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Produtos

Sequenciamento Metagenômico-Nanoporo

A metagenômica é uma ferramenta molecular usada para analisar os materiais genômicos mistos extraídos de amostras ambientais, que fornece informações detalhadas sobre diversidade e abundância de espécies, estrutura populacional, relação filogenética, genes funcionais e rede de correlação com fatores ambientais, etc. para estudos metagenômicos.Seu excelente desempenho em comprimento de leitura melhorou amplamente a análise metagenômica downstream, especialmente a montagem do metagenoma.Aproveitando as vantagens do comprimento de leitura, o estudo metagenômico baseado em Nanopore é capaz de obter uma montagem mais contínua em comparação com a metagenômica de espingarda.Foi publicado que a metagenômica baseada em nanoporos gerou com sucesso genomas bacterianos completos e fechados a partir de microbiomas (Moss, EL, et. al,Biotecnologia da Natureza, 2020)

Plataforma:Nanopore PromethION P48


Detalhes do serviço

Resultados de demonstração

Caso BMK

Vantagens do serviço

ØPrecisão de aprimoramento de montagem de alta qualidade da identificação de espécies e previsão de genes funcionais

ØIsolamento do genoma bacteriano fechado

ØAplicação mais poderosa e confiável em diversas áreas, por exemplo, detecção de microrganismos patogênicos ou genes relacionados à resistência a antibióticos

ØAnálise comparativa de metagenoma

Especificações de serviço

SequenciamentoPlataforma

Biblioteca

Rendimento de dados recomendado

Tempo estimado de retorno

Illumina Nova Seq 6000

PE250

Etiquetas de 50K/100K/300K

30 dias

Análises de bioinformática

üControle de qualidade de dados brutos

üMontagem do metagenoma

üConjunto de genes não redundante e anotação

üAnálise de diversidade de espécies

üAnálise de diversidade de funções genéticas

üAnálise intergrupo

üAnálise de associação contra fatores experimentais

2

Requisitos de Amostra e Entrega

Requisitos de amostra e entrega

Requisitos de amostra:   

PorExtratos de DNA:

Tipo de amostra

Resultar

Concentração

Pureza

Extratos de DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Para amostras ambientais:

Tipo de amostra

Procedimento de amostragem recomendado

Solo

Quantidade de amostragem: aprox.5g;A substância murcha restante precisa ser removida da superfície;Triture pedaços grandes e passe por filtro de 2 mm;Amostras alíquotas em tubo EP estéril ou cyrotube para reserva.

Fezes

Quantidade de amostragem: aprox.5g;Colete e alíquota de amostras em tubo EP estéril ou criotubo para reserva.

Conteúdo intestinal

As amostras precisam ser processadas em condições assépticas.Lave o tecido coletado com PBS;Centrifugue o PBS e colete o precipitante em tubos EP.

Lodo

Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coleta e alíquota da amostra de lodo em tubo EP estéril ou tubo criogênico para reserva

Corpo d'água

Para amostras com quantidade limitada de micróbios, como água da torneira, água de poço, etc., colete pelo menos 1 L de água e passe por um filtro de 0,22 μm para enriquecer o micróbio na membrana.Armazenar a membrana em tubo estéril.

Pele

Raspe cuidadosamente a superfície da pele com cotonete estéril ou lâmina cirúrgica e coloque-o em tubo estéril.

Entrega de amostra recomendada

Congele as amostras em nitrogênio líquido por 3-4 horas e armazene em nitrogênio líquido ou -80 graus para reserva de longo prazo.É necessário o envio de amostras com gelo seco.

Fluxo de trabalho de serviço

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Entrega de amostra

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Construção de biblioteca

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Sequenciamento

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Análise de dados

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Serviços pós-venda


  • Anterior:
  • Próximo:

  • 1. Mapa de calor: agrupamento de riqueza de espécies32. Genes funcionais anotados nas vias metabólicas de KEGG43. Rede de correlação de espécies54.Circos de genes de resistência a antibióticos CARD
    6

    Caso BMK

    A metagenômica de nanoporos permite o diagnóstico clínico rápido de infecção bacteriana do trato respiratório inferior

    Publicados:Biotecnologia da Natureza, 2019

    Destaques técnicos
    Sequenciamento: Nanopore MinION
    Bioinformática metagenômica clínica: Depleção do DNA do hospedeiro, análise de WIMP e ARMA
    Detecção rápida: 6 horas
    Alta sensibilidade: 96,6%

    Principais resultados

    Em 2006, a infecção respiratória inferior (LR) causou 3 milhões de mortes humanas em todo o mundo.O método típico para detecção do patógeno LR1 é o cultivo, que tem baixa sensibilidade, longo tempo de retorno e falta de orientação na antibioticoterapia precoce.Um diagnóstico microbiano rápido e preciso tem sido uma necessidade urgente há muito tempo.Dr. Justin da Universidade de East Anglia e seus parceiros desenvolveram com sucesso um método metagenômico baseado em Nanopore para detecção de patógenos.De acordo com seu fluxo de trabalho, 99,99% do DNA do hospedeiro pode ser esgotado.A detecção de patógenos e genes resistentes a antibióticos pode ser concluída em 6 horas.

    Referência
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).A metagenômica de nanoporos permite o diagnóstico clínico rápido de infecção bacteriana do trato respiratório inferior.Biotecnologia da Natureza, 37(7), 1.

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