Ansamblu genom bazat pe Hi-C
Avantajele serviciului
Prezentare generală a Hi-C
(Lieberman-Aiden E și colab.,Ştiinţă, 2009)
● Nu este nevoie de construirea populației genetice pentru ancorarea contig;
● Densitate mai mare a markerului care duce la un raport de ancorare a contigs mai mare la peste 90%;
● Permite evaluarea și corectarea ansamblurilor genomului existente;
● Timp de răspuns mai scurt, cu o precizie mai mare în asamblarea genomului;
● Experiență abundentă cu peste 1000 de biblioteci Hi-C construite pentru peste 500 de specii;
● Peste 100 de cazuri de succes cu factor de impact cumulativ publicat de peste 760;
● Ansamblu de genom bazat pe Hi-C pentru genom poliploid, rata de ancorare de 100% a fost atinsă în proiectul anterior;
● Brevete interne și drepturi de autor pentru software pentru experimente Hi-C și analiza datelor;
● Software-ul auto-dezvoltat de reglare a datelor vizualizate, permite mutarea manuală a blocurilor, inversarea, revocarea și refacerea.
Specificații de service
|
Tip de bibliotecă
|
Platformă | Lungimea citirii | Recomand Strategie |
| Salut-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analize bioinformatice
● Controlul calității datelor brute
● Controlul calității bibliotecii Hi-C
● Ansamblu de genom bazat pe Hi-C
● Evaluare post-asamblare
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
| Animal | Ciuperca | Plante
|
| Țesut congelat: 1-2 g per bibliotecă Celule: 1x 10^7 celule per bibliotecă | Țesut congelat: 1 g per bibliotecă | Țesut congelat: 1-2 g per bibliotecă
|
| *Recomandăm insistent să trimiteți cel puțin 2 alicote (1 g fiecare) pentru experimentul Hi-C. | ||
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Pentru majoritatea probelor, vă recomandăm să nu se păstreze în etanol.
Etichetarea mostrelor: probele trebuie să fie etichetate clar și identice cu formularul de informații despre eșantion transmis.
Expediere: Gheață carbonică: Probele trebuie mai întâi ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extragerea ADN-ului
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
*Rezultatele demonstrative afișate aici sunt toate din genomuri publicate cu Biomarker Technologies
1.Hi-C hartă termică de interacțiune aCamptotheca acuminatagenomului.După cum se arată pe hartă, intensitatea interacțiunilor este corelată negativ cu distanța liniară, ceea ce indică un ansamblu foarte precis la nivel de cromozom.(Raport de ancorare: 96,03%)
Kang M și colab.,Comunicarea naturii, 2021
2.Hi-C a facilitat validarea inversiilor întreGossypium hirsutumL. TM-1 A06 șiG. arboreumChr06
Yang Z și colab.,Nature Communications, 2019
3.Asamblarea și diferențierea bialelice a genomului de manioc SC205.Harta termică Hi-C a arătat o divizare clară în cromozomi omologi.
Hu W și colab.,Planta Moleculară, 2021
4.Harta termică Hi-C pe ansamblul genomului a două specii de Ficus:F.microcarpa(raport de ancorare: 99,3%) șiF.hispida (raport de ancorare: 99,7%)
Zhang X și colab.,Celulă, 2020
Carcasa BMK
Genomul arborelui Banyan și al viespei polenizatoare oferă informații despre coevoluția viespii smochine
Publicat: Celulă, 2020
Strategia de secvențiere:
F. microcarpa genom: aprox.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: aprox.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: aprox.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Rezultate cheie
1. Două genomuri de arbore banyan și un genom de viespe polenizatoare au fost construite folosind secvențierea PacBio, Hi-C și harta de legătură.
(1)F. microcarpagenom: a fost stabilit un ansamblu de 426 Mb (97,7% din dimensiunea estimată a genomului) cu contig N50 de 908 Kb, scor BUSCO de 95,6%.În total, secvențe de 423 Mb au fost ancorate la 13 cromozomi de către Hi-C.Adnotarea genomului a produs 29.416 gene care codifică proteine.
(2)F. Hispidagenom: Un ansamblu de 360 Mb (97,3% din dimensiunea estimată a genomului) a fost randament cu contig N50 de 492 Kb și scor BUSCO de 97,4%.Un total de secvențe de 359 Mb au fost ancorate pe 14 cromozomi de către Hi-C și foarte identice cu harta de legătură cu densitate mare.
(3)Eupristina verticillatagenom: a fost stabilit un ansamblu de 387 Mb (dimensiunea estimată a genomului: 382 Mb) cu contig N50 de 3,1 Mb și scor BUSCO de 97,7%.
2. Analiza genomică comparativă a relevat un număr mare de variații de structură între douăFicusgenomi, care au oferit o resursă genetică neprețuită pentru studii de evoluție adaptivă.Acest studiu, pentru prima dată, a oferit perspective asupra coevoluției viespilor la nivel genomic.
 Diagrama Circos pe caracteristicile genomice a doiFicusgenomi, inclusiv cromozomi, dublări segmentare (SD), transpozoni (LTR, TE, TE ADN), expresie și sintonia genelor |  Identificarea cromozomului Y și gena candidată pentru determinarea sexului |
Zhang, X., şi colab.„Genomurile arborelui Banyan și ale viespii polenizatoare oferă informații despre coevoluția viespilor smochine”.Celula 183.4 (2020).
