Analiza segregant în bloc
Avantajele serviciului
Takagi și colab., The plant journal, 2013
● Localizare precisă: amestecarea în vrac cu 30+30 până la 200+200 de indivizi pentru a minimiza zgomotul de fundal;predicția regiunii candidate bazată pe mutanți non-sinonimi.
● Analiză cuprinzătoare: adnotare aprofundată a funcției genei candidate, inclusiv NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG etc.
● Timp de răspuns mai rapid: localizare rapidă a genelor în 45 de zile lucrătoare.
● Experiență vastă: BMK a contribuit la localizarea a mii de trăsături, acoperind diverse specii precum culturi, produse acvatice, pădure, flori, fructe etc.
Specificații de service
Populatie:
Segregarea descendenților părinților cu fenotipuri opuse.
de exemplu, descendență F2, Backcrossing (BC), linie consangvină recombinantă (RIL)
Bazin de amestecare
Pentru trăsături calitative: 30 până la 50 de indivizi (minim 20)/vrac
Pentru tratis cantitativ: top 5% până la 10% indivizi cu fie fenotipuri extreme în întreaga populație (minimum 30+30).
Adâncimea de secvențiere recomandată
Cel puțin 20X/părinte și 1X/procent individ (de exemplu, pentru grupul de amestec de descendenți de 30+30 de persoane, adâncimea de secvențiere va fi de 30X per vrac)
Analize bioinformatice
● Resecvențierea întregului genom
● Prelucrarea datelor
● Apelare SNP/Indel
● Screening-ul regiunii candidate
● Adnotarea funcției genelor candidate
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
Nucleotide:
| probă de ADNg | Probă de țesut |
| Concentrație: ≥30 ng/μl | Plante: 1-2 g |
| Cantitate: ≥2 μg (Volum ≥15 μl) | Animale: 0,5-1 g |
| Puritate: OD260/280= 1,6-2,5 | Sânge integral: 1,5 ml |
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
1. Baza de analiză a asocierii pe Distanța Euclidiană (DE) pentru a identifica regiunea candidată.În figura următoare
Axa X: numărul de cromozomi;Fiecare punct reprezintă o valoare ED a unui SNP.Linia neagră corespunde valorii ED ajustate.O valoare mai mare a DE indică o asociere mai semnificativă între situs și fenotip.Linia roșie de linii reprezintă pragul de asociere semnificativă.
2. Analiza asociației nu se bazează pe indice SNP
Axa X: numărul de cromozomi;Fiecare punct reprezintă valoarea indicelui SNP.Linia neagră reprezintă valoarea indexului SNP ajustat.Cu cât valoarea este mai mare, cu atât asocierea este mai semnificativă.
Carcasa BMK
Locusul de trăsătură cantitativă cu efect major Fnl7.1 codifică o proteină abundentă de embriogeneză târzie asociată cu lungimea gâtului fructelor la castravete
Publicat: Revista de biotehnologie a plantelor, 2020
Strategia de secvențiere:
Părinți (Jin5-508, YN): Resecvențierea întregului genom pentru 34× și 20×.
Pool-uri de ADN (50 cu gât lung și 50 cu gât scurt): resecvențiere pentru 61× și 52×
Rezultate cheie
În acest studiu, populația de segregare (F2 și F2: 3) a fost generată prin încrucișarea liniei de castraveți cu gât lung Jin5-508 și YN cu gât scurt.Două bazine de ADN au fost construite de 50 de indivizi extrem de gât lung și 50 de indivizi extrem de gât scurt.QTL cu efect major a fost identificat pe Chr07 prin analiza BSA și maparea QTL tradițională.Regiunea candidată a fost restrânsă și mai mult prin cartografierea fină, cuantificarea expresiei genelor și experimente transgenice, care au dezvăluit gena cheie în controlul lungimii gâtului, CsFnl7.1.În plus, polimorfismul în regiunea promotorului CsFnl7.1 s-a dovedit a fi asociat cu expresia corespunzătoare.O analiză filogenetică ulterioară a sugerat că locusul Fnl7.1 este foarte probabil să provină din India.
 Cartografierea QTL în analiza BSA pentru a identifica regiunea candidată asociată cu lungimea gâtului castraveților |  Profilurile LOD ale QTL de lungime a gâtului de castravete identificate pe Chr07 |
Xu, X., şi colab.„Locusul de trăsătură cantitativă cu efect major Fnl7.1 codifică o proteină abundentă de embriogeneză târzie asociată cu lungimea gâtului fructelor la castraveți.”Jurnalul de biotehnologie a plantelor 18.7 (2020).
