Genomica comparativă
Avantajele serviciului
● Pachet cuprinzător de analize, care conține cele opt analize cele mai frecvent solicitate
● Fiabilitate ridicată în analiză cu interpretare detaliată și ușor de înțeles a rezultatelor
● Cifre bine concepute, gata de publicare
● Echipa de bioinformatică de înaltă calificare îndeplinește diverse cerințe de analiză personalizată
● Timp de răspuns mai scurt, cu o precizie mai mare în analiză
● Experiență abundentă cu peste 90 de cazuri de succes cu factor de impact cumulativ publicat de peste 900
Specificații de service
| Timp de întoarcere estimat | Numărul de specii | Analize |
| 30 de zile lucrătoare | 6 - 12 | Gruparea familiei de gene Expansiunea și contracția familiei de gene Construcția arborelui filogenetic Estimarea timpului de divergență (este necesară calibrarea fosilelor) Timp de inserare LTR (Pentru plante) Dublarea întregului genom (pentru plante) Presiune selectivă Analiza sintonia |
Analize bioinformatice
● Familia de gene
● Filogenetică
● Timp de divergenta
● Presiune selectivă
● Analiza sintonia
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
Țesut sau ADN pentru secvențierea și asamblarea genomului
Pentru țesut
| Specie | Țesut | Studiu | PacBio CCS |
| Animal | Țesut visceral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Tesut muscular | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Sânge de mamifer | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Sânge de pasăre/pește | |||
| Plantă | Frunza Proaspata | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petală/Tulpină | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Rădăcină/Sămânță | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Celulele | Celulă de cultură | - | ≥ 1 x 108 |
Date
Fișiere de secvență a genomului (.fasta) și fișiere de adnotare (.gff3) ale speciilor strâns înrudite
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
*Rezultatele demonstrative afișate aici sunt toate din genomuri publicate cu Biomarker Technologies
1. Estimarea timpului de inserare LTR: Figura a arătat o distribuție bimodală unică în timpii de inserție LTR-RT în genomul de secară Weining, în comparație cu alte specii.Cel mai recent vârf a apărut acum aproximativ 0,5 milioane de ani.
Li Guang și colab.,Genetica naturii, 2021
2. Filogenia și analiza familiei de gene pe chayote (Sechium edule): Prin analiza chayote și a celorlalte 13 specii înrudite din familia genelor, s-a descoperit că Chayote este cel mai strâns înrudit cu tărtăcuța de șarpe (Trichosanthes anguina).Chayote derivat din tărtăcuță de șarpe în aproximativ 27-45 Mya și duplicarea întregului genom (WGD) a fost observată la Chayote în 25±4 Mya, care este al treilea eveniment WGD în cucuibitaceae.
Fu A și colab.,Cercetare horticolă, 2021
3. Analiza sinteza: Unele gene legate de fitohormonii în dezvoltarea fructelor au fost găsite în chayote, tărtăcuță de șarpe și dovleac.Corelația dintre chayote și squash este puțin mai mare decât cea dintre chayote și tărtăcuța de șarpe.
Fu A și colab.,Cercetare horticolă, 2021
4. Analiza familiei de gene: îmbogățirea KEGG asupra expansiunii și contracției familiei de gene în genomul G.thurberi și G.davidsonii a arătat că genele legate de biosinteza steroizilor și biosinteza brasinosteroizilor au fost extinse.
Yang Z și colab.,BMC Biologie, 2021
5.Analiza de duplicare a întregului genom: analiza distribuției 4DTV și Ks a arătat evenimentul de duplicare a întregului genom.Vârfurile intraspecie au arătat evenimente de duplicare.Vârfurile interspeciilor au arătat evenimente de speciație.Analiza a indicat că, în comparație cu celelalte trei specii strâns înrudite, O. europaea a trecut printr-o duplicare a genelor la scară largă mai recent.
Rao G și colab.,Cercetare horticolă, 2021
Carcasa BMK
Trandafir fără înțepătură: perspective genomice legate de adaptarea la umiditate
Publicat: National Science Review, 2021
Strategia de secvențiere:
— Al lui BasyeFără spini' (R.Wichurainan) genomul:
Aproximativ.93 X PacBio + aprox.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Rezultate cheie
1. Genomul R.wichuraiana de înaltă calitate a fost construit utilizând tehnici de secvențiere cu citire lungă, care au generat un ansamblu de 530,07 Mb (dimensiunea estimată a genomului a fost de aproximativ 525,9 Mb prin citometrie în flux și 525,5 prin sondajul genomului; heterozigoza a fost de aproximativ 1,03%).Scorul estimat de BUSCO a fost de 93,9%.În comparație cu „Old blush” (haploOB), calitatea și completitudinea acestui genom au fost confirmate de precizia unei singure baze și indicele de asamblare LTR (LAI=20,03).Genomul R.wichuraiana conține 32.674 de gene care codifică proteine.
2. Analiza comună multi-omică, constând în genomică comparativă, transcriptomică, analiza QTL a populației genetice, a relevat speciația crucială dintre R. wichuraiana și Rosa chinensis.De asemenea, variația expresiei genelor înrudite în QTL ar putea fi asociată cu modelarea înțepăturii tulpinii.
Analiza genomică comparativă între Basye;s Thornless și Rosa chinensis, inclusiv analiza sinteniei, grupul de gene, analiza expansiunii și contracției, a evidențiat un număr mare de variații, care se refereau la trăsăturile cruciale ale trandafirilor.Expansiunea unică în familia de gene NAC și FAR1/FRS a fost foarte probabil asociată cu rezistența la punctele negre.
Analiză genomică comparativă între genomii BT și haploOB.
Zhong, M., şi colab.„Trandafir fără înțepătură: perspective genomice legate de adaptarea la umiditate”National Science Review, 2021;, nwab092.
