Platformă | Dimensiunea bibliotecii | Randament de date teoretice (pe celulă) | Precizie cu o singură bază | Aplicații |
Nanopore | 8KB, 10KB, 20KB, Ultralong, ADNc-PCR | 70-90 GB/celulă | 85-92% | SV Calling, de Novo, secvențiere completă, ISO-seq, adnotare a genelor, detectarea metilării ADN-ului |
● Experiență de peste 5 ani pe platforma de secvențiere Pacbio cu mii de proiecte închise cu diverse specii.
● BMKGENE este un partener oficial al Oxford Nanopore, cu certificarea ARN/ADN cu platformă dublă.
● Există modele mainstream de secvențiere cu echipamente complete și de randament de secvențiere suficient.
● Pe baza platformei Nanopore, mai mult de 10 cercetări Denovo pentru animale și plante au fost publicate în reviste de renume internațional.
Tip de eșantion | Cantitate | Concentrare (qubit ®) | Volum | Puritate | Alţii |
ADN genomic | Depinde de cerința de date | ≥20ng/µl | ≥15 μL | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230≥1.5 ; Vârful clar la 260 nm , fără contaminări | Concentrația trebuie măsurată prin qubit și qubit/nanopore ≤ 2 |
ARN total | ≥1.2μg | ≥100 μg/µl | ≥15 μL | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Fără contaminări | Valoarea RIN ≥7,5 |
Evaluarea calității datelor eșantionului ADN
Tabelul 1. Statistici privind datele curate.
Bmkid | Rawseqnum | Rawsumbase | Cleanseqnum | curățare | Cleann50Len | CleanN90LEN | CleanMeanlen | CleanMaxlen | CleanMeanqual |
ADNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Evaluarea calității datelor a eșantionului ARN
Tabelul 1. Statistici privind datele curate.
Nume de fișier | ClientID | Readnum | BASENUM | N50 | Lungime medie | Lungime maximă | MeanqScore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figura 1. Distribuția lungimii citite
Figura 2. Distribuția scorului de calitate a datelor curate
Figura 3. Distribuția de lungime și scor de calitate a datelor curate