Sequenciamento Metagenômico-Nanoporo
Vantagens do serviço
ØPrecisão de aprimoramento de montagem de alta qualidade da identificação de espécies e previsão de genes funcionais
ØIsolamento do genoma bacteriano fechado
ØAplicação mais poderosa e confiável em diversas áreas, por exemplo, detecção de microrganismos patogênicos ou genes relacionados à resistência a antibióticos
ØAnálise comparativa de metagenoma
Especificações de serviço
| SequenciamentoPlataforma | Biblioteca | Rendimento de dados recomendado | Tempo estimado de retorno |
| Illumina Nova Seq 6000 | PE250 | Etiquetas de 50K/100K/300K | 30 dias |
Análises de bioinformática
üControle de qualidade de dados brutos
üMontagem do metagenoma
üConjunto de genes não redundante e anotação
üAnálise de diversidade de espécies
üAnálise de diversidade de funções genéticas
üAnálise intergrupo
üAnálise de associação contra fatores experimentais
Requisitos de Amostra e Entrega
Requisitos de amostra e entrega
Requisitos de amostra:
PorExtratos de DNA:
| Tipo de amostra | Resultar | Concentração | Pureza |
| Extratos de DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Para amostras ambientais:
| Tipo de amostra | Procedimento de amostragem recomendado |
| Solo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;A substância murcha restante precisa ser removida da superfície;Triture pedaços grandes e passe por filtro de 2 mm;Amostras alíquotas em tubo EP estéril ou cyrotube para reserva. |
| Fezes | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Colete e alíquota de amostras em tubo EP estéril ou criotubo para reserva. |
| Conteúdo intestinal | As amostras precisam ser processadas em condições assépticas.Lave o tecido coletado com PBS;Centrifugue o PBS e colete o precipitante em tubos EP. |
| Lodo | Quantidade de amostragem: aprox.5g;Coleta e alíquota da amostra de lodo em tubo EP estéril ou tubo criogênico para reserva |
| Corpo d'água | Para amostras com quantidade limitada de micróbios, como água da torneira, água de poço, etc., colete pelo menos 1 L de água e passe por um filtro de 0,22 μm para enriquecer o micróbio na membrana.Armazenar a membrana em tubo estéril. |
| Pele | Raspe cuidadosamente a superfície da pele com cotonete estéril ou lâmina cirúrgica e coloque-o em tubo estéril. |
Entrega de amostra recomendada
Congele as amostras em nitrogênio líquido por 3-4 horas e armazene em nitrogênio líquido ou -80 graus para reserva de longo prazo.É necessário o envio de amostras com gelo seco.
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
1. Mapa de calor: agrupamento de riqueza de espécies
2. Genes funcionais anotados nas vias metabólicas de KEGG
3. Rede de correlação de espécies
4.Circos de genes de resistência a antibióticos CARD
Caso BMK
A metagenômica de nanoporos permite o diagnóstico clínico rápido de infecção bacteriana do trato respiratório inferior
Publicados:Biotecnologia da Natureza, 2019
Destaques técnicos
Sequenciamento: Nanopore MinION
Bioinformática metagenômica clínica: Depleção do DNA do hospedeiro, análise de WIMP e ARMA
Detecção rápida: 6 horas
Alta sensibilidade: 96,6%
Principais resultados
Em 2006, a infecção respiratória inferior (LR) causou 3 milhões de mortes humanas em todo o mundo.O método típico para detecção do patógeno LR1 é o cultivo, que tem baixa sensibilidade, longo tempo de retorno e falta de orientação na antibioticoterapia precoce.Um diagnóstico microbiano rápido e preciso tem sido uma necessidade urgente há muito tempo.Dr. Justin da Universidade de East Anglia e seus parceiros desenvolveram com sucesso um método metagenômico baseado em Nanopore para detecção de patógenos.De acordo com seu fluxo de trabalho, 99,99% do DNA do hospedeiro pode ser esgotado.A detecção de patógenos e genes resistentes a antibióticos pode ser concluída em 6 horas.
Referência
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).A metagenômica de nanoporos permite o diagnóstico clínico rápido de infecção bacteriana do trato respiratório inferior.Biotecnologia da Natureza, 37(7), 1.
