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Transcriptoma de comprimento completo PacBio (sem referência)
A plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) é desenvolvida com anos de experiência em análise de projetos de diversidade microbiana, que contém análise básica padronizada e análise personalizada: a análise básica cobre o conteúdo de análise principal da pesquisa microbiana atual, o conteúdo da análise é rico e abrangente, e os resultados da análise são apresentados na forma de relatórios de projeto;O conteúdo da análise personalizada é diversificado.As amostras podem ser selecionadas e os parâmetros podem ser definidos de forma flexível de acordo com o relatório de análise básico e o objetivo da pesquisa, para realizar requisitos personalizados.Sistema operacional Windows, simples e rápido.
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Transcriptoma de comprimento completo PacBio (sem referência)
Tomando dados de sequenciamento Isoform da Pacific Biosciences (PacBio) como entrada, este aplicativo é capaz de identificar sequências de transcrição completas (sem montagem).Ao mapear sequências de comprimento total contra o genoma de referência, os transcritos podem ser otimizados por genes conhecidos, transcritos, regiões de codificação, etc. Neste caso, pode ser alcançada uma identificação mais precisa de estruturas de mRNA, como splicing alternativo, etc.A análise conjunta com os dados de sequenciamento do transcriptoma NGS permite uma anotação mais abrangente e uma quantificação mais precisa na expressão no nível da transcrição, o que beneficia amplamente a expressão diferencial a jusante e a análise funcional.
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Kits de ferramentas
BMKCloud é uma plataforma de bioinformática líder que fornece uma solução completa para programas genômicos, que é amplamente confiável por pesquisadores em várias áreas, incluindo médica, agrícola, ambiental, etc. A BMKCloud está comprometida em fornecer serviços integrados, confiáveis e eficientes, incluindo plataformas e ferramentas de análise de bioinformática , recursos de computação, banco de dados público, cursos on-line de bioinformática, etc. O BMKCloud possui várias ferramentas de bioinformática frequentemente usadas, incluindo anotação de genes, ferramentas de genética evolutiva, ncRNA, controle de qualidade de dados, montagem, alinhamento, extração de dados, mutações, estatísticas, gerador de figuras, sequência análise, etc
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RNA pequeno
Os RNAs pequenos são um tipo de RNA não codificante curto com comprimento médio de 18-30 nt, incluindo miRNA, siRNA e piRNA.Esses pequenos RNAs foram massivamente relatados como envolvidos em vários processos biológicos, como degradação de mRNA, inibição de tradução, formação de heterocromatina, etc. A análise de sequenciamento de RNAs pequenos tem sido amplamente aplicada em estudos sobre desenvolvimento animal/planta, doença, vírus, etc. RNA pequeno A plataforma de análise de sequenciamento consiste em análise padrão e mineração de dados avançada.Com base nos dados de RNA-seq, a análise padrão pode alcançar a identificação e predição de miRNA, predição de gene alvo de miRNA, anotação e análise de expressão.A análise avançada permite a pesquisa e extração personalizadas de miRNA, geração de diagrama de Venn, miRNA e construção de rede de genes alvo.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS é uma plataforma de análise de resequenciamento de genoma completo, desenvolvida com base em uma rica experiência em tecnologias de biomarcadores.Essa plataforma fácil de usar permite o envio rápido de um fluxo de trabalho de análise integrado simplesmente definindo alguns parâmetros básicos, que se ajustam aos dados de sequenciamento de DNA gerados tanto pela plataforma Illumina quanto pela plataforma de sequenciamento BGI.Esta plataforma é implantada em servidor de computação de alto desempenho, o que possibilita a análise de dados altamente eficiente em tempo muito limitado.A mineração de dados personalizada está disponível com base na análise padrão, incluindo consulta de genes mutantes, design de primers de PCR, etc.
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mRNA (Referência)
O transcriptoma é o elo entre a informação genética genômica e o proteoma da função biológica.A regulação do nível transcricional é o modo de regulação dos organismos mais importante e mais amplamente estudado.O sequenciamento do transcriptoma pode sequenciar o transcriptoma em qualquer ponto no tempo ou sob qualquer condição, com uma resolução precisa para um único nucleotídeo. transcrições específicas da amostra.
Atualmente, a tecnologia de sequenciamento do transcriptoma tem sido amplamente utilizada em agronomia, medicina e outros campos de pesquisa, incluindo regulação do desenvolvimento de animais e plantas, adaptação ambiental, interação imunológica, localização de genes, evolução genética de espécies e detecção de tumores e doenças genéticas.
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Metagenômica (NGS)
Esta plataforma de análise é projetada para análise de dados metagenômicos de espingarda com base em anos de experiência.Consiste em um fluxo de trabalho integrado contendo várias análises metagenômicas comumente necessárias, incluindo processamento de dados, estudos em nível de espécie, estudos em nível de função de gene, binning de metagenoma, etc. Além disso, ferramentas personalizadas de mineração de dados estão disponíveis no fluxo de trabalho de análise padrão, incluindo consulta de genes e espécies , configuração de parâmetros, geração de figuras personalizadas, etc.
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LncRNA
RNAs longos não codificantes (lncRNA) são um tipo de transcritos com comprimento maior que 200 nt, que são incapazes de codificar proteínas.Evidências cumulativas sugerem que a maioria dos lncRNAs são muito provavelmente funcionais.Tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e ferramentas de análise de bioinformática nos capacitam a revelar sequências de lncRNA e informações de posicionamento com mais eficiência e nos levam a descobrir lncRNAs com funções regulatórias cruciais.A BMKCloud orgulha-se de fornecer aos nossos clientes uma plataforma de análise de sequenciamento de lncRNA para obter análises de lncRNA rápidas, confiáveis e flexíveis.
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GWAS
O estudo de associação genômica ampla (GWAS) visa identificar variantes genéticas (genótipo) associadas a características específicas (fenótipo).Os estudos da GWA investigam marcadores genéticos que atravessam todo o genoma de um grande número de indivíduos e predizem associações genótipo-fenótipo por meio de análise estatística em nível populacional.O resequenciamento de todo o genoma pode potencialmente descobrir todas as variantes genéticas.Acoplado com dados fenotípicos, o GWAS pode ser processado para identificar SNPs, QTLs e genes candidatos relacionados ao fenótipo, o que apóia fortemente o melhoramento moderno de animais/plantas.O SLAF é uma estratégia de sequenciamento de genoma simplificada autodesenvolvida, que descobre marcadores distribuídos em todo o genoma, SNP.Esses SNPs, como marcadores genéticos moleculares, podem ser processados para estudos de associação com características específicas.É uma estratégia econômica na identificação de características complexas associadas a variações genéticas.
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Nanopore transcriptômica de comprimento total
Isoformas alternativas complexas e variáveis em organismos são importantes mecanismos genéticos para regular a expressão gênica e a diversidade proteica.A identificação precisa das estruturas de transcrição é a base para o estudo aprofundado dos padrões de regulação da expressão gênica.A plataforma de sequenciamento de nanoporos trouxe com sucesso o estudo transcriptômico para o nível de isoforma.Esta plataforma de análise é projetada para analisar dados de RNA-Seq gerados na plataforma Nanopore com base no genoma de referência, que realiza análises qualitativas e quantitativas tanto em nível de gene quanto em nível de transcritos.
