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Sequenciamento de imunoprecipitação de cromatina (ChIP-seq)
ChIP-Seq fornece perfil genômico de alvos de DNA para modificação de histonas, fatores de transcrição e outras proteínas associadas ao DNA.Ele combina a seletividade da imunoprecipitação da cromatina (ChIP) para recuperar complexos específicos de proteína-DNA, com o poder do sequenciamento de próxima geração (NGS) para sequenciamento de alto rendimento do DNA recuperado.Além disso, como os complexos proteína-DNA são recuperados de células vivas, os locais de ligação podem ser comparados em diferentes tipos de células e tecidos, ou sob diferentes condições.As aplicações variam desde a regulação transcricional até vias de desenvolvimento, mecanismos de doenças e muito mais.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Sequenciamento Metagenômico -NGS
Metagenoma refere-se a uma coleção de material genético total de uma comunidade mista de organismos, como metagenoma ambiental, metagenoma humano, etc. Ele contém genomas de microrganismos cultiváveis e não cultiváveis.O sequenciamento metagenômico é uma ferramenta molecular utilizada para analisar materiais genômicos mistos extraídos de amostras ambientais, que fornece informações detalhadas sobre diversidade e abundância de espécies, estrutura populacional, relação filogenética, genes funcionais e rede de correlação com fatores ambientais.
Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq
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Sequenciamento Metagenômico-Nanopore
Metagenômica é uma ferramenta molecular usada para analisar materiais genômicos mistos extraídos de amostras ambientais, que fornece informações detalhadas sobre diversidade e abundância de espécies, estrutura populacional, relação filogenética, genes funcionais e rede de correlação com fatores ambientais, etc. para estudos metagenômicos.Seu excelente desempenho no comprimento de leitura melhorou amplamente a análise metagenômica downstream, especialmente a montagem do metagenoma.Aproveitando as vantagens do comprimento de leitura, o estudo metagenômico baseado em Nanopore é capaz de obter uma montagem mais contínua em comparação com a metagenômica shotgun.Foi publicado que a metagenômica baseada em Nanopore gerou com sucesso genomas bacterianos completos e fechados a partir de microbiomas (Moss, EL, et. al,Biotecnologia da Natureza, 2020)
Plataforma:Nanopore PromethION P48
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Sequenciamento de bissulfito do genoma completo
A metilação do DNA na quinta posição da citosina (5-mC) tem influência fundamental na expressão gênica e na atividade celular.Padrões anormais de metilação têm sido associados a diversas condições e doenças, como o câncer.WGBS tornou-se o padrão ouro para estudar a metilação de todo o genoma em resolução de base única.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Ensaio para cromatina acessível por transposase com sequenciamento de alto rendimento (ATAC-seq)
ATAC-seq é um método de sequenciamento de alto rendimento para análise da acessibilidade da cromatina em todo o genoma, que é importante para o controle epigenético global da expressão gênica.Adaptadores de sequenciamento são inseridos em regiões abertas da cromatina pela transposase Tn5 hiperativa.Após a amplificação por PCR, uma biblioteca de sequenciamento é construída.Todas as regiões abertas da cromatina podem ser obtidas sob uma condição espaço-temporal específica, não apenas limitada aos sítios de ligação de um fator de transcrição, ou a uma determinada região modificada por histonas.
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Sequenciamento de Amplicon 16S/18S/ITS-PacBio
A subunidade no rRNA 16S e 18S contendo regiões altamente conservadas e hipervariáveis é uma impressão digital molecular perfeita para identificação de organismos procarióticos e eucarióticos.Aproveitando o sequenciamento, esses amplicons podem ser direcionados com base nas partes conservadas e as regiões hipervariáveis podem ser totalmente caracterizadas para identificação microbiana, contribuindo para estudos que abrangem análise de diversidade microbiana, taxonomia, filogenia, etc. ) o sequenciamento da plataforma PacBio permite a obtenção de leituras longas altamente precisas, que podem abranger amplicons completos (aproximadamente 1,5 Kb).A visão ampliada do campo genético melhorou muito a resolução na anotação de espécies na comunidade de bactérias ou fungos.
Plataforma:Sequela II do PacBio
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Sequenciamento de Amplicon 16S/18S/ITS-NGS
O sequenciamento do amplicon 16S/18S/ITS visa revelar a filogenia, a taxonomia e a abundância de espécies em uma comunidade microbiana, investigando produtos de PCR de marcadores genéticos domésticos que contêm partes altamente conversadas e hipervariáveis.A introdução dessas impressões digitais moleculares perfeitas por Woeses et al, (1977) permite o perfil do microbioma livre de isolamento.O sequenciamento de 16S (bactérias), 18S (fungos) e espaçador transcrito interno (ITS, fungos) permite a identificação tanto de espécies abundantes quanto de espécies raras e não identificadas.Esta tecnologia tem se tornado uma ferramenta amplamente aplicada e importante na identificação da composição microbiana diferencial em vários ambientes, como boca humana, intestinos, fezes, etc.
Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq
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Re-sequenciação completa do genoma bacteriano e fúngico
O re-sequenciamento completo do genoma bacteriano e fúngico é uma ferramenta crítica para completar os genomas de bactérias e fungos conhecidos, bem como para comparar vários genomas ou para mapear genomas de novos organismos.É de grande importância sequenciar genomas inteiros de bactérias e fungos para gerar genomas de referência precisos, para fazer identificação microbiana e outros estudos comparativos de genoma.
Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq
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Sequenciamento de Amplicon 16S/18S/ITS PacBio de comprimento total
A plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) é desenvolvida com anos de experiência em análise de projetos de diversidade microbiana, que contém análise básica padronizada e análise personalizada: a análise básica cobre o conteúdo de análise principal da pesquisa microbiana atual, o conteúdo da análise é rico e abrangente, e os resultados das análises são apresentados na forma de relatórios de projeto;O conteúdo da análise personalizada é diversificado.As amostras podem ser selecionadas e os parâmetros podem ser definidos de forma flexível de acordo com o relatório de análise básica e a finalidade da pesquisa, para atender aos requisitos personalizados.Sistema operacional Windows, simples e rápido.
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Transcriptoma completo do PacBio (não referência)
Tomando como entrada dados de sequenciamento de isoformas da Pacific Biosciences (PacBio), este aplicativo é capaz de identificar sequências transcritas completas (sem montagem).Ao mapear sequências completas em relação ao genoma de referência, os transcritos podem ser otimizados por genes conhecidos, transcritos, regiões codificantes, etc. Neste caso, pode ser alcançada uma identificação mais precisa de estruturas de mRNA, como splicing alternativo, etc.A análise conjunta com dados de sequenciamento do transcriptoma NGS permite uma anotação mais abrangente e uma quantificação mais precisa na expressão no nível do transcrito, o que beneficia amplamente a expressão diferencial a jusante e a análise funcional.
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Sequenciamento de Bissulfito de Representação Reduzida (RRBS)
A pesquisa de metilação do DNA sempre foi um tema quente na pesquisa de doenças e está intimamente relacionada à expressão genética e às características fenotípicas.RRBS é um método preciso, eficiente e econômico para pesquisa de metilação de DNA.O enriquecimento das regiões promotoras e das ilhas CpG por clivagem enzimática (Msp I), combinado com sequenciamento de bissulfito, fornece detecção de metilação de DNA de alta resolução.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Sequenciamento de mRNA procariótico
O sequenciamento de mRNA permite o perfil abrangente de todas as transcrições de mRNA dentro das células sob condições específicas.Esta tecnologia de ponta serve como uma ferramenta potente, revelando intrincados perfis de expressão genética, estruturas genéticas e mecanismos moleculares associados a diversos processos biológicos.Amplamente adotado em pesquisas fundamentais, diagnósticos clínicos e desenvolvimento de medicamentos, o sequenciamento de mRNA oferece insights sobre as complexidades da dinâmica celular e da regulação genética.Nosso processamento de amostras de mRNA procariótico é adaptado para transcriptomas procarióticos, envolvendo depleção de rRNA e preparação de biblioteca direcional.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
