوالی (bp) |
| د کرسمس ورځ | ۵۵,۳۴۰,۷۶۸ | 53 | ۲۰۳۶ | ۱،۹۸۴ | ۵۵,۳۳۸,۷۹۴ | ۵۵,۳۴۰,۷۶۸ | ۱،۹۷۵ |
| د کرسمس ورځ | ۵۶,۵۸۸,۲۸۹ | 1 | ۲،۷۶۰ | ۲،۷۶۰ | ۵۶,۵۸۴,۱۹۱ | ۵۶,۵۸۸,۲۸۹ | ۴،۰۹۹ |
| د کرسمس 03 | ۴۶,۸۸۶,۷۳۳ | 20 | ۳،۰۰۱ | ۲،۹۸۲ | ۴۶,۸۸۱,۹۹۴ | ۴۶,۸۸۶,۷۳۳ | ۴،۷۴۰ |
| د کرسمس ورځ | ۴۹,۴۰۱,۷۹۸ | 1 | ۲،۱۴۳ | ۲،۱۴۳ | ۴۹,۳۹۹,۱۶۰ | ۴۹,۴۰۱,۷۹۸ | ۲،۶۳۹ |
| د کرسمس پنځمه برخه | ۴۵,۸۵۵,۳۱۷ | 10 | ۳،۰۴۳ | ۳،۰۳۴ | ۴۵,۸۵۲,۸۰۹ | ۴۵,۸۵۵,۳۱۷ | ۲،۵۰۹ |
| د کرسمس ورځ | ۴۵,۲۸۵,۶۲۵ | 1 | ۳،۲۶۸ | ۳،۲۶۸ | ۴۵,۲۸۳,۴۲۷ | ۴۵,۲۸۵,۶۲۵ | ۲،۱۹۹ |
| د کرسمس ورځ | ۴۸,۱۲۲,۷۲۶ | 1 | ۲،۳۱۷ | ۲،۳۱۷ | ۴۸,۱۲۰,۵۱۹ | ۴۸,۱۲۲,۷۲۶ | ۲،۲۰۸ |
Nاوټ:
نوم: د کروموزوم ID
د کروموزوم اوږدوالی (bp): د کروموزوم اوږدوالی
Upstream_Start (bp): د کروموزوم په اړه د telomere د پیل موقعیت
Upstream_End (bp): د کروموزوم په سر د ټیلومیر د پای موقعیت
د جریان پورته_اوږدوالی (bp): د کروموزوم په سر د ټیلومیر اوږدوالی
د ښکته جریان پیل (bp): د ښکته جریان ټیلومیر د کروموزوم په اړه د پیل موقعیت
د ښکته جریان پای (bp): د ښکته جریان ټیلومیر د کروموزوم په اړه د پای موقعیت
د ښکته جریان اوږدوالی (bp): په کروموزوم باندې د ښکته جریان ټیلومیر اوږدوالی
۳)په جینوم کې د سینټرومیر موقعیتونه
| کرېسټ | اوږدوالی (bp) | سینټرومکس_سټارټ(bp) | د سینټرومکس_پای (bp) |
| د کرسمس ورځ | ۵۵,۳۴۰,۷۶۸ | ۱۸,۹۴۳,۲۰۴ | ۲۳,۰۰۵,۵۵۵ |
| د کرسمس ورځ | ۵۶,۵۸۸,۲۸۹ | ۲۸,۱۱۴,۷۲۰ | ۳۰,۶۷۷,۹۱۶ |
| د کرسمس 03 | ۴۶,۸۸۶,۷۳۳ | ۲۴,۴۸۷,۵۵۸ | ۲۴,۹۲۹,۳۲۶ |
| د کرسمس ورځ | ۴۹,۴۰۱,۷۹۸ | ۲۰,۹۷۶,۸۷۵ | ۲۲,۵۶۳,۳۸۸ |
| د کرسمس پنځمه برخه | ۴۵,۸۵۵,۳۱۷ | ۱۸,۵۷۸,۰۹۵ | ۱۹,۷۱۵,۹۲۴ |
| د کرسمس ورځ | ۴۵,۲۸۵,۶۲۵ | ۱۹,۳۹۸,۴۳۶ | ۱۹,۹۵۰,۱۷۳ |
| د کرسمس ورځ | ۴۸,۱۲۲,۷۲۶ | ۲۶,۳۹۰,۷۲۰ | ۲۷,۹۱۳,۲۸۴ |
یادونه:
نوم: د کروموزوم ID
د کروموزوم اوږدوالی (bp): د کروموزوم اوږدوالی
سینټرومیر_سټارټ (bp): د سینټرومیر د کروموزوم په اړه د پیل موقعیت
د سینټرومیر_پای (bp): د کروموزوم په اړه د سینټرومیر پای موقعیت
۴) د اسمبلۍ د پایلو د تشې احصایې
| ډله | ګیپ_نمبر | لین |
| د کرسمس ورځ | 0 | ۵۵,۳۴۰,۷۶۸ |
| د کرسمس ورځ | 0 | ۵۶,۵۸۸,۲۸۹ |
| د کرسمس 03 | 0 | ۴۶,۸۸۶,۷۳۳ |
| د کرسمس ورځ | 0 | ۴۹,۴۰۱,۷۹۸ |
| د کرسمس پنځمه برخه | 0 | ۴۵,۸۵۵,۳۱۷ |
| د کرسمس ورځ | 0 | ۴۵,۲۸۵,۶۲۵ |
| د کرسمس ورځ | 0 | ۴۸,۱۲۲,۷۲۶ |
| ټول (تناسب٪) | 0 | ۳۴۷,۴۸۱,۲۵۶(۱۰۰.۰۰) |
Nاوټ:
ګروپ: کروموزوم ID
د تشو_شمېر: په کروموزوم کې د تشو شمېر
لین (bp): د کروموزوم اوږدوالی
۵) د جینوم LAI ارزونه
| کرېسټ | د کرې اوږدوالی (bp) | روغ | ټول | خام_لای | لای |
| ټول_جینوم | ۳۴۷,۴۸۱,۲۵۶ | ۰.۰۴۶ | ۰.۳۶ | ۱۲.۹۴ | ۱۵.۱۸ |
یادونه: د LAI پراختیا کونکو لخوا د خپرونې له مخې، د LAI ارزښتونه په دریو کټګوریو ویشل شوي دي: مسوده (0 ≤ LAI < 10)، حواله (10 ≤ LAI < 20)، او سره زر (LAI ≥ 20).
د کروموزوم اوږدوالی (bp): د کروموزوم اوږدوالی
روغ: په جینوم کې د سالم LTR-RTs تناسب
ټولټال: په جینوم کې د ټولو LTRs تناسب
raw_LAI = روغ / ټولټال × ۱۰۰
LAI: د LAI سم شوی ارزښت
د BMKGene د نوي جینوم اسمبلۍ خدماتو لخوا د خپرونو د یوې جوړې شوې ټولګې له لارې اسانه شوي پرمختګونه وپلټئ:
T2T Gانوم
لیو، شوچینګ او نور."د ټیلومیر څخه ټیلومیر جینوم اسمبلۍ د څو اومیک معلوماتو سره یوځای د هیکساپلوایډ ډوډۍ غنمو د ارتقا په اړه بصیرت چمتو کوي."د طبیعت جینیات vol. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng et al."د جاپاني وریجو د ژونګهوا ۱۱ ډول بشپړ جینوم اسمبلۍ."د نباتاتو اړیکې ټوک ۶، ۱۰ (۲۰۲۵): ۱۰۱۴۶۳. doi:۱۰.۱۰۱۶/j.xplc.۲۰۲۵.۱۰۱۴۶۳
لو، ژیوان او نور."د کامیلیا پیټردي د ټیلومیر څخه ټیلومیر جینوم راټولولو ته نږدې."علمي معلومات vol. 12,1 1422. 14 اګست 2025, doi: 10.1038/s41597-025-05764-5
دو، های یوان او نور."د فراګاریا آیینومای جینومونو نږدې بشپړې غونډې."د BMC جینومکس vol. 26,1 253. 14 مارچ 2025, doi: 10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai et al."د نیکوتیانا بینټامیانا بشپړ جینوم اسمبلۍ د سینټرومیرز جینیاتي او ایپی جینیاتي منظره څرګندوي."طبیعي نباتات vol. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
د هیپلوټایپ حل شوی T2T جینوم
خان، فلک شیر او نور. "د انګورو د شرابو د کښت کیبرنیټ سوویګنون د هیپلوټایپ حل شوي T2T تشې څخه پاک جینومونه."علمي معلومات, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 فبروري 2026، doi: 10.1038/s41597-026-06910-3
د T2T جینوم + مقایسوي جینوم
هانګ، لن او نور. "د دوو خوږو نارنجو لپاره د ټیلومیر څخه تر ټیلومیر جینومونو جوړول او تحلیل: لونګ هوی هونګ او نیو هال (سیټرس سینینسیس)."ګیګا ساینسټوک ۱۳ (۲۰۲۴): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
لي، ژیاو-جي او نور. "د سره ګازرې TXH4 د ټیلومیر څخه ټیلومیر جینوم تحلیل په ګازرې کې د لایکوپین په راټولیدو کې د DcLCYE او DcLCYB1 رول روښانه کوي."د باغدارۍ څیړنهvol. 12,11 uhaf192. 29 جولای 2025، doi: 10.1093/hr/uhaf192
د T2T جینوم + پینجینم
وانګ، ژیاوجینګ او نور. "د روډوډینډرون ډولونو کې د T2T جینوم، د پان جینوم تحلیل، او د تودوخې فشار غبرګون جینونه."آی میټاvol. 4,2 e70010. 5 مارچ 2025، doi: 10.1002/imt2.70010
