Secvențiere metagenomică -ngs
Un metagenom este o colecție a materialului genetic total al unei comunități mixte de organisme, cum ar fi metagenomii de mediu și umani. Conține genomuri atât de microorganisme cultivate, cât și necultivate. Secvențializarea metagenomică cu pușcă cu NGS permite studiul acestor peisaje genomice complexe încorporate în eșantioane de mediu, oferind mai mult decât profilarea taxonomică, oferind, de asemenea, informații granulare despre diversitatea speciilor, dinamica abundenței și structurile complexe ale populației. Dincolo de studiile taxonomice, metagenomica cu pușca oferă, de asemenea, o perspectivă funcțională a genomicii, permițând explorarea genelor codificate și rolurile lor putative în procesele ecologice. În cele din urmă, înființarea rețelelor de corelație între elementele genetice și factorii de mediu contribuie la o înțelegere holistică a interacțiunii complexe dintre comunitățile microbiene și fondul lor ecologic. În concluzie, secvențierea metagenomică reprezintă un instrument pivot pentru dezvăluirea complicațiilor genomice ale diverselor comunități microbiene, iluminând relațiile multifacetate dintre genetică și ecologie în aceste ecosisteme complexe.
Platforme: Illumina Novaseq și DNBSEQ-T7
Avantaje de serviciu
●Izolare și metodă fără cultivare pentru profilarea comunității microbiene: Permițând secvențarea materialelor genetice din organisme necultivate.
●Rezoluție înaltă: Detectați specii cu abundență scăzută în eșantioane de mediu.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare:S -a concentrat nu numai pe diversitatea taxonomică, ci și pe diversitatea funcțională a comunității.
●Experiență vastă:Cu un palmares de închidere cu succes mai multor proiecte de metagenomică în diverse domenii de cercetare și prelucrarea a peste 200.000 de probe, echipa noastră aduce o bogată experiență pentru fiecare proiect.
Specificații de serviciu
| Platforma de secvențiere | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Illumina Novaseq sau DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Cerințe de serviciu
| Concentrație (Ng/µL) | Suma totală (ng) | Volum (pL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sol/nămol: 2-3g
● conținut intestinal-animal: 0,5-2G
● Conținut intestinal-insect: 0,1-0,25g
● Suprafața plantelor (sediment îmbogățit): 0,5-1g
● Sediment îmbogățit bulionul de fermentare): 0,2-0,5g
● Fecale (animale mari): 0,5-2G
● Faece (mouse): 3-5 Grains
● Fluid de lavaj alveolar pulmonar: hârtie filtru
● tampon vaginal: 5-6 tampoane
● Piele/tampon genital/salivă/țesut moale oral/tampon faringian/tampon rectal: 2-3 tampoane
● Microorganism de suprafață: 5-6 tampoane
● Apa de apă/aer/biofilm: hârtie de filtrare
● Endofite: 2-3g
● Placă dentară: 0,5-1g
Flux de lucru de serviciu
Livrare de probe
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Include următoarea analiză:
● Secvențializarea controlului calității datelor
● asamblarea metagenomului și predicția genelor
● Adnotarea genelor
● Analiza diversității alfa taxonomice
● Analiza funcțională a comunității: funcție biologică, metabolică, rezistență la antibiotice
● Analiza atât a diversității funcționale, cât și a taxonomice:
Analiza diversității beta
Analiza inter-grupului
Analiza corelației: între factorii de mediu și compoziția și diversitatea
Analiză funcțională: rezistență la antibiotice cu carduri
Analiza diferențială a căilor metabolice KEGG: încălzirea căilor semnificative
Diversitatea Alpha a distribuției taxonomice: Index ACE
Diversitatea beta a distribuției taxonomice: PCOA
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a metagenomului BMKGENE cu Illumina printr -o colecție curată de publicații.
Hai, Q. și colab. (2023) „Analiza metagenomică și metabolomică a modificărilor conținutului intestinal al păstrăvului curcubeu (Oncorhynchus mykiss) infectat cu virusul necrozei hematopoietice infecțioase la diferite temperaturi ale apei culturii”,Frontiere în microbiologie, 14, p. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. și colab. (2023) „Comunități microbiene, gene de rezistență și riscuri de rezistență în lacurile urbane ale diferitelor stări trofice: legături interne și influențe externe”,Jurnalul de materiale periculoase avansuri, 9, p. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadd.2023.100233.
Su, M. și colab. (2022) „Analiza metagenomică a evidențiat diferențe de compoziție și funcție între microorganismele asociate cu lichid și asociate cu solidul rumenului de oi”,Frontiere în microbiologie, 13, p. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. și colab. (2023) „Microbiota derivată de porci din Ningxiang obez regăsește metabolismul carnitinei pentru a promova depunerea de acid gras muscular la porci slabi”,Inovația, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. și colab. (2023) „Perspective metagenomice asupra riscurilor potențiale ale resturilor reprezentative bio/non-degradabile din plastic și non-plastic în partea superioară și inferioară a estuarului Haihe, China”,Știința mediului total, 887, p. 164026. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
