Autentificare BMKCloud

Produse

Secvențierea metatranscriptomului

Folosind tehnologia de secvențiere Illumina, serviciul de secvențiere metatranscriptomică al BMKGENE dezvăluie expresia genetică dinamică a unei game diverse de microbi, de la eucariote la procariote și virusuri, în medii naturale precum solul, apa, marea, scaunul și intestinul. Serviciul nostru cuprinzător permite cercetătorilor să exploreze profilurile complete de expresie genetică ale comunităților microbiene complexe. Dincolo de analiza taxonomică, serviciul nostru de secvențiere metatranscriptomică facilitează explorarea îmbogățirii funcționale, evidențiind genele exprimate diferențial și rolurile acestora. Descoperiți o multitudine de perspective biologice pe măsură ce navigați prin peisajele complexe ale expresiei genetice, diversității taxonomice și dinamicii funcționale din cadrul acestor nișe de mediu diverse.

Contactaţi-ne

Detalii despre serviciu

Bioinformatică

Rezultate demonstrație

Publicații recomandate

Caracteristici ale serviciului

● depleția ARNr urmată de prepararea bibliotecii de ARNm direcționale.

● Secvențiere pe Illumina NovaSeq.

Avantajele serviciilor

●Studiați schimbările comunităților microbiene complexe:Acest lucru se întâmplă la nivel transcripțional și explorează potențiale noi gene.

●Explicarea interacțiunilor comunității microbiene cu gazda sau mediul înconjurător.

●Analiză bioinformatică cuprinzătoareAceasta oferă informații despre compozițiile taxonomice și funcționale ale comunității, precum și analiza expresiei genelor diferențiale.

●Adnotare genetică extinsă:Utilizarea bazelor de date actualizate privind funcția genelor pentru informații informative despre expresia genelor în comunitățile microbiene.

●Suport post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului, cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.

Specificații de service

Platformă de secvențiere	Strategia de secvențiere	Date recomandate	Controlul calității datelor
Illumina NovaSeq	PE150	12 GB	Q30≥85%

Cerințe pentru mostre

Concentrație (ng/µL)	Cantitate totală (µg)	Volum (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1,8-2,0	1,0-2,5	≥6,5

Flux de lucru al serviciului

Livrare de mostre

Construcția bibliotecii

Secvențiere

Analiza datelor

Servicii post-vânzare

Anterior: Ansamblul genomului fungic de novo

Următorul: Secvențierea ARN-ului procariot

Include următoarea analiză:

● Controlul calității datelor de secvențiere

● Adunarea transcrierilor

● Adnotare taxonomică și abundență

● Adnotare funcțională și abundență

● Cuantificarea expresiilor și analiza diferențială

Distribuția taxonomică a fiecărei mostre:

Analiza diversității beta: UPGMA

Adnotare funcțională – abundența GO

Abundența taxonomiei diferențiale – LEFSE

Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere meta-transcriptomică ale BMKGene prin intermediul unei colecții atent selecționate de publicații.

Lu, Z. și colab. (2023) „Toleranța la acid a bacteriilor utilizatoare de lactat din ordinul Bacteroidales contribuie la prevenirea acidozei ruminale la caprele adaptate la o dietă bogată în concentrații”,Nutriție animală, 14, p. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. și colab. (2017) „Dezvăluirea microbiotei funcționale de bază în fermentația tradițională în stare solidă prin ampliconi cu randament ridicat și secvențiere metatranscriptomică”,Frontiere în microbiologie, 8 (IULIE). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.

Wang, W. și colab. (2022) „Noi micovirusuri descoperite dintr-un studiu metatranscriptomic al ciupercii fitopatogene Alternaria”,Viruși, 14(11), p. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. și colab. (2022) „Analiza metatranscriptomului paralel relevă degradarea metaboliților secundari ai plantelor de către gândaci și simbioții lor intestinali”.Molecular Ecologie, 31(15), p. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.