mRNA-seq (NGS) – De novo

O sequenciamento de mRNA permite a análise de todos os transcritos de mRNA em células sob condições específicas e é uma tecnologia amplamente utilizada em diversas áreas de pesquisa. O pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq foi projetado para analisar bibliotecas de sequenciamento enriquecidas com poli-A quando não há um genoma de referência disponível. O pipeline inicia com o controle de qualidade, seguido porde novoMontagem de transcritos e seleção de conjuntos de unigenes. A análise da estrutura dos unigenes prediz a sequência codificadora (CDS) e repetições de sequência simples (SSR). Posteriormente, a análise de expressão diferencial identifica genes diferencialmente expressos (DEGs) entre as condições testadas, seguida pela anotação funcional e enriquecimento dos DEGs para extrair informações biológicas.