Sequenciamento de Fragmentos Amplificados de Locus Específico (SLAF-Seq)
Fluxo de trabalho
O serviço possui um pré-projeto in silico para garantir a seleção ideal de enzimas na preparação da biblioteca.
Esquema técnico
Funcionalidades do serviço
● Sequenciamento em NovaSeq com PE150.
● Preparação de biblioteca com código de barras duplo, permitindo o agrupamento de mais de 1000 amostras.
● Independente do genoma de referência:
Com genoma de referência: Descoberta de SNPs e InDels
Sem genoma de referência: agrupamento de amostras e descoberta de SNPs
● Noin silicoNa fase de pré-projeto, várias combinações de enzimas de restrição são testadas para encontrar aquelas que geram uma distribuição uniforme de marcadores SLAF ao longo do genoma.
● Durante o pré-experimento, três combinações de enzimas são testadas em 3 amostras para gerar 9 bibliotecas SLAF, e essa informação é usada para escolher a combinação ideal de enzimas de restrição para o projeto.
Vantagens do serviço
●Descoberta de Marcadores Genéticos de Alta QualidadeIntegramos um sistema de código de barras duplo de alto rendimento que permite o sequenciamento simultâneo de grandes populações, e a amplificação específica de locus aumenta a eficiência, garantindo que os números de identificação atendam aos diversos requisitos de várias questões de pesquisa.
● Baixa dependência do genomaPode ser aplicado a espécies com ou sem genoma de referência.
●Projeto de esquema flexívelA digestão com uma única enzima, com duas enzimas, com múltiplas enzimas e com vários tipos de enzimas pode ser selecionada para atender a diferentes objetivos de pesquisa ou espécies.
● Alta eficiência na digestão enzimáticaA condução de umin silicoO pré-projeto e o pré-experimento garantem um projeto ideal com distribuição uniforme de marcadores SLAF no cromossomo (1 marcador SLAF/4Kb) e sequência repetitiva reduzida (<5%).
●Ampla experiênciaTrazemos uma vasta experiência para cada projeto, com um histórico de conclusão de mais de 5.000 projetos SLAF-Seq em centenas de espécies, incluindo plantas, mamíferos, aves, insetos e organismos aquáticos.
● Fluxo de trabalho bioinformático desenvolvido internamenteDesenvolvemos um fluxo de trabalho bioinformático integrado para SLAF-Seq a fim de garantir a confiabilidade e a precisão do resultado final.
Especificações de serviço
| Tipo de análise | Escala populacional recomendada | Estratégia de sequenciamento | |
| Profundidade do sequenciamento de tags | Número da etiqueta | ||
| Mapas Genéticos | 2 pais e mais de 150 filhos | Pais: 20x WGS Descendentes: 10x | Tamanho do genoma: <400 Mb: Recomenda-se o uso de WGS. <1Gb: 100 mil tags 1-2Gb:: 200 mil tags >2Gb: 300 mil tags Máximo de 500 mil tags |
| Estudos de Associação Genômica Ampla (GWAS) | ≥200 amostras | 10x | |
| Evolução Genética | ≥30 amostras, com >10 amostras de cada subgrupo | 10x | |
Requisitos de serviço
Concentração ≥ 5 ng/µL
Quantidade total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Gel de agarose: nenhuma ou mínima degradação ou contaminação
Entrega de amostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml
(Para a maioria das amostras, recomendamos não conservar em etanol)
Identificação das amostras: As amostras devem ser claramente identificadas e idênticas às informações fornecidas no formulário de envio.
Envio: Gelo seco: As amostras devem ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.
Fluxo de trabalho do serviço
Controle de qualidade da amostra
Experimento piloto
Experimento SLAF
Preparação da Biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Nossa análise bioinformática compreende:
Controle de qualidade e corte de dados para remover sequências ricas em N, sequências adaptadoras ou sequências de baixa qualidade.
Um segundo controle de qualidade das sequências limpas serve para verificar a distribuição das bases, a qualidade da sequência e uma avaliação dos dados, bem como para verificar a eficiência da digestão e os insertos obtidos.
Após a verificação das leituras, existem duas opções:
- Mapeamento para o genoma de referência
- Sem um genoma de referência: agrupamento
Em seguida, a análise das tags SLAF é usada para realizar a identificação de variantes, auxiliando na descoberta de marcadores: identificação e anotação de SNPs, InDels, SNVs e variantes cromossômicas.
Distribuição das etiquetas SLAF nos cromossomos:
Distribuição de SNPs nos cromossomos:
Anotação de SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X e Shi C (2023) Mapeamento de QTL e análise do transcriptoma do teor de açúcar durante o amadurecimento de frutos dePyrus pyrifolia.Frente. Ciências Vegetais.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). A identificação de st1 revela uma seleção envolvendo carona na morfologia da semente e no teor de óleo durante a domesticação da soja.Revista de Biotecnologia Vegetal, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.e outros.Sequência do genoma e diversidade genética da carpa comum.Carpa-de-Cyprinus.Genética Natural 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.e outros.O genoma do amendoim cultivado fornece informações sobre cariótipos de leguminosas, evolução da poliploidia e domesticação de culturas.Genética Natural 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Ano | Jornal | IF | Título | Aplicações |
| 2022 | Comunicações da natureza | 17,694 | Base genômica dos gigacromossomos e do gigagenoma da peônia arbórea Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novo Fitologista | 7,433 | Os vestígios da domesticação ancoram regiões genômicas de importância agronômica em soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Revista de Pesquisa Avançada | 12.822 | Introgressões artificiais em todo o genoma de Gossypium barbadense em G. hirsutum Revelam locais superiores para a melhoria simultânea da qualidade e do rendimento da fibra de algodão. características | SLAF - Genética Evolutiva |
| 2019 | Planta Molecular | 10,81 | Análises genômicas populacionais e montagem de novo revelam a origem de Weedy. O arroz como um jogo evolutivo | SLAF - Genética Evolutiva |
| 2019 | Genética da Natureza | 31,616 | Sequência do genoma e diversidade genética da carpa comum, Cyprinus carpio | Mapa de ligação SLAF |
| 2014 | Genética da Natureza | 25.455 | O genoma do amendoim cultivado fornece informações sobre cariótipos de leguminosas e poliploidia. evolução e domesticação de culturas. | Mapa de ligação SLAF |
| 2022 | Revista de Biotecnologia Vegetal | 9,803 | A identificação de ST1 revela uma seleção que envolve o transporte abusivo da morfologia das sementes. e teor de óleo durante a domesticação da soja | Desenvolvimento do marcador SLAF |
| 2022 | Revista Internacional de Ciências Moleculares | 6.208 | Identificação e desenvolvimento de marcadores de DNA para um Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substituição cromossômica dissômica | Desenvolvimento do marcador SLAF |
| Ano | Jornal | IF | Título | Aplicações |
| 2023 | Fronteiras na ciência vegetal | 6,735 | Mapeamento de QTL e análise do transcriptoma do teor de açúcar durante o amadurecimento dos frutos de Pyrus pyrifolia | Mapa Genético |
| 2022 | Revista de Biotecnologia Vegetal | 8.154 | A identificação de ST1 revela uma seleção que envolve o transporte acidental de características da morfologia da semente e do teor de óleo durante a domesticação da soja.
| Chamada SNP |
| 2022 | Fronteiras na ciência vegetal | 6,623 | Mapeamento de associação genômica ampla de fenótipos de cevada sem casca em ambiente de seca.
| GWAS |
