Secvențierea metagenomică-Nanopore
Avantajele serviciului
● Asamblare de înaltă calitate - Îmbunătățirea acurateței identificării speciilor și predicției genelor funcționale
● Izolarea închisă a genomului bacterian
● Aplicare mai puternică și mai fiabilă în diverse domenii, de exemplu, detectarea microorganismelor patogene sau a genelor legate de rezistența la antibiotice
● Analiza comparativă a metagenomului
Specificații de service
| Platformă | Secvențierea | Date recomandate | Timp de întoarcere |
| Nanopore | PE T | 6 G/10 G | 65 de zile lucrătoare |
Analize bioinformatice
● Controlul calității datelor brute
● Ansamblu metagenom
● Setul de gene neredundante și adnotare
● Analiza diversităţii speciilor
● Analiza diversităţii funcţiilor genetice
● Analiza inter-grup
● Analiza de asociere cu factori experimentali
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
Pentruextracte de ADN:
| Tip eșantion | Cantitate | Concentraţie | Puritate |
| extracte de ADN | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pentru mostre de mediu:
| Tipul eșantionului | Procedura de prelevare recomandată |
| Sol | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Substanța uscată rămasă trebuie îndepărtată de pe suprafață;Se macină bucăți mari și se trece prin filtru de 2 mm;Probe alicote în tub EP steril sau cyrotube pentru rezervare. |
| Fecale | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicoți probe în tub EP steril sau criotub pentru rezervare. |
| Conținutul intestinal | Probele trebuie prelucrate în condiții aseptice.Se spală țesutul colectat cu PBS;Se centrifugă PBS și se colectează precipitantul în tuburi EP. |
| Namol | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicotați proba de nămol în tub EP steril sau criotub pentru rezervare |
| Corp de apa | Pentru eșantionul cu cantitate limitată de microbi, cum ar fi apa de la robinet, apa de puț etc., Colectați cel puțin 1 L de apă și treceți prin filtrul de 0,22 μm pentru a îmbogăți microbii de pe membrană.Depozitați membrana într-un tub steril. |
| Piele | Răzuiți cu atenție suprafața pielii cu un tampon de bumbac steril sau o lamă chirurgicală și puneți-o într-un tub steril. |
Livrare recomandată de mostre
Congelați probele în azot lichid timp de 3-4 ore și depozitați în azot lichid sau -80 de grade până la rezervare pe termen lung.Este necesară expedierea probei cu gheață uscată.
Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
1.Hartă termică: Agruparea bogăției speciilor
2.Gene funcționale adnotate la căile metabolice KEGG
3.Rețeaua de corelare a speciilor
4.Circurile genelor de rezistență la antibiotice CARD
Carcasa BMK
Metagenomica Nanopore permite diagnosticul clinic rapid al infecției bacteriene ale căilor respiratorii inferioare
Publicat:Nature Biotechnology, 2019
Repere tehnice
Secvențiere: Nanopore MinION
Bioinformatică metagenomică clinică: epuizarea ADN-ului gazdă, analiza WIMP și ARMA
Detectare rapidă: 6 ore
Sensibilitate ridicată: 96,6%
Rezultate cheie
În 2006, infecția căilor respiratorii inferioare (LR) a provocat 3 milioane de decese umane la nivel global.Metoda tipică pentru detectarea patogenului LR1 este cultivarea, care are o sensibilitate slabă, un timp lung de întoarcere și este lipsa de îndrumare în terapia antibiotică timpurie.Un diagnostic microbian rapid și precis a fost de multă vreme o nevoie urgentă.Dr. Justin de la Universitatea din East Anglia și partenerii săi au dezvoltat cu succes o metodă metagenomică bazată pe Nanopore pentru detectarea agenților patogeni.Conform fluxului lor de lucru, 99,99% din ADN-ul gazdei poate fi epuizat.Detectarea agenților patogeni și a genelor rezistente la antibiotice poate fi finalizată în 6 ore.
Referinţă
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Metagenomica Nanopore permite diagnosticul clinic rapid al infecției bacteriene ale căilor respiratorii inferioare.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
