-
Secvențierea genomului de novo plante/animal
De novosecvențierea se referă la construcția întregului genom al unei specii folosind tehnologii de secvențiere, de exemplu PacBio, Nanopore, NGS, etc., în absența unui genom de referință.Îmbunătățirea remarcabilă a lungimii de citire a tehnologiilor de secvențiere de a treia generație a adus noi oportunități în asamblarea genomilor complexe, cum ar fi cei cu heterozigozitate ridicată, raport mare de regiuni repetitive, poliploide etc. Cu lungimea de citire la nivel de zeci de kilobaze, aceste citiri de secvențiere permit rezolvarea elementelor repetitive, a regiunilor cu conținut anormal de GC și a altor regiuni extrem de complexe.
Platformă: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq6000
-
Ansamblu genom bazat pe Hi-C
Hi-C este o metodă concepută pentru a capta configurația cromozomilor prin combinarea interacțiunilor bazate pe sondarea proximității și secvențierea cu randament ridicat.Se crede că intensitatea acestor interacțiuni este corelată negativ cu distanța fizică pe cromozomi.Prin urmare, datele Hi-C ar putea ghida gruparea, ordonarea și orientarea secvențelor asamblate într-o schiță de genom și ancorarea acestora pe un anumit număr de cromozomi.Această tehnologie împuternicește un ansamblu de genom la nivel de cromozom în absența hărții genetice bazate pe populație.Fiecare genom are nevoie de un Hi-C.
Platformă: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Genetica evoluționistă
Genetica evolutivă este un serviciu de secvențiere complet conceput pentru a oferi o interpretare cuprinzătoare a informațiilor evolutive ale materialelor date pe baza variațiilor genetice, inclusiv SNP, InDels, SV și CNV.Oferă toate analizele fundamentale necesare pentru descrierea schimbărilor evolutive și a caracteristicilor genetice ale populațiilor, cum ar fi structura populației, diversitatea genetică, relațiile de filogeneză etc. Conține, de asemenea, studii asupra fluxului de gene, care permite estimarea mărimii efective a populației, a timpului de divergență.
-
Genomica comparativă
Genomica comparativă înseamnă literalmente compararea secvențelor și structurilor complete ale genomului diferitelor specii.Această disciplină își propune să dezvăluie evoluția speciilor, funcția genelor, mecanismul de reglare a genelor la nivel de genom prin identificarea structurilor secvențelor și a elementelor care s-au conservat sau s-au diferențiat în diferite specii.Studiul tipic de genomică comparativă include analize în familia de gene, dezvoltarea evolutivă, duplicarea întregului genom, presiunea selectivă etc.
-
Analiza segregant în bloc
Analiza segregantă în masă (BSA) este o tehnică folosită pentru a identifica rapid markerii genetici asociați cu fenotip.Fluxul de lucru principal al BSA conține selectarea a două grupuri de indivizi cu fenotipuri extrem de opuse, unind ADN-ul tuturor indivizilor pentru a forma două cantități mari de ADN, identificând secvențe diferențiale între două grupuri.Această tehnică a fost utilizată pe scară largă în identificarea markerilor genetici puternic asociați de genele vizate în genomul plantelor/animalelor.
