10x Transcriptoma Espacial Visium Genomics
Características
● Resolução: 100 µM
● Diâmetro do ponto: 55 µM
● Número de vagas: 4.992
● Área de captura: 6,5 x 6,5 mm
● Cada spot com código de barras é carregado com primers compostos por 4 seções:
- cauda poli (dT) para iniciação de mRNA e síntese de cDNA
- Identificador Molecular Único (UMI) para corrigir o viés de amplificação
- Código de barras espacial
- Sequência de ligação do primer de sequenciamento de leitura parcial 1
● Coloração H&E de cortes
Vantagens
●Serviço completo: integra todas as etapas baseadas em experiência e habilidade, incluindo crio-secção, coloração, otimização de tecidos, código de barras espacial, preparação de biblioteca, sequenciamento e bioinformática.
● Equipe técnica altamente qualificada: com experiência em mais de 250 tipos de tecidos e mais de 100 espécies, incluindo humanos, camundongos, mamíferos, peixes e plantas.
●Atualização em tempo real de todo o projeto: com controle total do progresso experimental.
●Bioinformática padrão abrangente:o pacote inclui 29 análises e mais de 100 números de alta qualidade.
●Análise e visualização de dados personalizada: disponível para diferentes solicitações de pesquisa.
●Análise conjunta opcional com sequenciamento de mRNA unicelular
Especificações
| Requisitos de amostra | Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Dados recomendados | Controle de qualidade |
| Amostras criogênicas incorporadas em OCT, amostras FFPE (Diâmetro ideal: aprox. 6x6x6 mm3) 3 blocos por amostra | Biblioteca de cDNA Visium 10X | Illumina PE150 | 50 mil leituras PE por ponto (60GB) | RIS>7 |
Para obter mais detalhes sobre orientações de preparação de amostras e fluxo de trabalho de serviço, sinta-se à vontade para falar com umEspecialista BMKGENE
Fluxo de trabalho de serviço
Na fase de preparação da amostra, é realizado um teste inicial de extração de RNA em massa para garantir que um RNA de alta qualidade possa ser obtido.Na fase de otimização tecidual, as seções são coradas e visualizadas e as condições de permeabilização para liberação de mRNA do tecido são otimizadas.O protocolo otimizado é então aplicado durante a construção da biblioteca, seguido de sequenciamento e análise de dados.
O fluxo de trabalho completo do serviço envolve atualizações em tempo real e confirmações do cliente para manter um ciclo de feedback responsivo, garantindo uma execução tranquila do projeto.
Inclui a seguinte análise:
Controle de qualidade de dados:
o Produção de dados e distribuição do índice de qualidade
o Detecção de genes por local
o Cobertura de tecido
Análise da amostra interna:
o Riqueza genética
o Clustering pontual, incluindo análise de dimensão reduzida
o Análise de expressão diferencial entre clusters: identificação de genes marcadores
o Anotação funcional e enriquecimento de genes marcadores
Análise intergrupo
o Recombinação de manchas de ambas as amostras (por exemplo, doentes e controle) e reagrupamento
o Identificação de genes marcadores para cada cluster
o Anotação funcional e enriquecimento de genes marcadores
o Expressão diferencial do mesmo cluster entre grupos
Análise de amostra interna
Agrupamento pontual
Identificação de genes marcadores e distribuição espacial
Análise Intergrupo
Combinação de dados de ambos os grupos e reagrupamento
Genes marcadores de novos clusters
Explore os avanços facilitados pelo serviço de transcriptômica espacial da BMKGene da 10X Visium nestas publicações em destaque:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, um potencial homólogo de Drosophila de GPCRs de adesão de mamíferos, está envolvido em reações antitumorais a células oncogênicas injetadas em moscas', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL permite delineamento de alta resolução de dados transcriptômicos espaçotemporais', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Um atlas espaçotemporal de organogênese no desenvolvimento de flores de orquídea', Nucleic Acids Research, 50(17), pp.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integração de transcriptômica espacial e sequenciamento de RNA de núcleo único revela as estratégias terapêuticas potenciais para leiomioma uterino', International Journal of Biological Sciences, 19(8), pp.doi: 10.7150/IJBS.83510.
