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Genoma Fúngico

A Biomarker Technologies fornece levantamento do genoma, genoma fino e genoma completo do fungo, dependendo do objetivo específico da pesquisa.O sequenciamento, montagem e anotação funcional do genoma podem ser alcançados combinando o sequenciamento de próxima geração + o sequenciamento de terceira geração para obter a montagem do genoma de alto nível.A tecnologia Hi-C também pode ser empregada para facilitar a montagem do genoma no nível cromossômico.

Plataforma:Sequela II do PacBio

Nanopore PromethION P48

Plataforma Illumina NovaSeq

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Detalhes do serviço

Resultados de demonstração

Vantagens do serviço

● Múltiplas estratégias de sequenciamento disponíveis para diferentes objetivos de pesquisa

● Altamente experiente na montagem de genomas de fungos com mais de 10.000 genomas completos de pene montados.

● Equipe profissional de suporte técnico pós-venda atendendo necessidades de pesquisa mais específicas.

Especificações de serviço

Serviço	Estratégia de sequenciamento	Qualidade garantida	Tempo estimado de resposta
Mapa fino de fungos	Illumina 50X+Nanopore 100X	Contig N50≥2 Mb	35 dias úteis
Mapa fino de fungos	PacBio HiFi 30X	Contig N50≥2 Mb	35 dias úteis
Mapa completo da pene fúngica	Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X	Razão de ancoragem cromossômica >90%	45 dias úteis

Análises de bioinformática

● Controle de qualidade de dados brutos

● Montagem do genoma

● Análise de componentes do genoma

● Anotação de função genética

● Análise genômica comparativa

Requisitos de amostra e entrega

Requisitos de amostra:

ParaExtratos de DNA:

Tipo de amostra	Quantia	Concentração	Pureza
Extratos de DNA	> 1,2 μg	> 20 ng/μl	DO260/280 = 1,6-2,5

Para amostras de tecido:

Tipo de amostra

Tratamento de amostra recomendado

Armazenamento e envio de amostras

Fungo Unicelular

Observe a levedura ao microscópio e colete-a em sua fase exponencial

Transferir a cultura (contendo aproximadamente 3-4,5e9 células) para um eppendorf de 1,5 ou 2 ml.(Mantenha no gelo)

Centrifugue o tubo por 1 min a 14.000 g para coletar bactérias e remover cuidadosamente o sobrenadante

Selar o tubo e congelar as bactérias em nitrogênio líquido por pelo menos 1-3 h.Armazene o tubo em geladeira de -80 ℃.

Congele as amostras em nitrogênio líquido por 3-4 horas e armazene em nitrogênio líquido ou -80 graus para reserva de longo prazo.É necessário enviar amostras com gelo seco.

Macrofungo

Recomenda-se tecido em fase de crescimento ativo.

Enxágue o tecido com água livre de endotoxinas e depois com etonal 70%.

Salve a amostra em tubos criogênicos.