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EVOLUÇÃO DO GENOMA

Genoma De novo
Montagem|Determinação do sexo Todo o trabalho de sequenciamento e serviços parciais de bioinformática foram fornecidos pela Biomarker Techonologies.

Abstrato

O fenótipo icônico dos dragões marinhos inclui apêndices em forma de folha, uma boca tubular desdentada e gravidez masculina envolvendo incubação de ovos fertilizados em uma “mancha de criação” aberta.Nós sequenciamos de novo os genomas masculino e feminino do dragão marinho comum (Phyllopteryx taeniolatus) e suas espécies intimamente relacionadas, o peixe-jacaré (Syngnathoides biaculeatus).Perfis de transcrição de uma novidade evolutiva, os apêndices semelhantes a folhas, mostram que um conjunto de genes tipicamente envolvidos no desenvolvimento de barbatanas foi cooptado, bem como um enriquecimento de transcrições para potencial reparo de tecidos e genes de defesa imunológica.Descobriu-se que os mutantes do peixe-zebra para scpp5, que são perdidos em todos os singnatídeos, não possuem ou apresentam dentes faríngeos deformados, apoiando a hipótese de que a perda de scpp5 contribuiu para a perda de dentes nos singnatídeos.Um suposto locus determinante do sexo que codifica um gene amhr2y específico do macho, compartilhado pelo dragão-marinho comum e pelo peixe-jacaré, foi identificado. 

Materiais e métodos:

Materiais

Fnosso dragão marinho comum (P. taeniolatus) e dois peixes-jacaré (S. biaculeatus) espécimes.Dois indivíduos de dragão marinho comum (um macho e uma fêmea) e dois peixes-jacaré (um macho e uma fêmea) foram usados ​​para sequenciamento do genoma completo, e dois outros indivíduos machos de dragão marinho comum foram usados ​​para ressequenciamento do genoma.

Estratégia de sequenciamento do genoma

2Biblioteca de 70/350 pb (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ou Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).sequenciamento, e dois outros indivíduos machos de dragão marinho comum foram usados ​​para ressequenciamento do genoma.

Sequenciamento do transcriptoma

Fou dragão marinho comum, cérebro, olho, brânquia, fígado, coração, rim, mesentério, intestino, músculo, barbatana, pele, apêndices semelhantes a folhas, testículos e ovário foram coletados.

Estratégia de montagem do genoma de novo

Canu (Correção) + WTDBG2 (Montagem) + Pilon (Polonês) + Lachesis (Hi-C).

Resultados principais

Fig.-1.-Principais características-do-dragão-marinho-comum-P.-taeniolatus-e-do-jacaré-pipefish-S

1. Principais características do dragão-marinho comum (P. taeniolatus) e do peixe-jacaré (S. biaculeatus) e suas posições filogenéticas.

Fig.-2.-Morfologia-e-composição-genética-dos-apêndices-semelhantes-folhas-no-dragão-marinho-comum-P

Figura 2. Morfologia e composição genética dos apêndices em forma de folha no dragão marinho comum (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Gene-putativo-determinação-do-sexo-no-dragão-marinho-comum-P.-taeniolatus-e-o-jacaré-pipefish-S.-biaculeatus

3. Suposto gene de determinação do sexo no dragão-marinho comum (P. taeniolatus) e no peixe-jacaré (S. biaculeatus).

Figura-4

4. Fenótipos de dentes faríngeos em mutantes homozigotos scpp5 de peixe-zebra.


Horário da postagem: 08 de janeiro de 2022

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