●Izolare și metodă fără cultivare pentru profilarea comunității microbiene: Permițând secvențarea materialelor genetice din organisme necultivate.
●Rezoluție înaltă: Detectați specii cu abundență scăzută în eșantioane de mediu.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare:S -a concentrat nu numai pe diversitatea taxonomică, ci și pe diversitatea funcțională a comunității.
●Experiență vastă:Cu un palmares de închidere cu succes mai multor proiecte de metagenomică în diverse domenii de cercetare și prelucrarea a peste 200.000 de probe, echipa noastră aduce o bogată experiență pentru fiecare proiect.
Platforma de secvențiere | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
Illumina Novaseq sau DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Concentrație (Ng/µL) | Suma totală (ng) | Volum (pL) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sol/nămol: 2-3g
● conținut intestinal-animal: 0,5-2G
● Conținut intestinal-insect: 0,1-0,25g
● Suprafața plantelor (sediment îmbogățit): 0,5-1g
● Sediment îmbogățit bulionul de fermentare): 0,2-0,5g
● Fecale (animale mari): 0,5-2G
● Faece (mouse): 3-5 Grains
● Fluid de lavaj alveolar pulmonar: hârtie filtru
● tampon vaginal: 5-6 tampoane
● Piele/tampon genital/salivă/țesut moale oral/tampon faringian/tampon rectal: 2-3 tampoane
● Microorganism de suprafață: 5-6 tampoane
● Apa de apă/aer/biofilm: hârtie de filtrare
● Endofite: 2-3g
● Placă dentară: 0,5-1g
Include următoarea analiză:
● Secvențializarea controlului calității datelor
● asamblarea metagenomului și predicția genelor
● Adnotarea genelor
● Analiza diversității alfa taxonomice
● Analiza funcțională a comunității: funcție biologică, metabolică, rezistență la antibiotice
● Analiza atât a diversității funcționale, cât și a taxonomice:
Analiza diversității beta
Analiza inter-grupului
Analiza corelației: între factorii de mediu și compoziția și diversitatea
Analiză funcțională: rezistență la antibiotice cu carduri
Analiza diferențială a căilor metabolice KEGG: încălzirea căilor semnificative
Diversitatea Alpha a distribuției taxonomice: Index ACE
Diversitatea beta a distribuției taxonomice: PCOA
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a metagenomului BMKGENE cu Illumina printr -o colecție curată de publicații.
Hai, Q. și colab. (2023) „Analiza metagenomică și metabolomică a modificărilor conținutului intestinal al păstrăvului curcubeu (Oncorhynchus mykiss) infectat cu virusul necrozei hematopoietice infecțioase la diferite temperaturi ale apei culturii”,Frontiere în microbiologie, 14, p. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. și colab. (2023) „Comunități microbiene, gene de rezistență și riscuri de rezistență în lacurile urbane ale diferitelor stări trofice: legături interne și influențe externe”,Jurnalul de materiale periculoase avansuri, 9, p. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadd.2023.100233.
Su, M. și colab. (2022) „Analiza metagenomică a evidențiat diferențe de compoziție și funcție între microorganismele asociate cu lichid și asociate cu solidul rumenului de oi”,Frontiere în microbiologie, 13, p. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. și colab. (2023) „Microbiota derivată de porci din Ningxiang obez regăsește metabolismul carnitinei pentru a promova depunerea de acid gras muscular la porci slabi”,Inovația, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. și colab. (2023) „Perspective metagenomice asupra riscurilor potențiale ale resturilor reprezentative bio/non-degradabile din plastic și non-plastic în partea superioară și inferioară a estuarului Haihe, China”,Știința mediului total, 887, p. 164026. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.