Secvențiere lungă non-codificatoare - Illumina
Avantajele serviciilor
●Analiza comună a ARNm și ARNncPrin combinarea cuantificării transcrierilor ARNm cu studiul ARNnc și al țintelor acestora, este posibil să se obțină o imagine de ansamblu aprofundată a mecanismului de reglare care stă la baza răspunsului celular.
●Expertiză extinsăAm procesat peste 230.000 de mostre, acoperind diverse obiective ale mostrelor și proiectelor. Aducem bogăția noastră de expertiză în fiecare proiect.
●Analiza comună a ARNm și ARNncCombinăm cuantificarea transcrierilor ARNm cu studiul ARNnc și al țintelor acestora, ceea ce face posibilă obținerea unei imagini de ansamblu aprofundate asupra mecanismului de reglare care stă la baza răspunsului celular.
●Control riguros al calitățiiImplementăm puncte de control esențiale în toate etapele, de la pregătirea probelor până la pregătirea bibliotecii, secvențiere și bioinformatică. Monitorizarea noastră meticuloasă asigură furnizarea unor rezultate de înaltă calitate în mod constant.
●Adnotare cuprinzătoareFolosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional Genele Exprimate Diferențial (DEG) și pentru a efectua analize de îmbogățire corespunzătoare. Această abordare cuprinzătoare oferă informații despre procesele celulare și moleculare care stau la baza răspunsului transcriptomului, asigurându-vă că obțineți toate informațiile posibile despre datele experimentului dumneavoastră.
●Asistență post-vânzareÎnțelegem cât de important este să fim prezenți, de aceea angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului, cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror nelămuriri legate de rezultate.
Cerințe și livrare a mostrelor
| Bibliotecă | Platformă | Date recomandate | Controlul calității datelor |
| Bibliotecă direcțională epuizată cu ARNr | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nucleotide:
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau inexistentă cu proteine sau ADN evidențiată pe gel. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevație limitată sau inexistentă a valorii de bază |
● Plante:
Rădăcină, tulpină sau petală: 450 mg
Frunză sau semințe: 300 mg
Fructe: 1,2 g
● Animal:
Inimă sau intestin: 450 mg
Viscere sau creier: 240 mg
Mușchi: 600 mg
Oase, păr sau piele: 1,5 g
● Artropode:
Insecte: 9g
Crustacee: 450 mg
● Sânge integral:2 tuburi
● Celule: 106 celule
● Ser și plasmă6 ml
Livrare recomandată a probelor
Recipient: tub de centrifugă de 2 ml (nu se recomandă utilizarea foliei de aluminiu)
Etichetare exemplu: Grupare+replicare, de ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstabile: Probele de ARN pot fi uscate în tuburi de stabilizare a ARN-ului (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Flux de lucru al serviciului
Designul experimentului
Livrare de mostre
Extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Bioinformatică
- Date brute
- Controlul calității datelor
- Alinierea genomului
- Structura genelor (splicing alternativ, optimizarea structurii genelor și predicția noilor gene)
- Cuantificarea expresiei genelor
- Analiza expresiei diferențiale
- Adnotare și îmbogățire DEG + Gene țintă lncRNA exprimate diferențial
- Identificarea transcrierii
- Identificarea ARNnc (conservarea ARNnc și ARNnc cunoscut)
- Predicția genelor țintă lncRNA
- Cuantificarea expresiei lncRNA
- Analiză comună cu date ARNm
Analiza expresiei genetice diferențiale (DEG)
Cuantificarea expresiei lncRNA – grupare
Îmbogățirea genelor țintă lncRNA
Analiza poziției comune a ARNm și ARNnc – diagrama Circos (cercul din mijloc reprezintă ARNm, iar cercul interior reprezintă ARNnc)
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere lncRNA ale BMKGene prin intermediul unei colecții atent selecționate de publicații.
Ji, H. și colab. (2020) „Identificarea, predicția funcțională și verificarea cheie a lncRNA-urilor legate de stresul rece în ficatul de șobolan”,Rapoarte științifice2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. și colab. (2021) „Analiza transcriptomică integrativă dezvăluie mecanismul imunitar pentru o tulpină de crap comun rezistentă la CyHV-3”,Frontiere în imunologie, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ și colab. (2022) „Prioritizarea rețelelor de reglare a ARN-ului endogen concurente în cancerul pulmonar cu celule mici, bazată pe integrarea multi-omics: caracteristici moleculare și candidați la medicamente”,Frontiere în Oncologie, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. și colab. (2020) „Disecția genetică a rețelei de coexpresie genică care stă la baza fotosintezei la Populus”,Revista de Biotehnologie a Plantelor, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. și colab. (2022) „O rețea globală de reglementare pentru expresia genică disreglată și semnalizarea metabolică anormală în celulele imune din micromediul bolii Graves și al tiroiditei Hashimoto”,Frontiere în imunologie, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
