Secvențierea ampliconilor 16S/18S/ITS - NGS
Caracteristici ale serviciului
● Platformă de secvențiere: Illumina NovaSeq.
● Amplificarea regiunilor scurte de 16S, 18S și ITS, printre alte ținte de amplificare.
● Opțiuni flexibile de ampliconi.
● Experiență anterioară în proiecte cu ținte multiple de amplificare.
Avantajele serviciilor
●Fără izolare:Identificarea rapidă a compoziției microbiene în probele de mediu.
●Rezoluție înaltăÎn componente cu abundență scăzută în probele de mediu.
●Aplicabil pe scară largăStudii asupra diverselor comunități microbiene.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoareCel mai recent pachet QIIME2 (informații cantitative despre ecologia microbiană) cu analize diverse în ceea ce privește baza de date, adnotarea, OTU/ASV.
●Expertiză extinsăCu 150 de mii de proiecte de secvențiere a ampliconilor desfășurate anual, BMKGENE aduce peste un deceniu de experiență, o echipă de analiză extrem de calificată, conținut cuprinzător și un excelent suport post-vânzare.
Specificații de service
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate |
| Amplicon | Illumina PE250 | Etichete 50/100/300K (perechi de citire) |
Cerințe de serviciu
| Concentrație (ng/µL) | Cantitate totală (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Sol/nămol: 1-2 g
● Conținut intestinal - animal: 0,5-2 g
● Conținut intestinal - insecte: 0,1-0,25 g
● Suprafața plantei (sediment îmbogățit): 0,1-0,5 g
● Sediment îmbogățit cu bulion de fermentație): 0,1-0,5 g
● Fecale (animale mari): 0,5-2 g
● Fecale (șoarece): 3-5 granule
● Lichid de lavaj alveolar pulmonar: hârtie de filtru
● Tampon vaginal: 5-6 tampoane
● Tampon cutanat/genital/salivă/țesut moale oral/tampon faringian/tampon rectal: 2-3 tampoane
● Microorganisme de suprafață: hârtie de filtru
● Corp de apă/aer/biofilm: hârtie de filtru
● Endofite: 1-2g
● Placă dentară: 0,5-1g
Flux de lucru al serviciului
Livrare de mostre
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Include următoarea analiză:
- Controlul calității datelor brute
- Clusterizare OTU / De-noise (ASV)
- Adnotare OTU
- Analiza diversității alfa: indici multipli, inclusiv Shannon, Simpson și ACE.
- Analiza diversității beta
- Analiza intergrupală
- Analiza corelației: între factorii de mediu și compoziția și diversitatea OUT
- Predicția genei funcționale 16S
Histograma distribuției taxonomice
hartă termică a clusterizării abundenței taxonomice
Analiza diversității alfa: curba de rarefacție
analiza diversității beta: NMDS
Analiză intergrup: descoperirea biomarkerilor LEFSE
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a ampliconilor oferite de BMKGene cu Illumina prin intermediul unei colecții atent selecționate de publicații.
Dong, C. și colab. (2022) „Asamblarea, microbiota centrală și funcția microbiotei solului și scoarței rizosferei la Eucommia ulmoides”, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. și colab. (2023) „Transplant de consorții bacteriene sintetice pentru tratamentul vaginozei bacteriene induse de Gardnerella vaginalis la șoareci”, Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. și Liu, H. (2022) „Microbiome ale prafului de aer colectat în timpul experimentului terestru de susținere a vieții bioregenerative închise «Lunar Palace 365»”, Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. și colab. (2022) „Abundența dependentă de materia primă a genelor funcționale legate de transformarea azotului controlează pierderea de azot în compostare”, Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
