page_head_bg

Produse

Secvențierea metagenomică (NGS)

Metagenomul se referă la o colecție de material genetic total al unei comunități mixte de organisme, cum ar fi metagenomul de mediu, metagenomul uman, etc. Conține genomuri atât ale microorganismelor cultivabile, cât și ale microorganismelor necultivabile.Secvențierea metagenomică este un instrument molecular utilizat pentru analiza materialelor genomice mixte extrase din probele de mediu, care oferă informații detaliate despre diversitatea și abundența speciilor, structura populației, relația filogenetică, genele funcționale și rețeaua de corelație cu factorii de mediu.

Platformă:Illumina NovaSeq6000


Detalii serviciu

Rezultate Demo

Studiu de caz

Avantajele serviciului

ØFără izolare și cultivare pentru profilarea comunității microbiene

ØRezoluție înaltă în detectarea speciilor cu abundență scăzută în probele de mediu

ØIdeea de „meta-” integrează toate trăsăturile biologice la nivel funcțional, la nivel de specie și la nivel de genă, ceea ce reflectă o viziune dinamică care este mai aproape de realitate.

ØBMK acumulează o experiență masivă în diverse tipuri de mostre, cu peste 10.000 de mostre procesate.

Specificații de service

SecvențiereaPlatformă

Bibliotecă

Randamentul de date recomandat

Timp de întoarcere estimat

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Etichete 50K/100K/300K

30 de zile

Analize bioinformatice

üControlul calității datelor brute

üAnsamblu metagenom

üSet de gene neredundante și adnotare

üAnaliza diversității speciilor

üAnaliza diversității funcției genetice

üAnaliza inter-grup

üAnaliza de asociere împotriva factorilor experimentali

2

Cerințe pentru mostre și livrare

Cerințe pentru mostre:

Pentruextracte de ADN:

Tip eșantion

Cantitate

Concentraţie

Puritate

extracte de ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Pentru mostre de mediu:

Tipul eșantionului

Procedura de prelevare recomandată

Sol

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Substanța uscată rămasă trebuie îndepărtată de pe suprafață;Se macină bucăți mari și se trece prin filtru de 2 mm;Probe alicote în tub EP steril sau cyrotube pentru rezervare.

Fecale

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicoți probe în tub EP steril sau criotub pentru rezervare.

Conținutul intestinal

Probele trebuie prelucrate în condiții aseptice.Se spală țesutul colectat cu PBS;Se centrifugă PBS și se colectează precipitantul în tuburi EP.

Namol

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicotați eșantionul de nămol în tub EP steril sau criotub pentru rezervare

Corp de apa

Pentru eșantionul cu cantitate limitată de microbi, cum ar fi apa de la robinet, apa de puț etc., Colectați cel puțin 1 L apă și treceți printr-un filtru de 0,22 μm pentru a îmbogăți microbii de pe membrană.Depozitați membrana într-un tub steril.

Piele

Răzuiți cu atenție suprafața pielii cu un tampon de bumbac steril sau o lamă chirurgicală și puneți-o într-un tub steril.

Livrare recomandată de mostre

Congelați probele în azot lichid timp de 3-4 ore și păstrați-le în azot lichid sau -80 de grade până la rezervare pe termen lung.Este necesară expedierea mostrelor cu gheață uscată.

Fluxul de lucru al serviciului

logo_02

Livrare mostre

logo_04

Construcția bibliotecii

logo_05

Secvențierea

logo_06

Analiza datelor

logo_07

Servicii post-vânzare


  • Anterior:
  • Următorul:

  • 1.Histograma: Distribuția speciilor

    3

    2.Gene funcționale adnotate la căile metabolice KEGG

    4

    3. Harta termică: Funcții diferențiale bazate pe abundența relativă a genelor54.Circurile genelor de rezistență la antibiotice CARD

    6

    Carcasa BMK

    Prevalența genelor de rezistență la antibiotice și a agenților patogeni bacterieni de-a lungul continuumului sol-rădăcină de mangrove

    Publicat:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Strategia de secvențiere:

    Materiale: Extracte de ADN din patru fragmente de probe asociate rădăcinii de mangrove: sol neplantat, rizosferă, episferă și compartimente endosfere
    Platformă: Illumina HiSeq 2500
    Ținte: Metagenomul
    Regiunea V3-V4 a genei ARNr 16S

    Rezultate cheie

    Secvențierea metagenomică și profilarea metabarcoding pe continuum sol-rădăcină a puieților de mangrove au fost procesate pentru a studia diseminarea genelor de rezistență la antibiotice (ARG) din sol în plante.Datele metagenomice au arătat că 91,4% dintre genele de rezistență la antibiotice au fost identificate în mod obișnuit în toate cele patru compartimente ale solului menționate mai sus, ceea ce a arătat o modă continuă.Secvențierea ampliconilor ARNr 16S a generat 29.285 de secvențe, reprezentând 346 de specii.Combinând cu profilarea speciilor prin secvențierea ampliconilor, s-a constatat că această diseminare este independentă de microbiota asociată rădăcinilor, cu toate acestea, ar putea fi facilitată de elementele genetice mobile.Acest studiu a identificat fluxul de ARG și agenți patogeni din sol în plante printr-un continuum sol-rădăcină interconectat.

    Referinţă

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. și Shu, L. .(2020).Prevalența genelor de rezistență la antibiotice și a agenților patogeni bacterieni de-a lungul continuumului sol-rădăcină de mangrove.Jurnalul de materiale periculoase, 408, 124985.

    obține o cotație

    Scrie mesajul tău aici și trimite-l nouă

    Trimite-ne mesajul tau: