BMKCloud Log in
条形banner-03

Știri

EVOLUȚIA GENOMULUI

Genomul de novo
Asamblare|Determinare sex Toate lucrările de secvențiere și serviciile parțiale de bioinformatică au fost furnizate de Biomarker Techonologies.

Abstract

Fenotipul emblematic al dragonilor de mare include anexe asemănătoare frunzelor, o gură tubulară fără dinți și sarcina masculină care implică incubarea ouălor fertilizate pe un „plastic de puiet”.Am secvențial de novo genomurile masculine și feminine ale dragonului de mare comun (Phyllopteryx taeniolatus) și ale speciilor sale strâns înrudite, peștișorul aligator (Syngnathoides biaculeatus).Profilurile de transcripție dintr-o noutate evolutivă, anexele asemănătoare frunzelor, arată că au fost cooptate un set de gene implicate în mod obișnuit în dezvoltarea aripioarelor, precum și o îmbogățire a transcrierilor pentru potențialele gene de reparare a țesuturilor și apărării imune.S-a constatat că mutanții de pește-zebră pentru scpp5, care se pierde în toate singnatidele, au lipsit sau au dinți faringieni deformați, susținând ipoteza că pierderea scpp5 a contribuit la pierderea dinților la singnatid.A fost identificat un locus presupus care determină sexul care codifică o genă amhr2y specifică masculului împărtășită de dragonul de mare și aligator obișnuit. 

Materiale și metode:

Materiale

Fdragonul nostru de mare comun (P. taeniolatus) și doi pești aligator (S. biaculeatus) exemplare.Doi indivizi de dragon de mare (un mascul și o femelă) și doi pești aligator (un mascul și o femeie) au fost utilizați pentru secvențierea întregului genom, iar alți doi indivizi masculi de dragon de mare au fost utilizați pentru resecvențierea genomului.

Strategia de secvențiere a genomului

2Biblioteca de 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) sau Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).secvențierea și alți doi indivizi masculi seadragon comun au fost utilizați pentru resecvențierea genomului.

Secvențierea transcriptomului

Fsau au fost colectate dragon de mare obișnuit, creier, ochi, branhii, ficat, inimă, rinichi, mezenter, intestin, mușchi, înotătoare, piele, apendice asemănătoare frunzelor, testicul și ovar.

Strategia de asamblare a genomului de novo

Canu (Corectare) + WTDBG2 (Asamblare) + Pilon (Polon) + Lachesis (Hi-C).

Principalele rezultate

Fig.-1.-Caracteristicile-cheie ale-dragonului-de-marin-comun-P.-taeniolatus-si-aligator-pipefish-S

Fig. 1. Trăsăturile cheie ale dragonului de mare comun (P. taeniolatus) și peștișorului aligator (S. biaculeatus) și pozițiile lor filogenetice.

Fig.-2.-Morfologia-și-machiajul-genetic-a-anexelor-ca-frunze-în-dragonul-de-mare-comun-P

Fig. 2. Morfologia și componența genetică a anexelor asemănătoare frunzelor la dragonul de mare comun (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Genă-determinării-sexului-putative-în-dragonul-de-marin-comun-P.-taeniolatus-și-aligator-pipefish-S.-biaculeatus

Fig. 3. Genă presupusă de determinare a sexului la dragonul de mare comun (P. taeniolatus) și aligator (S. biaculeatus).

Fig.-4

Fig. 4. Fenotipurile dinților faringieni la mutanții homozigoți scpp5 de pește zebra.


Ora postării: 08-ian-2022

Trimite-ne mesajul tau: