-
Secvențierea metagenomică -NGS
Un metagenom este o colecție a materialului genetic total al unei comunități mixte de organisme, cum ar fi metagenomul de mediu și cel uman. Conține genoame atât ale microorganismelor cultivabile, cât și ale microorganismelor necultivabile. Secvențierea metagenomică Shotgun cu NGS permite studiul acestor peisaje genomice complicate încorporate în eșantioane de mediu, oferind mai mult decât profiluri taxonomice, oferind și perspective granulare asupra diversității speciilor, dinamicii abundenței și structurilor complexe ale populației. Dincolo de studiile taxonomice, metagenomica puștilor oferă, de asemenea, o perspectivă genomică funcțională, permițând explorarea genelor codificate și a rolurilor lor presupuse în procesele ecologice. În cele din urmă, stabilirea rețelelor de corelație între elementele genetice și factorii de mediu contribuie la o înțelegere holistică a interacțiunii complexe dintre comunitățile microbiene și fondul lor ecologic. În concluzie, secvențierea metagenomică este un instrument esențial pentru dezlegarea complexităților genomice ale diverselor comunități microbiene, luminând relațiile cu mai multe fațete dintre genetică și ecologie în cadrul acestor ecosisteme complexe.
Platforme: Illumina NovaSeq și DNBSEQ-T7
-
Secvențierea metagenomică-TGS
Un metagenom este o colecție de material genetic al unei comunități mixte de organisme, cum ar fi metagenomul de mediu și cel uman. Conține genoame atât ale microorganismelor cultivabile, cât și ale microorganismelor necultivabile. Secvențierea metagenomică permite studiul acestor peisaje genomice complicate încorporate în probe ecologice, oferind mai mult decât profilarea taxonomică. Oferă, de asemenea, o perspectivă genomică funcțională prin explorarea genelor codificate și a rolurilor lor presupuse în procesele de mediu. În timp ce abordările tradiționale de pușcă cu secvențierea Illumina au fost utilizate pe scară largă în studiile metagenomice, apariția secvențierii de citire lungă Nanopore și PacBio a schimbat domeniul. Tehnologia Nanopore și PacBio îmbunătățesc analizele bioinformatice din aval, în special asamblarea metagenomului, asigurând mai multe ansambluri continue. Rapoartele indică faptul că metagenomica bazată pe Nanopore și PacBio a generat cu succes genomi bacterieni completi și închisi din microbiomi complexi (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integrarea citirilor Nanopore cu citirile Illumina oferă o abordare strategică pentru corectarea erorilor, atenuând acuratețea scăzută inerentă a lui Nanopore. Această combinație sinergică valorifică punctele forte ale fiecărei platforme de secvențiere, oferind o soluție robustă pentru a depăși potențialele limitări și pentru a avansa în precizia și fiabilitatea analizelor metagenomice.
Platformă: Nanopore PromethION 48, Illumia și PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Genele ARNr 16S și 18S, împreună cu regiunea Internal Transcribed Spacer (ITS), servesc ca markeri esențiali de amprentare moleculară datorită combinației lor de regiuni extrem de conservate și hipervariabile, făcându-le instrumente neprețuite pentru caracterizarea organismelor procariote și eucariote. Amplificarea și secvențierea acestor regiuni oferă o abordare fără izolare pentru investigarea compoziției microbiene și a diversității în diverse ecosisteme. În timp ce secvențierea Illumina vizează de obicei regiuni hipervariabile scurte, cum ar fi V3-V4 din 16S și ITS1, s-a demonstrat că adnotarea taxonomică superioară este realizabilă prin secvențierea întregii lungimi a 16S, 18S și ITS. Această abordare cuprinzătoare are ca rezultat procente mai mari de secvențe clasificate cu precizie, atingând un nivel de rezoluție care se extinde la identificarea speciilor. Platforma de secvențiere în timp real cu o singură moleculă (SMRT) a PacBio iese în evidență prin furnizarea de citiri lungi (HiFi) foarte precise care acoperă ampliconii de lungime completă, rivalizând cu precizia secvențierii Illumina. Această capacitate permite cercetătorilor să obțină un avantaj de neegalat - o vedere panoramică a peisajului genetic. Acoperirea extinsă crește semnificativ rezoluția adnotării speciilor, în special în cadrul comunităților bacteriene sau fungice, permițând o înțelegere mai profundă a complexității populațiilor microbiene.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Secvențierea ampliconilor cu tehnologia Illumina, care vizează în mod specific markerii genetici 16S, 18S și ITS, este o metodă puternică pentru a dezvălui filogenia, taxonomia și abundența speciilor în comunitățile microbiene. Această abordare implică secvențierea regiunilor hipervariabile ale markerilor genetici de întreținere. Introdus inițial ca amprentă moleculară de cătreWoeses et alîn 1977, această tehnică a revoluționat profilarea microbiomului, permițând analize fără izolare. Prin secvențierea 16S (bacterii), 18S (ciuperci) și Internal Transcribed Spacer (ITS, ciuperci), cercetătorii pot identifica nu numai specii abundente, ci și rare și neidentificate. Adopta pe scară largă ca instrument esențial, secvențierea ampliconilor a devenit instrumentală în discernământul compozițiilor microbiene diferențiate în diverse medii, inclusiv gura umană, intestinele, scaunul și nu numai.
-
Re-secvențierea întregului genom bacterian și fungic
Proiectele de re-secvențiere a întregului genom bacteriene și fungice sunt esențiale pentru avansarea genomicii microbiene, permițând finalizarea și compararea genomilor microbieni. Acest lucru facilitează ingineria fermentației, optimizarea proceselor industriale și explorarea căilor secundare de metabolism. În plus, resecvențierea fungică și bacteriană este crucială pentru înțelegerea adaptării la mediu, optimizarea tulpinilor și dezvăluirea dinamicii evoluției genetice, cu implicații largi în medicină, agricultură și știința mediului.
-
Secvențierea ARN procariotic
Secvențierea ARN împuternicește profilarea cuprinzătoare a tuturor transcrierilor de ARN din celule în condiții specifice. Această tehnologie de ultimă oră servește ca un instrument puternic, dezvăluind profiluri complexe de expresie a genelor, structuri genice și mecanisme moleculare asociate cu diverse procese biologice. Adopta pe scară largă în cercetarea fundamentală, diagnosticarea clinică și dezvoltarea medicamentelor, secvențierea ARN oferă perspective asupra complexității dinamicii celulare și reglării genetice. Prelucrarea probei noastre de ARN procariot este adaptată pentru transcriptoamele procariote, implicând epuizarea ARNr-ului și pregătirea bibliotecii direcționale.
Platformă: Illumina NovaSeq
-
Secvențierea metatranscriptomului
Folosind tehnologia de secvențiere Illumina, serviciul de secvențiere a metatranscriptomului BMKGENE dezvăluie expresia genică dinamică a unei game variate de microbi, de la eucariote până la procariote și viruși, în medii naturale cum ar fi solul, apa, marea, scaunul și intestinul. Serviciul nostru cuprinzător permite cercetătorilor să exploreze profilurile complete de expresie genetică ale comunităților microbiene complexe. Dincolo de analiza taxonomică, serviciul nostru de secvențiere a metatranscriptomului facilitează explorarea în îmbogățirea funcțională, aruncând lumină asupra genelor exprimate diferențial și a rolurilor acestora. Descoperiți o multitudine de perspective biologice în timp ce navigați în peisajele complexe ale expresiei genelor, diversității taxonomice și dinamicii funcționale din aceste nișe diverse de mediu.
-
Ansamblul genomului fungic de novo
BMKGENE oferă soluții versatile pentru genomurile fungice, răspunzând nevoilor diverse de cercetare și completității dorite a genomului. Folosind doar secvențierea Illumina cu citire scurtă, permite generarea unui genom proiectat. Citirile scurte și secvențierea de citire lungă folosind Nanopore sau Pacbio sunt combinate pentru un genom fungic mai rafinat, cu contig mai lungi. Mai mult, integrarea secvențierii Hi-C îmbunătățește și mai mult capacitățile, permițând obținerea unui genom complet la nivel de cromozom.
-
Ansamblul genomului bacterian de novo
Oferim un serviciu complet de asamblare a genomului bacterian, garantând 0 lacune. Acest lucru este posibil prin integrarea tehnologiilor de secvențiere cu citire lungă, cum ar fi Nanopore și PacBio pentru asamblare și secvențierea cu citire scurtă cu Illumina pentru validarea asamblarii și corectarea erorilor citirilor ONT. Serviciul nostru oferă fluxul de lucru bioinformatic complet de la asamblare, adnotare funcțională și analiză bioinformatică avansată, îndeplinind obiective specifice de cercetare. Acest serviciu permite dezvoltarea unor genomi de referință precisi pentru diverse studii genetice și genomice. În plus, formează baza pentru aplicații precum optimizarea tulpinilor, ingineria genetică și dezvoltarea tehnologiei microbiene, asigurând date genomice fiabile și fără lacune esențiale pentru avansarea cunoștințelor științifice și a inovației biotehnologice.
