10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Caracteristici
● Rezoluție: 100 µM
● Diametrul punctului: 55 µM
● Număr de spoturi: 4992
● Zona de captare: 6,5 x 6,5 mm
● Fiecare punct cu cod de bare este încărcat cu grunduri compuse din 4 secțiuni:
- coadă poli(dT) pentru amorsarea ARNm și sinteza ADNc
- Identificator molecular unic (UMI) pentru a corecta biasul de amplificare
- Cod de bare spațial
- Secvența de legare a primerului de secvențiere citit parțial 1
● Colorarea H&E a secțiunilor
Avantaje
●Serviciu unic: integrează toți pașii bazați pe experiență și abilități, inclusiv crio-secționarea, colorarea, optimizarea țesuturilor, codurile de bare spațiale, pregătirea bibliotecii, secvențierea și bioinformatica .
● Echipa tehnica foarte calificata: cu experiență în peste 250 de tipuri de țesuturi și peste 100 de specii, inclusiv oameni, șoarece, mamifere, pești și plante.
●Actualizare în timp real asupra întregului proiect: cu control deplin al progresului experimental.
●Bioinformatică standard cuprinzătoare:Pachetul include 29 de analize și peste 100 de cifre de înaltă calitate.
●Analiza și vizualizarea datelor personalizate: disponibil pentru diferite cereri de cercetare.
●Analiză comună opțională cu secvențierea ARNm cu o singură celulă
Specificații
| Cerințe pentru mostre | Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Control de calitate |
| Eșantioane crio încorporate în OCT, probe FFPE (Diametru optim: aprox. 6x6x6 mm3) 3 blocuri per probă | Bibliotecă de ADNc Visium 10X | Illumina PE150 | 50K PE citiri pe spot (60 Gb) | RIN>7 |
Pentru mai multe detalii despre instrucțiunile de pregătire a mostrelor și fluxul de lucru pentru service, nu ezitați să discutați cu aexpert BMKGENE
Fluxul de lucru al serviciului
În faza de pregătire a probei, se efectuează o încercare inițială de extracție a ARN-ului în vrac pentru a se asigura că poate fi obținut un ARN de înaltă calitate.În etapa de optimizare a țesuturilor, secțiunile sunt colorate și vizualizate și sunt optimizate condițiile de permeabilizare pentru eliberarea ARNm din țesut.Protocolul optimizat este apoi aplicat în timpul construcției bibliotecii, urmat de secvențiere și analiza datelor.
Fluxul de lucru complet al serviciului implică actualizări în timp real și confirmări ale clienților pentru a menține o buclă de feedback receptivă, asigurând o execuție fără probleme a proiectului.
Include următoarea analiză:
Controlul calității datelor:
o Ieșirea datelor și distribuția scorului de calitate
o Detectarea genelor per spot
o Acoperire tisulară
Analiza eșantionului intern:
o Bogăție genetică
o Gruparea spot, inclusiv analiza cu dimensiuni reduse
o Analiza expresiei diferențiale între clustere: identificarea genelor marker
o Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
Analiza inter-grup
o Recombinarea petelor din ambele probe (de exemplu, bolnave și martor) și regrupare
o Identificarea genelor marker pentru fiecare cluster
o Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
o Exprimarea diferențială a aceluiași cluster între grupuri
Analiza eșantionului intern
Agrupare spot
Identificarea genelor marker și distribuția spațială
Analiza intergrup
Combinație de date din ambele grupuri și re-cluster
Genele marker ale noilor clustere
Explorați progresele facilitate de serviciul de transcriptomică spațială al BMKGene de către 10X Visium În aceste publicații prezentate:
Chen, D. şi colab.(2023) „mthl1, un potențial omolog de Drosophila al GPCR-urilor de adeziune a mamiferelor, este implicat în reacțiile antitumorale la celulele oncogene injectate la muște”, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. şi colab.(2023) „STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data”, Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. şi colab.(2022) „Atlas spatiotemporal of organogenesis in the development of orhid flowers”, Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. şi colab.(2023) „Integrarea transcriptomică spațială și secvențierea ARN cu un singur nucleu relevă potențialele strategii terapeutice pentru leiomiom uterin”, Jurnalul Internațional de Științe Biologice, 19 (8), pp. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
