Conectați-vă BMKCloud

Produse

Secvențierea metatranscriptomului

Folosind tehnologia de secvențiere Illumina, serviciul de secvențiere a metatranscriptomului BMKGENE dezvăluie expresia genică dinamică a unei game variate de microbi, de la eucariote până la procariote și viruși, în medii naturale cum ar fi solul, apa, marea, scaunul și intestinul. Serviciul nostru cuprinzător permite cercetătorilor să exploreze profilurile complete de expresie genetică ale comunităților microbiene complexe. Dincolo de analiza taxonomică, serviciul nostru de secvențiere a metatranscriptomului facilitează explorarea în îmbogățirea funcțională, aruncând lumină asupra genelor exprimate diferențial și a rolurilor acestora. Descoperiți o multitudine de perspective biologice în timp ce navigați în peisajele complexe ale expresiei genelor, diversității taxonomice și dinamicii funcționale din aceste nișe diverse de mediu.

Contactaţi-ne

Detalii serviciu

Bioinformatica

Rezultate Demo

Publicații recomandate

Caracteristici de serviciu

● epuizarea ARNr urmată de pregătirea bibliotecii direcționale de ARNm.

● Secvențiere pe Illumina NovaSeq.

Avantajele serviciului

●Studiați schimbările comunităților microbiene complexe:Acest lucru se întâmplă la nivel transcripțional și explorează potențiale noi gene.

●Explicarea interacțiunilor comunității microbiene cu gazda sau mediul.

●Analiză bioinformatică cuprinzătoare: Acest lucru oferă perspective asupra compozițiilor taxonomice și funcționale ale comunității, precum și analiza exprimării genice diferențiale.

●Adnotare genetică extinsă:Utilizarea bazelor de date actualizate cu funcțiile genelor pentru informații informative despre expresia genelor a comunităților microbiene.

●Asistență post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.

Specificații de service

Platformă de secvențiere	Strategia de secvențiere	Date recomandate	Controlul calității datelor
Illumina NovaSeq	PE150	12 Gb	Q30≥85%

Cerințe pentru mostre

Concentrație (ng/µL)	Cantitatea totală (µg)	Volumul (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1,8-2,0	1,0-2,5	≥6,5

Fluxul de lucru al serviciului

Livrare mostre

Construcția bibliotecii

Secvențierea

Analiza datelor

Servicii post-vânzare

Anterior: Ansamblul genomului fungic de novo

Următorul: Secvențierea ARN procariotic

Include următoarea analiză:

● Secvențierea controlului calității datelor

● Asamblare transcriere

● Adnotare taxonomică și abundență

● Adnotare funcțională și abundență

● Cuantificarea expresiei și analiza diferențială

Distribuția taxonomică a fiecărui eșantion:

Analiza diversităţii beta: UPGMA

Adnotare funcțională – abundență GO

Abundența taxonomiei diferențiale – LEFSE

Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a meta-transcriptomicelor BMKGene printr-o colecție de publicații organizată.

Lu, Z. şi colab. (2023) „Toleranța la acid a bacteriilor care utilizează lactat din ordinul Bacteroidales contribuie la prevenirea acidozei ruminale la capre adaptate la o dietă bogată în concentrație”,Nutriția animalelor, 14, p. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. şi colab. (2017) „Dezvoltarea microbiotei funcționale de bază în fermentația tradițională în stare solidă prin ampliconi cu randament ridicat și secvențiere metatranscriptomică”,Frontiere în microbiologie, 8 (IUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.

Wang, W. şi colab. (2022) „Noi micovirusuri descoperite dintr-un studiu metatranscriptomic al ciupercii fitopatogenice Alternaria”,Viruși, 14(11), p. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. şi colab. (2022) „Analiza metatranscriptomului paralel dezvăluie degradarea metaboliților secundari ai plantei de către gândaci și simbioții lor intestinali”,Molecular Ecologie, 31(15), p. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.