Secvențiere metagenomică -NGS
Un metagenom este o colecție a materialului genetic total al unei comunități mixte de organisme, cum ar fi metagenomurile de mediu și umane. Acesta conține genomuri atât ale microorganismelor cultivabile, cât și ale celor necultivabile. Secvențierea metagenomică rapidă cu NGS permite studiul acestor peisaje genomice complexe încorporate în probele de mediu, oferind mai mult decât profilarea taxonomică, oferind și informații granulare asupra diversității speciilor, dinamicii abundenței și structurilor complexe ale populațiilor. Dincolo de studiile taxonomice, metagenomica rapidă oferă și o perspectivă genomică funcțională, permițând explorarea genelor codificate și a rolurilor lor presupuse în procesele ecologice. În cele din urmă, stabilirea rețelelor de corelație între elementele genetice și factorii de mediu contribuie la o înțelegere holistică a interacțiunii complexe dintre comunitățile microbiene și fondul lor ecologic. În concluzie, secvențierea metagenomică reprezintă un instrument esențial pentru dezvăluirea complexității genomice a diverselor comunități microbiene, iluminând relațiile multiple dintre genetică și ecologie în cadrul acestor ecosisteme complexe.
Platforme: Illumina NovaSeq și DNBSEQ-T7
Avantajele serviciilor
●Metodă de izolare și fără cultivare pentru profilarea comunității microbienePermiterea secvențierii materialului genetic de la organisme necultivabile.
●Rezoluție înaltăDetectarea speciilor cu abundență scăzută în probele de mediu.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare:Concentrat nu doar pe diversitatea taxonomică, ci și pe diversitatea funcțională a comunității.
●Experiență vastă:Cu o experiență vastă în finalizarea cu succes a mai multor proiecte de metagenomică în diverse domenii de cercetare și procesarea a peste 200.000 de probe, echipa noastră aduce o vastă experiență fiecărui proiect.
Specificații de service
| Platformă de secvențiere | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Illumina NovaSeq sau DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Cerințe de serviciu
| Concentrație (ng/µL) | Cantitate totală (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sol/nămol: 2-3g
● Conținut intestinal - animal: 0,5-2 g
● Conținut intestinal - insecte: 0,1-0,25 g
● Suprafața plantei (sediment îmbogățit): 0,5-1 g
● Sedimentu îmbogățit cu bulion de fermentație): 0,2-0,5 g
● Fecale (animale mari): 0,5-2 g
● Fecale (șoarece): 3-5 granule
● Lichid de lavaj alveolar pulmonar: hârtie de filtru
● Tampon vaginal: 5-6 tampoane
● Tampon cutanat/genital/salivă/țesut moale oral/tampon faringian/tampon rectal: 2-3 tampoane
● Microorganisme de suprafață: 5-6 tampoane
● Corp de apă/aer/biofilm: hârtie de filtru
● Endofite: 2-3g
● Placă dentară: 0,5-1g
Flux de lucru al serviciului
Livrare de mostre
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Include următoarea analiză:
● Controlul calității datelor de secvențiere
● Asamblarea metagenomului și predicția genelor
● Adnotarea genelor
● Analiza taxonomică a diversității alfa
● Analiza funcțională a comunității: funcție biologică, metabolică, rezistență la antibiotice
● Analiza diversității atât funcționale, cât și taxonomice:
Analiza diversității beta
Analiza intergrupală
Analiza corelației: între factorii de mediu și compoziția și diversitatea OUT
Analiză funcțională: rezistență la antibiotice CARD
Analiza diferențială a căilor metabolice KEGG: hartă termică a căilor semnificative
Diversitatea alfa a distribuției taxonomice: indicele ACE
Diversitatea beta a distribuției taxonomice: PCoA
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a metagenomului oferite de BMKGene cu Illumina prin intermediul unei colecții atent selecționate de publicații.
Hai, Q. și colab. (2023) „Analiza metagenomică și metabolomică a modificărilor conținutului intestinal al păstrăvului curcubeu (Oncorhynchus mykiss) infectat cu virusul necrozei hematopoietice infecțioase la diferite temperaturi ale apei de cultură”,Frontiere în microbiologie, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. și colab. (2023) „Comunități microbiene, gene de rezistență și riscuri legate de rezistome în lacurile urbane cu diferite stări trofice: Legături interne și influențe externe”.Jurnalul Progreselor în Materiale Periculoase, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. și colab. (2022) „Analiza metagenomică a relevat diferențe de compoziție și funcție între microorganismele asociate cu lichide și cele asociate cu solide din rumenul ovinelor”.Frontiere în microbiologie, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. și colab. (2023) „Microbiota derivată din porcii obezi din Ningxiang reproiectează metabolismul carnitinei pentru a promova depunerea de acizi grași musculari la porcii DLY slabi”,Inovația, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. și colab. (2023) „Perspective metagenomice asupra riscurilor potențiale ale plasticului bio/nedegradabil reprezentativ și ale deșeurilor neplastice în cursurile superioare și inferioare ale estuarului Haihe, China”,Știința mediului înconjurător total, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
