Sequenciamento de mRNA de comprimento total - Nanopore
Características
● Captura de mRNA poli-A seguida de síntese de cDNA e preparação de biblioteca
● Sequenciamento dos transcritos de comprimento total
● Análise bioinformática baseada no alinhamento a um genoma de referência
● A análise bioinformática inclui não apenas a expressão em nível de gene e isoforma, mas também a análise de lncRNA, fusões gênicas, poliadenilação e estrutura gênica.
Vantagens do serviço
●Quantificação da expressão ao nível da isoformaPermitindo uma análise de expressão detalhada e precisa, revelando alterações que podem estar mascaradas ao analisar a expressão gênica completa.
●Demandas de dados reduzidas:Em comparação com o sequenciamento de nova geração (NGS), o sequenciamento Nanopore apresenta requisitos de dados menores, permitindo níveis equivalentes de saturação na quantificação da expressão gênica com um volume de dados menor.
●Maior precisão na quantificação da expressão: tanto ao nível do gene quanto ao nível da isoforma
●Identificação de informações transcriptômicas adicionaisPoliadenilação alternativa, genes de fusão e lcnRNA e seus genes-alvo
●Ampla experiênciaNossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto, tendo concluído mais de 850 projetos de transcriptoma completo com Nanopore e processado mais de 8.000 amostras.
●Suporte pós-vendaNosso compromisso vai além da conclusão do projeto, com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na resolução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
Requisitos e entrega de amostras
| Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Dados recomendados | Controle de qualidade |
| Poli A enriquecido | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Pontuação média de qualidade: Q10 |
Requisitos de amostra:
Nucleotídeos:
| Concentração (ng/μl) | Quantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA observada no gel. | Para plantas: RIN≥7,0; Para animais: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevação basal limitada ou inexistente |
● Plantas:
Raiz, caule ou pétala: 450 mg
Folha ou semente: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animal:
Coração ou Intestino: 300 mg
Vísceras ou cérebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ossos, cabelo ou pele: 1g
● Artrópodes:
Insetos: 6g
Crustáceos: 300 mg
● Sangue total: 1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de amostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (não é recomendado o uso de papel alumínio)
Rotulagem da amostra: Grupo + réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envio:
1. Gelo seco: As amostras precisam ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.
2. Tubos RNAstable: As amostras de RNA podem ser secas em tubos de estabilização de RNA (ex.: RNAstable®) e enviadas à temperatura ambiente.
Fluxo de trabalho do serviço
Nucleotídeos:
Entrega de amostras
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Fluxo de trabalho do serviço
Tecido:
Desenho experimental
Entrega de amostras
Extração de RNA
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
● Processamento de dados brutos
● Identificação de transcrição
● Splicing alternativo
● Quantificação da expressão em nível de gene e em nível de isoforma
● Análise de expressão diferencial
● Anotação e enriquecimento de funções (DEGs e DETs)
Análise de splicing alternativo
Análise de Poliadenilação Alternativa (APA)
previsão de lncRNA
Anotação de novos genes
Agrupamento de DETs
Redes proteína-proteína em genes diferencialmente expressos
Explore os avanços proporcionados pelos serviços de sequenciamento de mRNA de comprimento total Nanopore da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Gong, B. et al. (2023) 'Ativação epigenética e transcricional da cinase secretora FAM20C como um oncogene em glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'O sequenciamento completo do transcriptoma de linfócitos que respondem ao IFN-γ revela uma resposta imune Th1 em linguado (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Análise comparativa dos métodos de sequenciamento de RNA PacBio e ONT para identificação do veneno de Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Análise de nano-seq revela tendência funcional diferente entre exossomos e microvesículas derivadas de hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
