Sequenciamento Metagenômico-Nanopore
Vantagens do serviço
● Montagem de alta qualidade - Precisão aprimorada na identificação de espécies e previsão de genes funcionais
● Isolamento fechado do genoma bacteriano
● Aplicação mais poderosa e confiável em diversas áreas, por exemplo, detecção de microrganismos patogênicos ou genes relacionados à resistência a antibióticos
● Análise comparativa do metagenoma
Especificações de serviço
| Plataforma | Sequenciamento | Dados recomendados | Tempo de resposta |
| Nanoporo | ONT | 6g/10g | 65 dias úteis |
Análises de bioinformática
● Controle de qualidade de dados brutos
● Montagem do metagenoma
● Conjunto de genes e anotação não redundantes
● Análise da diversidade de espécies
● Análise de diversidade de funções genéticas
● Análise intergrupo
● Análise de associação contra fatores experimentais
Requisitos de amostra e entrega
Requisitos de amostra e entrega
Requisitos de amostra:
ParaExtratos de DNA:
| Tipo de amostra | Quantia | Concentração | Pureza |
| Extratos de DNA | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | DO260/280 = 1,6-2,5 |
Para amostras ambientais:
| Tipo de amostra | Procedimento de amostragem recomendado |
| Solo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;A substância murcha restante precisa ser removida da superfície;Triture pedaços grandes e passe por filtro de 2 mm;Alíquotas de amostras em tubo EP estéril ou tubo ciro para reserva. |
| Fezes | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coletar e alíquotar amostras em tubo EP estéril ou criotubo para reserva. |
| Conteúdo intestinal | As amostras precisam ser processadas sob condições assépticas.Lave o tecido coletado com PBS;Centrifugue o PBS e colete o precipitante em tubos EP. |
| Lodo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coletar e alíquotar amostra de lodo em tubo EP estéril ou criotubo para reserva |
| Corpo d'água | Para amostras com quantidade limitada de micróbios, como água de torneira, água de poço, etc., colete pelo menos 1 L de água e passe por um filtro de 0,22 μm para enriquecer micróbios na membrana.Armazene a membrana em tubo estéril. |
| Pele | Raspe cuidadosamente a superfície da pele com um cotonete estéril ou lâmina cirúrgica e coloque-a em um tubo estéril. |
Entrega de amostra recomendada
Congele as amostras em nitrogênio líquido por 3-4 horas e armazene em nitrogênio líquido ou -80 graus para reserva de longo prazo.É necessário enviar amostras com gelo seco.
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
1.Heatmap: Agrupamento de riqueza de espécies
2.Genes funcionais anotados para vias metabólicas KEGG
3. Rede de correlação de espécies
4.Circos de genes de resistência a antibióticos CARD
Caso BMK
A metagenômica Nanopore permite o diagnóstico clínico rápido de infecção bacteriana do trato respiratório inferior
Publicados:Biotecnologia da Natureza, 2019
Destaques técnicos
Sequenciamento: Nanopore MinION
Bioinformática metagenômica clínica: depleção de DNA do hospedeiro, análise WIMP e ARMA
Detecção rápida: 6 horas
Alta sensibilidade: 96,6%
Principais resultados
Em 2006, a infecção respiratória inferior (LR) causou 3 milhões de mortes humanas em todo o mundo.O método típico para detecção do patógeno LR1 é o cultivo, que apresenta baixa sensibilidade, longo tempo de resposta e falta de orientação na terapia antibiótica precoce.Um diagnóstico microbiano rápido e preciso tem sido uma necessidade urgente.Justin, da Universidade de East Anglia, e seus parceiros desenvolveram com sucesso um método metagenômico baseado em Nanopore para detecção de patógenos.De acordo com seu fluxo de trabalho, 99,99% do DNA do hospedeiro pode estar esgotado.A detecção de patógenos e genes resistentes a antibióticos pode ser concluída em 6 horas.
Referência
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).A metagenômica Nanopore permite o diagnóstico clínico rápido de infecção bacteriana do trato respiratório inferior.Biotecnologia da Natureza, 37(7), 1.
