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Sequenciamento de RNA procariótico

O sequenciamento de RNA procariótico usa sequenciamento de próxima geração (NGS) para revelar a presença e a quantidade de RNA em um determinado momento, analisando a mudança no transcriptoma celular.O sequenciamento de RNA procariótico de nossa empresa visa especificamente procariontes com genomas de referência, fornecendo perfil de transcriptoma, análise de estrutura genética, etc. Ele tem sido amplamente aplicado à pesquisa científica básica, pesquisa e desenvolvimento de medicamentos e muito mais.

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq

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Detalhes do serviço

Especificações de serviço

Plataforma: plataforma Illumina NovaSeq, PE150

Tipo de biblioteca: biblioteca de cDNA de inserção de 350 pb (depende da distribuição de pico)

Estratégia de sequenciamento: Paired-End 150 pb

Quantidade de dados recomendada: 2 Gb de dados brutos/amostra

Bioinformática

(1) Controle de qualidade de dados de sequenciamento: distribuição de nucleotídeos, distribuição de qualidade de base, avaliação da proporção de rRNA;

(2) Análise de alinhamento de sequência: Estatísticas de resultados de alinhamento, Saturação de sequenciamento, Cobertura de sequenciamento;

(3) Anotação do genoma de referência (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Análise de expressão: Distribuição de expressão (com duas ou mais amostras), Análise de expressão entre amostras (análise de Venn, análise de correlação, análise PCA);

(5) Análise de expressão diferencial (com duas ou mais amostras);

(6) Análise de conjunto de genes: análise de Venn, análise de cluster, análise de anotação de função (COG, GO, KEGG), análise de enriquecimento de função (GO, KEGG), gráfico cordal de enriquecimento de função, análise Ipath;

(7) análise de sRNA: previsão de sRNA, anotação de sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), previsão de estrutura secundária de sRNA, previsão do gene alvo de sRNA;

(8) Análise da estrutura da transcrição: análise de operon, previsão de locais de início e fim da transcrição, anotação e análise UTR, previsão da sequência do promotor, análise SNP/InDel (anotação SNP/InDel, distribuição regional SNP/InDel, estatísticas SNP).