BMKCloud Log in
条形banner-03

Produse

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Secvențierea ampliconilor 16S/18S/ITS urmărește să dezvăluie filogenia, taxonomia și abundența speciilor într-o comunitate microbiană prin investigarea produselor PCR ale markerilor genetici de întreținere care conțin atât părți extrem de conversate, cât și părți hipervariabile.Introducerea acestor amprente moleculare perfecte de către Woeses și colab. (1977) dă putere profilării microbiomului fără izolare.Secvențierea 16S (bacterii), 18S (ciuperci) și distanțierul transcris intern (ITS, ciuperci) permite identificarea atât a speciilor abundente, cât și a speciilor rare și neidentificate.Această tehnologie a devenit un instrument major aplicat pe scară largă în identificarea compoziției microbiene diferențiale în diferite medii, cum ar fi gura umană, intestine, fecale etc.

Platformă:Platforma Illumina NovaSeq


Detalii serviciu

Rezultate Demo

Studiu de caz

Avantajele serviciului

● Identificarea rapidă și fără izolare a compoziției microbiene în probele de mediu

● Rezoluție înaltă în componente cu abundență scăzută în probele de mediu

● Ultimul flux de analiză QIIME2 cu analize diverse în ceea ce privește baza de date, adnotare, OTU/ASV.

● Debit mare, precizie mai mare

● Aplicabil la diverse studii asupra comunității microbiene

● BMK deține o experiență vastă cu peste 100.000 de mostre/an, acoperind sol, apă, gaz, nămol, fecale, intestine, piele, bulion de fermentație, insecte, plante etc.

● BMKCloud a facilitat interpretarea datelor care conține 45 de instrumente de analiză personalizate

Specificații de service

SecvențiereaPlatformă

Bibliotecă

Randamentul de date recomandat

Timp de întoarcere estimat

Platforma Illumina NovaSeq

PE250

Etichete 50K/100K/300K

30 de zile

Analize bioinformatice

● Controlul calității datelor brute

● Clustering OTU/De-noise (ASV)

● Adnotare OTU

● Diversitatea alfa

● Diversitatea beta

● Analiza inter-grup

● Analiza de asociere cu factori experimentali

● Funcția de predicție a genelor

16S

Cerințe pentru mostre și livrare

Cerințe pentru eșantion:

Pentruextracte de ADN:

Tip eșantion

Cantitate

Concentraţie

Puritate

extracte de ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Pentru mostre de mediu:

Tipul eșantionului

Procedura de prelevare recomandată

Sol

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Substanța uscată rămasă trebuie îndepărtată de pe suprafață;Se macină bucăți mari și se trece prin filtru de 2 mm;Probe alicote în tub EP steril sau cyrotube pentru rezervare.

Fecale

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicoți probe în tub EP steril sau criotub pentru rezervare.

Conținutul intestinal

Probele trebuie prelucrate în condiții aseptice.Se spală țesutul colectat cu PBS;Se centrifugă PBS și se colectează precipitantul în tuburi EP.

Namol

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicotați proba de nămol în tub EP steril sau criotub pentru rezervare

Corp de apa

Pentru eșantionul cu cantitate limitată de microbi, cum ar fi apa de la robinet, apa de puț etc., Colectați cel puțin 1 L de apă și treceți prin filtrul de 0,22 μm pentru a îmbogăți microbii de pe membrană.Depozitați membrana într-un tub steril.

Piele

Răzuiți cu atenție suprafața pielii cu un tampon de bumbac steril sau o lamă chirurgicală și puneți-o într-un tub steril.

Livrare recomandată de mostre

Congelați probele în azot lichid timp de 3-4 ore și depozitați în azot lichid sau -80 de grade până la rezervare pe termen lung.Este necesară expedierea probei cu gheață uscată.

Fluxul de lucru al serviciului

livrarea probei

Livrare mostre

Pregătirea bibliotecii

Construcția bibliotecii

Secvențierea

Secvențierea

Analiza datelor

Analiza datelor

Servicii post-vânzare

Servicii post-vânzare


  • Anterior:
  • Următorul:

  • 1.Distribuția speciilor

    3

    2. Harta de căldură: Agruparea bogăției speciilor

    4

    3.Curba facțiunii rare

    5

    4.Analiza NMDS

    6

    5.Analiza Lefse

    7

     

     

     

    Carcasa BMK

    Persoanele obeze cu și fără diabet zaharat de tip 2 prezintă capacitate și compoziție funcțională microbiană intestinală diferite

    Publicat:Gazdă celulară și microbi, 2019

    Strategia de secvențiere:

    Lean non-diabet (n=633);obez non-diabet (n=494);Obez-diabet zaharat de tip 2 (n=153);
    Regiunea țintă: 16S rDNA V1-V2
    Platformă: Illumina Miseq (secvențierea ampliconilor bazată pe NGS)
    Subseturile de extracte de ADN au fost supuse secvențierii metagenomice pe Illumina Hiseq

    Rezultate cheie

    Profilurile microbiene ale acestor boli metabolice au fost diferențiate cu succes.
    Prin compararea caracteristicilor microbiene generate de secvențierea 16S, s-a descoperit că obezitatea este asociată cu modificări ale compoziției microbiene, caracteristicilor individuale, în special scăderea semnificativă a Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes etc. În plus, T2D a fost găsit asociat cu creșterea Escherichia/shigella. .

    Referinţă

    Thingholm, LB, şi colab.„Persoanele obeze cu și fără diabet zaharat de tip 2 prezintă capacități și compoziții funcționale microbiene intestinale diferite.”Gazdă celulară și microbi26.2 (2019).

     

    obține o cotație

    Scrie mesajul tău aici și trimite-l nouă

    Trimite-ne mesajul tau: