page_head_bg

Produse

Secvențierea metagenomică-Nanopore

Metagenomica este un instrument molecular utilizat pentru analizarea materialelor genomice mixte extrase din probele de mediu, care oferă informații detaliate despre diversitatea și abundența speciilor, structura populației, relația filogenetică, genele funcționale și rețeaua de corelație cu factorii de mediu etc. Platformele de secvențiere Nanopore au introdus recent. la studii metagenomice.Performanța sa remarcabilă în lungimea de citire a îmbunătățit în mare măsură analiza metagenomică în aval, în special asamblarea metagenomului.Profitând de durata de citire, studiul metagenomic bazat pe Nanopore este capabil să realizeze o asamblare mai continuă în comparație cu metagenomica cu pușcă.S-a publicat că metagenomica bazată pe Nanopore a generat cu succes genomi bacterieni completi și închisi din microbiomi (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)

Platformă:Nanopore PromethION P48


Detalii serviciu

Rezultate Demo

Carcasa BMK

Avantajele serviciului

ØAsamblare de înaltă calitate - Îmbunătățirea acurateței identificării speciilor și predicției genelor funcționale

ØIzolarea închisă a genomului bacterian

ØAplicare mai puternică și mai fiabilă în diverse domenii, de exemplu, detectarea microorganismelor patogene sau a genelor legate de rezistența la antibiotice

ØAnaliza comparativă a metagenomului

Specificații de service

SecvențiereaPlatformă

Bibliotecă

Randamentul de date recomandat

Timp de întoarcere estimat

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Etichete 50K/100K/300K

30 de zile

Analize bioinformatice

üControlul calității datelor brute

üAnsamblu metagenom

üSet de gene neredundante și adnotare

üAnaliza diversității speciilor

üAnaliza diversității funcției genetice

üAnaliza inter-grup

üAnaliza de asociere împotriva factorilor experimentali

2

Cerințe pentru mostre și livrare

Cerințe pentru mostre și livrare

Cerințe pentru mostre:   

Pentruextracte de ADN:

Tip eșantion

Cantitate

Concentraţie

Puritate

extracte de ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Pentru mostre de mediu:

Tipul eșantionului

Procedura de prelevare recomandată

Sol

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Substanța uscată rămasă trebuie îndepărtată de pe suprafață;Se macină bucăți mari și se trece prin filtru de 2 mm;Probe alicote în tub EP steril sau cyrotube pentru rezervare.

Fecale

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicoți probe în tub EP steril sau criotub pentru rezervare.

Conținutul intestinal

Probele trebuie prelucrate în condiții aseptice.Se spală țesutul colectat cu PBS;Se centrifugă PBS și se colectează precipitantul în tuburi EP.

Namol

Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicotați eșantionul de nămol în tub EP steril sau criotub pentru rezervare

Corp de apa

Pentru eșantionul cu cantitate limitată de microbi, cum ar fi apa de la robinet, apa de puț etc., Colectați cel puțin 1 L apă și treceți printr-un filtru de 0,22 μm pentru a îmbogăți microbii de pe membrană.Depozitați membrana într-un tub steril.

Piele

Răzuiți cu atenție suprafața pielii cu un tampon de bumbac steril sau o lamă chirurgicală și puneți-o într-un tub steril.

Livrare recomandată de mostre

Congelați probele în azot lichid timp de 3-4 ore și păstrați-le în azot lichid sau -80 de grade până la rezervare pe termen lung.Este necesară expedierea mostrelor cu gheață uscată.

Fluxul de lucru al serviciului

logo_02

Livrare mostre

logo_04

Construcția bibliotecii

logo_05

Secvențierea

logo_06

Analiza datelor

logo_07

Servicii post-vânzare


  • Anterior:
  • Următorul:

  • 1.Hartă termică: Agruparea bogăției speciilor32.Gene funcționale adnotate la căile metabolice KEGG43.Rețeaua de corelare a speciilor54.Circurile genelor de rezistență la antibiotice CARD
    6

    Carcasa BMK

    Metagenomica Nanopore permite diagnosticarea clinică rapidă a infecției bacteriene ale căilor respiratorii inferioare

    Publicat:Nature Biotechnology, 2019

    Repere tehnice
    Secvențiere: Nanopore MinION
    Bioinformatică metagenomică clinică: epuizarea ADN-ului gazdă, analiza WIMP și ARMA
    Detectare rapidă: 6 ore
    Sensibilitate mare: 96,6%

    Rezultate cheie

    În 2006, infecția căilor respiratorii inferioare (LR) a provocat 3 milioane de decese la nivel global.Metoda tipică pentru detectarea patogenului LR1 este cultivarea, care are o sensibilitate slabă, un timp lung de întoarcere și este lipsa de îndrumare în terapia antibiotică timpurie.Un diagnostic microbian rapid și precis a fost de multă vreme o nevoie urgentă.Dr. Justin de la Universitatea din East Anglia și partenerii săi au dezvoltat cu succes o metodă metagenomică bazată pe Nanopore pentru detectarea agenților patogeni.Conform fluxului lor de lucru, 99,99% din ADN-ul gazdei poate fi epuizat.Detectarea agenților patogeni și a genelor rezistente la antibiotice poate fi finalizată în 6 ore.

    Referinţă
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Metagenomica Nanopore permite diagnosticarea clinică rapidă a infecției bacteriene ale căilor respiratorii inferioare.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    obține o cotație

    Scrie mesajul tău aici și trimite-l nouă

    Trimite-ne mesajul tau: