Sequenciamento de Amplicon 16S/18S/ITS-PacBio
Vantagens do serviço
● Leituras longas revelando sequência completa de 16S/18S/ITS
● Chamada de base altamente precisa com sequenciamento do modo PacBio CCS
● Resolução em nível de espécie na anotação OTU/ASV
● O mais recente fluxo de análise QIIME2 com diversas análises em termos de banco de dados, anotação, OTU/ASV.
● Aplicável a diversos estudos de comunidades microbianas
● A BMK possui ampla experiência com mais de 100.000 amostras/ano, abrangendo solo, água, gás, lodo, fezes, intestinos, pele, caldo de fermentação, insetos, plantas, etc.
● BMKCloud facilitou a interpretação de dados contendo 45 ferramentas de análise personalizadas
Especificações de serviço
| SequenciamentoPlataforma | Biblioteca | Dados recomendados | Tempo de resposta |
| Sequela II do PacBio | Campainha SMRT | Tags 5K/10K/20K | 44 dias úteis |
Análises de bioinformática
● Controle de qualidade de dados brutos
● Clusterização/eliminação de ruído de OTU (ASV)
● Anotação OTU
● Diversidade alfa
● Diversidade beta
● Análise intergrupo
● Análise de associação contra fatores experimentais
● Predição genética de função
Requisitos de amostra e entrega
Requisitos de amostra:
ParaExtratos de DNA:
| Tipo de amostra | Quantia | Concentração | Pureza |
| Extratos de DNA | > 1 μg | > 20 ng/μl | DO260/280 = 1,6-2,5 |
Para amostras ambientais:
| Tipo de amostra | Procedimento de amostragem recomendado |
| Solo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;A substância murcha restante precisa ser removida da superfície;Triture pedaços grandes e passe por filtro de 2 mm;Alíquotas de amostras em tubo EP estéril ou tubo ciro para reserva. |
| Fezes | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coletar e alíquotar amostras em tubo EP estéril ou criotubo para reserva. |
| Conteúdo intestinal | As amostras precisam ser processadas sob condições assépticas.Lave o tecido coletado com PBS;Centrifugue o PBS e colete o precipitante em tubos EP. |
| Lodo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coletar e alíquotar amostra de lodo em tubo EP estéril ou criotubo para reserva |
| Corpo d'água | Para amostras com quantidade limitada de micróbios, como água de torneira, água de poço, etc., colete pelo menos 1 L de água e passe por um filtro de 0,22 μm para enriquecer micróbios na membrana.Armazene a membrana em tubo estéril. |
| Pele | Raspe cuidadosamente a superfície da pele com um cotonete estéril ou lâmina cirúrgica e coloque-o em um tubo estéril. |
Entrega de amostra recomendada
Congele as amostras em nitrogênio líquido por 3-4 horas e armazene em nitrogênio líquido ou -80 graus para reserva de longo prazo.É necessário enviar amostras com gelo seco.
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
1. Taxa de anotação de perfil de comunidade microbiana baseado em V3 + V4 (Illumina) versus perfil completo (PacBio).
(Dados de 30 projetos escolhidos aleatoriamente foram aplicados para fins estatísticos)
2. Taxa de anotação de sequenciamento de amplicon completo em nível de espécie em diferentes tipos de amostra
3.Distribuição de espécies
4. Árvore filogenética
Caso BMK
A exposição ao arsénico induz danos na barreira intestinal e consequente activação do eixo intestino-fígado, levando à inflamação e piroptose do fígado em patos
Publicados:Ciência do Meio Ambiente Total,2021
Estratégia de sequenciamento:
Amostras: Controle versus grupo exposto a 8 mg/kg de ATO
Rendimento de dados de sequenciamento: 102.583 sequências CCS brutas no total
Controle: 54.518 ± 747 CCS efetivos
Exposto ao ATO: 45.050 ± 1.675 CCS efetivos
Principais resultados
Diversidade alfa:A exposição ao ATO alterou significativamente a riqueza e diversidade microbiana intestinal nos patos.
Análise de metastats:
Em nível de filo: 2 filos bacterianos detectados apenas em grupos de controle
Em nível de gênero: 6 gêneros foram encontrados significativamente diferentes em abundância relativa
Em nível de espécie: 36 espécies foram identificadas no total, com 6 delas significativamente diferentes em abundância relativa
Referência
Thingholm, LB, et al.“Indivíduos obesos com e sem diabetes tipo 2 apresentam diferentes capacidades funcionais e composições microbianas intestinais.”Hospedeiro celular e micróbio26.2(2019).
