Sequenciamento de circRNA-Illumina
Características
● depleção de rRNA seguida de preparação direcional da biblioteca, permitindo o sequenciamento de dados específicos da cadeia.
● O fluxo de trabalho de bioinformática permite a previsão do circRNA e a quantificação da expressão
Vantagens do serviço
●Bibliotecas de RNA mais abrangentes:usamos depleção de rRNA em vez de depleção linear de RNA em nossa preparação pré-biblioteca, garantindo que os dados de sequenciamento incluam não apenas circRNA, mas também mRNA e lncRNA, permitindo a análise conjunta desses conjuntos de dados
●Análise opcional de redes competitivas de RNA endógeno (ceRNA): fornecendo insights mais profundos sobre mecanismos regulatórios celulares
●Ampla experiência: com um histórico de processamento de mais de 20.000 amostras na BMK, abrangendo diversos tipos de amostras e projetos lncRNA, nossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto.
●Rigoroso controle de qualidade: implementamos pontos de controle centrais em todas as etapas, desde a preparação de amostras e bibliotecas até sequenciamento e bioinformática.Esse monitoramento meticuloso garante a entrega de resultados consistentemente de alta qualidade.
● Suporte pós-venda: Nosso compromisso vai além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de 3 meses.Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
Requisitos de amostra e entrega
| Biblioteca | Plataforma | Dados recomendados | Controle de qualidade de dados |
| Poli A enriquecido | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Requisitos de amostra:
Nucleotídeos:
| Conc.(ng/μl) | Quantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA mostrada no gel. | Para plantas: RIN≥6,5; Para animais: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevação limitada ou nenhuma elevação da linha de base |
● Plantas:
Raiz, Caule ou Pétala: 450 mg
Folha ou Semente: 300 mg
Fruta: 1,2g
● Animal:
Coração ou Intestino: 450 mg
Vísceras ou Cérebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Ossos, Cabelo ou Pele: 1,5g
● Artrópodes:
Insetos: 9g
Crustáceos: 450 mg
● Sangue total:2 tubos
● Células: 106 células
● Soro e Plasma: 6ml
Entrega de amostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (folha de estanho não é recomendada)
Rotulagem da amostra: Grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Envio:
1. Gelo seco: As amostras precisam ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.
2. Tubos RNAstable: As amostras de RNA podem ser secas em tubo de estabilização de RNA (por exemplo, RNAstable®) e enviadas em temperatura ambiente.
Fluxo de trabalho de serviço
Projeto de experimento
Entrega de amostra
Extração de RNA
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Bioinformática
previsão de circRNA: distribuição cromossômica
CircRNAs expressos diferencialmente – Gráfico do vulcão
CircRNAs expressos diferencialmente – agrupamento hierárquico
Enriquecimento funcional dos genes hospedeiros do circRNA
Explore os avanços da pesquisa facilitados pelos serviços de sequenciamento de circRNA da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 regula a formação de circRNA e silenciamento de genes mediado por microRNA no carcinoma hepatocelular', Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'O transcriptoma responsivo ao X revela o papel do RNA133 circular na resistência a doenças, regulando a expressão de OsARAB no arroz', Phytopathology Research, 5(1), pp.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURAS/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modula o equilíbrio de transcritos circulares e lineares no carcinoma hepatocelular'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Avaliação abrangente de circRNAs na cardiomiopatia cirrótica antes e depois do transplante de fígado', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
