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Sequenciamento de Genoma De Novo de Planta/Animal
De novosequenciamento refere-se à construção do genoma completo de uma espécie usando tecnologias de sequenciamento, por exemplo, PacBio, Nanopore, NGS, etc., na ausência de um genoma de referência.A notável melhoria no comprimento de leitura das tecnologias de sequenciamento de terceira geração trouxe novas oportunidades na montagem de genomas complexos, como aqueles com alta heterozigosidade, alta proporção de regiões repetitivas, poliploides, etc. Com comprimento de leitura em dezenas de kilobases, essas leituras de sequenciamento permitem resolução de elementos repetitivos, regiões com conteúdos anormais de GC e outras regiões altamente complexas.
Plataforma： PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
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Montagem de genoma baseada em Hi-C
Hi-C é um método projetado para capturar a configuração cromossômica combinando sondagem de interações baseadas em proximidade e sequenciamento de alto rendimento.Acredita-se que a intensidade dessas interações esteja negativamente correlacionada com a distância física nos cromossomos.Portanto, os dados de Hi-C podem orientar o agrupamento, ordenação e orientação de sequências montadas em um esboço de genoma e ancorando-as em determinado número de cromossomos.Essa tecnologia capacita uma montagem de genoma em nível de cromossomo na ausência de mapa genético baseado em população.Cada genoma precisa de um Hi-C.
Plataforma：Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
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Genética Evolutiva
A genética evolutiva é um serviço de sequenciamento desenvolvido para fornecer uma interpretação abrangente das informações evolutivas de determinados materiais com base em variações genéticas, incluindo SNPs, InDels, SVs e CNVs.Ele fornece todas as análises fundamentais necessárias para descrever mudanças evolutivas e características genéticas de populações, como estrutura populacional, diversidade genética, relações filogenéticas, etc. Ele também contém estudos sobre fluxo gênico, que permite estimar o tamanho efetivo da população, tempo de divergência.
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Genômica Comparativa
A genômica comparativa significa literalmente comparar as sequências e estruturas completas do genoma de diferentes espécies.Esta disciplina visa revelar a evolução das espécies, a função do gene, o mecanismo regulador do gene ao nível do genoma, identificando as estruturas de sequência e os elementos que conservaram ou diferenciaram em diferentes espécies.O estudo genômico comparativo típico inclui análises na família de genes, desenvolvimento evolutivo, duplicação do genoma inteiro, pressão seletiva, etc.
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Análise de segregante em massa
A análise de segregantes em massa (BSA) é uma técnica empregada para identificar rapidamente marcadores genéticos associados ao fenótipo.O fluxo de trabalho principal do BSA contém a seleção de dois grupos de indivíduos com fenótipos extremamente opostos, agrupando o DNA de todos os indivíduos para formar dois volumes de DNA, identificando sequências diferenciais entre dois pools.Esta técnica tem sido amplamente empregada na identificação de marcadores genéticos fortemente associados por genes direcionados em genomas de plantas/animais.
