Analiza asocierii la nivelul întregului genom
Flux de lucru
Avantajele serviciilor
●Expertiză vastă și înregistrări de publicațiiCu experiența acumulată în domeniul sistemelor de apărare a apei (GWAS), BMKGene a finalizat sute de proiecte privind speciile în cercetarea GWAS a populațiilor, a ajutat cercetătorii să publice peste 100 de articole, iar factorul de impact cumulativ a ajuns la 500.
● Analiză bioinformatică cuprinzătoareFluxul de lucru include analiza asocierii SNP-trăsăturilor, oferind un set de gene candidate și adnotarea funcțională corespunzătoare.
●Echipă de bioinformatică cu înaltă calificare și ciclu scurt de analizăCu o vastă experiență în analiza genomică avansată, echipa BMKGene oferă analize complete într-un timp de răspuns rapid.
●Suport post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului, cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Specificații și cerințe ale serviciilor
| Tipul de secvențiere | Scara populației recomandată | Strategia de secvențiere | Cerințe de nucleotide |
| Secvențierea întregului genom | 200 de mostre | 10x | Concentrație: ≥ 1 ng/µL Cantitate totală ≥ 30 ng Degradare sau contaminare limitată sau deloc |
| Fragment amplificat cu locus specific (SLAF) | Adâncimea etichetei: 10x Număr de etichete: < 400 Mb: Se recomandă WGS < 1 GB: 100.000 de etichete 1 GB > 2Gb: 300K etichete Maxim 500.000 de etichete | Concentrație ≥ 5 ng/µL Cantitate totală ≥ 80 ng Nanopică OD260/280=1.6-2.5 Gel de agaroză: fără degradare sau contaminare limitată
|
Selecția materialelor
Diferite soiuri, subspecii, rase locale/bănci de gene/familii mixte/resurse sălbatice
Diferite soiuri, subspecii, rase locale
Familie de jumătate de rudenie/familie de rudenie completă/resurse sălbatice
Flux de lucru al serviciului
Designul experimentului
Livrare de mostre
Extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Include următoarea analiză:
- Analiza asocierii la nivelul întregului genom: modelul LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Adnotarea funcțională a genelor candidate
Analiza asocierii SNP-trăsături – graficul Manhattan
Analiza asocierii SNP-trăsături – graficul QQ
Explorați progresele facilitate de serviciile de GWAS ale BMKGene prin intermediul unei colecții atent selecționate de publicații:
Lv, L. și colab. (2023) „Perspectivă asupra bazei genetice a toleranței la amoniac la scoica de ras Sinonovacula constricta prin studiu de asociere la nivelul întregului genom”,Acvacultură, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. și colab. (2022) „Analizele multi-omice a 398 de accesiuni de mei de coadă de vulpe dezvăluie regiuni genomice asociate cu domesticirea, trăsăturile metaboliților și efectele antiinflamatorii”.Uzina Moleculară, 15(8), p. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. și colab. (2022) „Cartografierea asocierii la nivelul întregului genom a fenotipurilor Hulless Barely în medii secetoase”,Frontiere în știința plantelor, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. și colab. (2021) „GmST1, care codifică o sulfotransferază, conferă rezistență la tulpinile G2 și G3 ale virusului mozaic al soiei”,Plantă, celulă și mediu, 44(8), p. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
